Foro - Perl en Español

¡Hola!
Mira, tengo que presentar una exposición sobre algo nuevo, que tenga que ver con la bioinformática. Puede ser algún descubrimiento, o algo novedoso que tenga que ver con esto. Tiene que ir representado en un artículo y no sé si ustedes me puedan colaborar con algún artículo que hayan leído relacionado con esto que sea interesante.

Qué tal, buen día.... quisiera saber si me podrían ayudar y decirme de dónde puedo sacar unos módulos de BioPerl... se los agradecería muchísimo... los módulos son los siguientes:

use Bio::SeqIO;
use Bio::Tools::SeqStats;


De antemano ¡¡muchísimas Gracias!!

¡Saludos!

Hola.
Necesito hacer un script que extraiga regiones al azar de un archivo genbank. La región debe tener 500 nt de longitud.

Mi código es el siguiente:

use Bio::SeqIO;

sub extract_intergenic_from_genbank {
my ( $infile, $out_intergenic_file, $min_intergenic_size, $max_intergenic_size ) = @_;

my ( $n_of_intergenic, $gi, $start, $end, $length, $strand, $taxon ) = (0);
my $in = new Bio::SeqIO( -file => "NC_002755.gb", -format => 'genbank' );

open( FNA, ">$salida.FASTA" )
|| die "# extract_intergenic_from_genbank : ...

Hola, he visto otros temas relacionados y los he revisado con detenimiento pero no logro usar estos antecedentes para resolver mi problema:

Tengo un archivo (tabulado) de varios gigabytes y otro no tan grande. Quiero comparar "string" que están en las columnas 2 de cada uno de ellos, y si es positivo, imprimir las columnas 1,2,3 del archivo primero y las columnas 1,2,3 del archivo segundo.

Dejo el código que tengo desarrollado para ver si ...

¡Hola!
Mira tengo un problema: necesito extraer palabras de 8 nucleótidos de la siguiente forma:

Tengo mi secuencia:
CTGTGAAGGAACTT...

La primera palabra sería:
CTGTGAAG

Para la segunda palabra tiene que correr un espacio y empezar a correr los 8 nucleótidos desde el segundo nucleótido de la primera palabra, es decir, ambas palabras quedarían así:
CTGTGAAG primera palabra
TGTGAAGG segunda
GTGAAGGA tercera
TGAAGGAC cuarta
GAAGGAGT quinta
AAGGAGTT sexta

Luego tengo que hacer un conteo ...

¡Hola!

Tengo un problema. Quisiera extraer la posición del primer gen que está sobre la cadena complementaria, es decir, si es el gen 1 o 2 o 15, etc...

Aquí voy a poner una parte de mi archivo genbank.

La pregunta es: ¿cómo podría extraer la posición del primer gen que tenga como característica la palabra complement?

Algo así vienen los genes que menciono :

gene 10887..10963
/locus_tag="MTt01"
/db_xref="GeneID:922440"
tRNA 10887..10963
/locus_tag="MTt01"
/product="tRNA-Ile"
/db_xref="GeneID:922440" ...

¡Hola!

Necesito saber cómo sacar la secuencia de los genes que están sobre la cadena complementaria en un archivo genbank. La verdad no tengo idea de cómo hacerlo. ¿Podrían ayudarme? ¡Gracias!

Instalando RSPerl (e intentando no morir en el intento)

«RSPerl es un paquete que intenta tender un puente bidireccional entre Perl y R, de forma que desde un programa escrito en Perl se pueda llamar funciones de R, y desde un programa en R se puedan usar código y módulos de Perl. Suena como un sueño, ¿no?

Mi compañera de trabajo Kristina estuvo hace unos días intentando instalar RSPerl en la última versión disponible de ...

¡Hola!

Tengo un problema: necesito extraer la secuencia intergénica de solo una cadena de genbank. En un foro anterior lo vi con ambas cadenas, ahora necesito extraerlas pero solo en una cadena, bien sea la cadena molde, o la complementaria.

Espero contar con su colaboración.

Gracias

Hola amigos, es mi primera pregunta, espero me puedan ayudar.
Tengo dos archivos; uno con 353990 líneas y otro con 1350274 líneas.
Deseo extraer las líneas idénticas e imprimirlas en otro archivo.
Tengo un código, pero demora demasiado, excesivamente mucho.
El código que tengo es el siguiente

#!/usr/bin/perl -w

use strict;

my $id_file1 = shift @ARGV;
my $id_file2 = shift @ARGV;

system("grep -f $id_file1 $id_file2 > tmp_file2");

open IN, "tmp_file2";

while( my $line = ...