Foro - Perl en Español

¿Qué tal, amigos del foro...?

Tengo un script en Perl que procesa un archivo en formato binario, el cual no tiene problemas, hasta que existan archivos de tamaño mayor a 10 Megas.

En UNIX me sale el siguiente mensaje "".
Out of memory!
Out of memory!

Pid 6864 received a SIGSEGV for stack growth failure.
Possible causes: insufficient memory or swap space,
or stack size exceeded maxrsessiz
or stack size limit is set too small. ...

Hola, estoy intentando procesar varios archivos que he obtenido de Pubchem. Este es un ejemplo del tipo de archivos:
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<!DOCTYPE eSummaryResult PUBLIC "-//NLM//DTD esummary v1 20060131//EN" "http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/eutils/dtd/20060131/esummary-v1.dtd">
<eSummaryResult>
<DocSum>
<Id>1811</Id>
<Item Name="AssayName" Type="String">Experimentally measured binding affinity data derived from PDB</Item>
<Item Name="AssayDescription" Type="String">This data entry provides a collection of experimentally measured binding affinity data (Kd, Ki, and IC50), which are exclusively for the protein-ligand complexes available in the Protein Data Bank ...

«Hola, tras leer recientemente algunos capítulos del libro Doing Bayesian Data Analysis, que trae todo el código escrito en R, se me ocurrió explorar cómo construir en Perl un clasificador bayesiano ingenuo (Naïve Bayes), del que recuerdo haber leído su aplicación hace tiempo en un trabajo de Beer & Tavazoie para correlacionar secuencias reguladoras en cis y patrones de expresión de genes en levaduras.

Enseguida me crucé con un módulo de CPAN (Algorithm::NaiveBayes) adecuado para ...

Hola,

Tengo varias secuencias en formato fasta, la cabecera es de este tipo:

>scaffold_4

¿Cómo puedo obtener con una expresión regular los dos números?

Saludos

Muy buenas.

He empezado con Perl hace relativamente poco, y estoy tratando de hacer el primer script de algo que sea útil y que no sea solo un ejemplo chorra.

Lo que intento conseguir con esto, es que este programa ejecute él solo varios BLAST a partir de un archivo de secuencias en FASTA, compruebe que resultados son comunes entre varias secuencias y te digas cuáles son, número de acceso, descripción y con qué longitud ...

Buenos días,

Estoy intentando crear un programa en Perl para organizar los ortólogos que he identificado entre cuatro bacterias del mismo género.

Por un lado tengo cuatro archivos, cada uno de ellos con los identificadores de todos los genes de una bacteria, por otro lado, tengo seis archivos que contienen los identificadores de los ortólogos entre dos de las cuatro bacterias (separados por tabulador); son seis archivos porque he calculado los ortólogos por parejas y ...

Buenas tardes. Llevo una semana dándole vueltas a la cabeza y como soy biólogo y no informático la verdad es que me encuentro bastante perdido, a ver si me pudierais echar un cable.

El programa que intento hacer abre un fichero con un máximo de 8 cadenas que hay que meter previamente en un array. Luego la segunda función del programa se supone que coge de 2 en 2 esas cadenas, siempre la 1 con ...

¿Qué tal? Tengo dos tablas en forma de tabulador y tengo que unirlas para reunir la información de ambas tablas en un solo archivo. Una de las columnas es el ID de la proteína y utilizo el ID para comparar las líneas de las dos tablas; si son iguales entonces imprimo las columnas de ambas tablas.

Funciona si solo quiero las que existen, pero también me interesa que las que no existan se imprima el ...

Hola, estoy intentando crear un programa que me cuente el número de '1' y '0' dentro de un archivo. Los '1' representan el número de metilaciones de una cadena de ADN. Hay dos enzimas de restricción, H y M, y por el momento quiero contar el número de metilaciones en cadenas cortadas por la enzima H. Para ello he hecho este programa:

#!/usr/bin/perl

$metilaciones = 'C:\BIF\practica5\practicaperl\metilacion.txt'; # ruta del archivo
open( METILACIONES, $metilaciones ); ...

Buenas, después de generar un ADN random, que pego a continuación con explicaciones, compuesto por valores 'A', 'T' 'G' y 'C', no sé cómo hacer para que en una cadena, el número de caracteres de un tipo no exceda en más de uno el número de caracteres de otro tipo.

Muchas gracias de antemano, estoy bastante agobiado porque solo consigo que el ordenador me escupa a la cara por mi ignorancia. ...