Foro - Perl en Español

Hi,
this entry shows how to query footprintDB from a Perl script.
First, make sure you have module SOAP::lite, which you can install with: $ sudo cpan -i SOAP::Lite. The following Perl5 code shows how to make all dna, protein and text queries, obtaining XML output in all cases.
Note that if you register you can query also your private databases (see details in documentation). Also note that protein searches are time consuming, and if ...

Hola a todos, este es mi primer mensaje y aprovecho para presentarme.

Lo primero decir que en programación soy cinturón blanco. Y estoy haciendo un curso y la tarea final no consigo sacarla.

No pretendo que nadie me escriba el código porque de nada me serviría, pero agradecería mucho que me indicasen dónde me equivoco y el motivo del error.

Estoy realizando un pequeño script para leer de un multiFASTA, con una particularidad, y es ...

Hola, buenos días a todos.

Tengo un archivo delimitado por tabs, algo similar a esto:

data S1 S2 S3 S4 S5 S6
data1 0 0 0 0 0 0
data2 0 5 3 5 0.1 0.9
data3 0 3 9 3 0 0.01
data4 0 0 4 4 0 0
data5 2 5 11 7 5 0.2
data6 0 0 0 8. 0 0
data7 0 1 5 2 06 0.04

En realidad es ...

Hola.

Estoy intentando crear un script que me permita sumar los valores de abundancia (emPAI) de proteínas que pertenecen a un mismo género bacteriano.

El archivo de partida es un texto separado por tabuladores, de forma que la primera columna es el accesion number de la proteína, la segunda el valor a sumar (emPAI), la tercera el valor normalizado (nemPAI), la cuarta el Género y la quinta la familia.

He empezado con un hash pero ...

Hola a todos y en especial a explorer por su respuesta rápida de antemano.

Quiero comparar la columna 0 del archivo cath con la columna modificada 1 del archivo 3tpoA2 y si coinciden que agregue la columna 1 del cath al último del archivo modificado 3tpoA2.

Debe quedar así en las filas donde coinciden los id.

3tpoA 3tpoA 30 406 435.00 1.25.10.10 1.25.10.10

Adjunto archivos originales


#!/usr/bin/perl

open (CATH,"./cath_min2.txt");
while ($catch = <CATH>) {
chomp ...

Hola, quisiera saber cómo hacer un rearreglo de columnas a partir de un array.

Lo que tengo es algo así (es a partir de un archivo de asignaciones taxonómicas):

#name value1 value2 value3 valueN
name1 9 5 3 9
name2 4 7 2 17
name3 12 3 7 7
y lo que quiero es algo así:
#name value
value1_name1 9
value2_name1 5
value3_name1 3
valueN_name1 9
value1_name2 4
value2_name2 7
value3_name2 2
valueN_name2 ...

Hola.

Tengo este script que cuando lo hice se me olvidó escribir el código que omitiera la primera línea con un comentario

#Constructed from biom file

y que la segunda línea que también tiene una almohadilla

#OTU ID name_column1 name_column2 name_columnx... name_columnN

sea usada como variable.

El script funciona solo si elimino el comentario manualmente del archivo de entrada y no he podido agregar una línea que elimine el primer comentario y use todo lo ...

Hola, estoy comprando los blast de 450 genes de 7 organismos diferentes y quiero agrupar todos los resultados en un único archivo. Tengo dos ficheros para cada organismo, uno con todos los identificadores de los genes que quiero estudiar y otro con los resultados del blast, pero el problema es que si el blast no me da resultado no me pone una línea en blanco y luego agrupar todos los resultados es un poco tedioso ...

Buenos días.

Estoy intentando crear un módulo de perl que me recorra línea a línea un archivo Uniprot y que devuelva un hash multidimensional a partir del cual el programa principal me permita imprimir a la salida estándar los campos ID, DE, DT, OS y SQ de cada entrada del archivo uniprot.

Sé que hay alguna entrada a la que le falta alguno de los campos, y creo que esto es lo que está haciendo ...

Hola.

Tengo que realizar un script que me permita leer un archivo fasta usando biotools (proporcionado por el usuario en la consola al invocar el programa) y que elimine las N del extremo 5' las del 3', que recorte los dos extremos en un número de nucleótidos indicados por el usuario en la consola al invocar el programa y que me devuelva un archivo con las secuencias recortadas e imprima por pantalla la cabecera del ...