Foro - Perl en Español

¿Cómo podría buscar cada ORF (ATG) hasta un STOP (TAA, TAG, TGA) guardando cada triplete desde ATG hasta STOP en un arreglo? Debido a que es un genoma y necesito sacar los marcos de lecturas.

Llevo esto:
#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
my $cadena = '';
my $file = 'archivo.fna'; # archivo .fna que contiene el #genoma de un procariota
if ( -e $file ) {
open IN, "<$file" or die "No pasa nada ...

Hola a todos

Soy alumno de la carrera de Bioinformática en Chile y soy nuevo en el foro :)

Resulta que me dieron una tarea de encontrar todos los ORF de la secuencia de un genoma, usando sólo expresiones regulares.Yo para eso ocupé la siguiente sentencia:

my @orfs = ( $sequence =~ m/(ATG(?:{3})+?(TAA|TAG|TGA))/g);

Esto me resulta bien, pero tiene un puro detalle. Cuando encuentra un codón de ...

Hola, tengo un script Perl que ejecuto desde consola para buscar archivos en un
directorio pasándole la extensión. El problema es que cuando llega a la carpeta de
Volume System Information se detiene el script porque no tiene permisos... ¿Cómo puedo
hacer para evitar leer esa carpeta...? Este código lo copie, no es mio.

my $DIR = 'D:/test/';
my $EXTENSION = '.txt';
my $COUNTER = 0;

buscador($EXTENSION,$DIR,\$COUNTER);

print "\nTotal de archivos *.$EXTENSION en directorio ...

Hola. ¿Saben? Tengo el siguiente código en el cual hago un simple formulario pero en el navegador también me muestra "Content-Type: text/html; charset=ISO-8859-1"

Código:
#!/usr/bin/perl
binmode STDOUT, ":encoding(ISO-8859-1)";
use CGI;
use CGI::Carp qw(fatalsToBrowser);
use Mod_dir::buscar;
#use strict;
#use warnings;
print error;
print "Content-type: text/html\n\n";

my $q = new CGI;
print $q->start_html({-script=>"$codigo_javascript"});
print $q->header('text/html');
print $q->startform(-method=>'POST');
print $q->p('Nombre:'.$q->textfield({-name=>'nombre'}));
print $q->p('Login:'.$q->textfield({-name=>'login'}));
print $q->p('Contraseña:'.$q->password_field({-name=>'contraseña'}));
print $q->submit({-value=>'Guardar'});
print $q->reset({-value=>'Borrar Formulario'})."<br>";
print $q->end_form;
#print $query->end_html();


my $tno=$q->param('nombre');
my $log=$q->param('login'); ...

¡¡¡Hola!!!

Recién estoy aprendiendo Perl. He tenido que usar WWW::Mechanize para automatizar unos procesos web, y funciona, pero no tengo claro cómo está funcionando una parte del código que busqué de ejemplo en CPAN.

Es esta parte:
$m->get( $url );
my @links= @{$m->links};
foreach my $link (0..$#links) {
next if $links !~ /\.shtml$/i;
push(@lista,$links);
}
return @lista;
}

No entiendo la estructura de datos que se está utilizando...
my @links= @{$m->links};

Hasta donde ...

Hola.

He creado un proceso en un programilla de perl-gtk2 y Glade con la intención de que los widgets me sigan respondiendo mientras se desarrolla el proceso.

Tengo dos botones. Uno que arranca el proceso y otro que lo detiene. Al arrancar el proceso pongo el botón que lo arranca insensible ($btn_arrancar->sensitive('0')) y el cursor con un reloj de espera.

El caso es que si detengo el proceso con el botón de detener, tanto el ...

Hola a todos, soy nuevo en el foro y también usando este genial lenguaje llamado Perl. Ya he creado algunos scripts para crear archivos a partir de otros pero ahora me encuentro con otro problema. A continuación lo explico:

Tengo el archivo de entrada que tiene datos más o menos así:

BOARD,12345,ABDCE,1/1|2/2|3/3,1AB2

Y necesito que el archivo de salida sea así:

12345,ABDCE,1/1,1AB2
12345,ABDCE,2/2,1AB2
12345,ABDCE,3/3,1AB2

Cabe mencionar que la cadena de datos que está separada por ...

Buenas noches,

Estoy escribiendo un programa que me permite entrar en una base de datos por medio de FTP, tomar ciertos archivos que me interesan y guardarlos en mi disco duro.

Al correr el programa me sale el siguiente mensaje:

readline() on closed filehandle FILE at bajargenomasbacterias.pl line 31.
Use of uninitialized value $nombre in pattern match (m//) at bajargenomasbacterias.pl line 32.
Use of uninitialized value $nombre in substitution (s///) at bajargenomasbacterias.pl line 37.
Use ...

A ver, me presento: soy eduuu y ya sé programar un poco con Perl.

A pesar de todo no soy profesional informático y necesitaría resolver una duda, que me es imposible resolver solo porque no entiendo muchas cosas.

Necesito leer un archivo en formato binario, y sé lo siguiente:

Formato del titulo: FORMAT(20A4) ITITL donde ITITL es el título.
Formato del cuerpo: FORMAT(10F8.3) (X(i), Y(i), Z(i), i=1,NATOM)

¿Cómo lo tengo que leer, tengo suficiente información? ...

Hola. Haciendo un programita, se me presento la siguiente duda.

¿Cómo puedo llenar un arreglo con todas las posibilidades de nucleótidos, según el largo del tipo de nucleótido?

Ejemplo:
El espacio muestral (todas las posibilidades) de un nucleótido de 1, 2 y 3 letras, son 4¹=4, 4²=16 y 4³=64 respectivamente.

Para un nucleótido de 2 letras el espacio muestral es 16, entonces el arreglo debe quedar así:

my @arreglo;
$arre='AA';
$arre='AT';
$arre='AG';
$arre='AC';
$arre='TA'; ...