Hola, he visto otros temas relacionados y los he revisado con detenimiento pero no logro usar estos antecedentes para resolver mi problema:
Tengo un archivo (tabulado) de varios gigabytes y otro no tan grande. Quiero comparar "string" que están en las columnas 2 de cada uno de ellos, y si es positivo, imprimir las columnas 1,2,3 del archivo primero y las columnas 1,2,3 del archivo segundo.
Dejo el código que tengo desarrollado para ver si ...
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Fecha actual 2024-11-29 18:48 @825
News of Mundo Perl
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Comparar columnas de dos archivos muy pesados
Read more : Comparar columnas de dos archivos muy pesados | Vistas : 2339 | Respuestas : 8 | Foro : Bioinformática
Pasar variables de un script a otro
Tengo los siguientes scripts:
test.pl:
#use LWP::UserAgent;
use Parallel::ForkManager;
my $forker = Parallel::ForkManager->new(5);
foreach my $child ( 1 .. 5 ) {
$forker->start and next;
for (my $i = 0; $i < 1; $i++) {
`perl down.pl`;
#print "child numero ",$child," con respuesta ",$response->code," ", $response->message,"\n";
}
$forker->finish;
}
$forker->wait_all_children;
down.pl:
use LWP::UserAgent;
my $ua = new LWP::UserAgent(agent => 'Mozilla/5.0 (Windows; U; Windows NT 5.1; en-US; rv:1.8.0.5) Gecko/20060719 Firefox/1.5.0.5');
my $response = $ua->get("http://pagina.com"); ...
test.pl:
#use LWP::UserAgent;
use Parallel::ForkManager;
my $forker = Parallel::ForkManager->new(5);
foreach my $child ( 1 .. 5 ) {
$forker->start and next;
for (my $i = 0; $i < 1; $i++) {
`perl down.pl`;
#print "child numero ",$child," con respuesta ",$response->code," ", $response->message,"\n";
}
$forker->finish;
}
$forker->wait_all_children;
down.pl:
use LWP::UserAgent;
my $ua = new LWP::UserAgent(agent => 'Mozilla/5.0 (Windows; U; Windows NT 5.1; en-US; rv:1.8.0.5) Gecko/20060719 Firefox/1.5.0.5');
my $response = $ua->get("http://pagina.com"); ...
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Por qué este array solo contiene un elemento
Hola..
Soy nuevo en Perl y en esto de las expresiones regulares.. El problema es que hago una búsqueda en un archivo y guardo el resultado en un array pero no entiendo por qué siempre obtengo solo el último elemento del array... Acá el código...
foreach $line (<LOGFILE>) {
chomp($line);
if ( $line =~ m /http:\/\/www.google.de\/search\?q\=(.*\b&ie{1}\b)/ig ) {
@google = $1;
}
}
foreach $linea (@google) {
print $linea;
}
¿Podrían echarme una ...
Soy nuevo en Perl y en esto de las expresiones regulares.. El problema es que hago una búsqueda en un archivo y guardo el resultado en un array pero no entiendo por qué siempre obtengo solo el último elemento del array... Acá el código...
foreach $line (<LOGFILE>) {
chomp($line);
if ( $line =~ m /http:\/\/www.google.de\/search\?q\=(.*\b&ie{1}\b)/ig ) {
@google = $1;
}
}
foreach $linea (@google) {
print $linea;
}
¿Podrían echarme una ...
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Cómo detectar poblaciones en un texto
Hola a todos, soy nuevo en el foro y necesito un poco de ayuda.
Estoy tratando de realizar un programa que sepa reconocer las poblaciones de Cataluña en un texto cualquiera.
Tengo guardado como claves de un hash los nombre de las poblaciones y como valor un índice (1..947), para el tratamiento de poblaciones formadas por una sola palabra (ej. Reus, Girona, Sabadell), divido el texto por espacios y compruebo si existe en el hash. ...
Estoy tratando de realizar un programa que sepa reconocer las poblaciones de Cataluña en un texto cualquiera.
Tengo guardado como claves de un hash los nombre de las poblaciones y como valor un índice (1..947), para el tratamiento de poblaciones formadas por una sola palabra (ej. Reus, Girona, Sabadell), divido el texto por espacios y compruebo si existe en el hash. ...
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Expresiones regulares para reemplazar código HTML
¿Cómo puedo reemplazar esto
"<img alt="" src="http://mywebimage.com/thumb/4/45/Glider.svg/220px-Glider.svg.png" class="thumbimage" height="220" width="220">"
por:
"<img alt="" src="img/220px-Glider.svg.png" class="thumbimage" height="220" width="220">"?
<html>
<img alt="" src="http://mywebimage.com/thumb/4/45/Glider.svg/220px-Glider.svg.png" class="thumbimage" height="220" width="220"></a><br>
<div class="thumbcaption"><img src="http://mywebimage.com/common/2/foto.jpg" alt="" height="11" width="15"><br><p>
<div class="internal" title="Aumentar"><img src="http://mywebimage.com/common/images/magnify-clip.png" alt="" height="11" width="15"></a><br>
</div>
</html>
En otras palabras, quisiera que el anterior código me quedara así:
Cambiar solo entre las etiquetas "<img >" sin alterar al resto del código HTML.
<html>
<img alt="" ...
"<img alt="" src="http://mywebimage.com/thumb/4/45/Glider.svg/220px-Glider.svg.png" class="thumbimage" height="220" width="220">"
por:
"<img alt="" src="img/220px-Glider.svg.png" class="thumbimage" height="220" width="220">"?
<html>
<img alt="" src="http://mywebimage.com/thumb/4/45/Glider.svg/220px-Glider.svg.png" class="thumbimage" height="220" width="220"></a><br>
<div class="thumbcaption"><img src="http://mywebimage.com/common/2/foto.jpg" alt="" height="11" width="15"><br><p>
<div class="internal" title="Aumentar"><img src="http://mywebimage.com/common/images/magnify-clip.png" alt="" height="11" width="15"></a><br>
</div>
</html>
En otras palabras, quisiera que el anterior código me quedara así:
Cambiar solo entre las etiquetas "<img >" sin alterar al resto del código HTML.
<html>
<img alt="" ...
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Problema conexión SSH a equipo IronMail
Estimados,
Tengo el siguiente código de error al intentar realizar una conexión SSH y ejecutar un comando:
instalé el módulo NET::SSH::PERL mediante cpan (install NET::SSH:PERL)
Can't locate Net/SSH/Perl.pm in @INC (@INC contains: /etc/perl /usr/local/lib/perl/5.8.4 /usr/local/share/perl/5.8.4 /usr/lib/perl5 /usr/share/perl5 /usr/lib/perl/5.8 /usr/share/perl/5.8 /usr/local/lib/site_perl .) at ./SSH.pl line 4.
BEGIN failed--compilation aborted at ./SSH.pl line 4.
Lo que necesito realizar es ejecutar un comando a través de SSH pero en el código debe ir implícito el usuario y ...
Tengo el siguiente código de error al intentar realizar una conexión SSH y ejecutar un comando:
instalé el módulo NET::SSH::PERL mediante cpan (install NET::SSH:PERL)
Can't locate Net/SSH/Perl.pm in @INC (@INC contains: /etc/perl /usr/local/lib/perl/5.8.4 /usr/local/share/perl/5.8.4 /usr/lib/perl5 /usr/share/perl5 /usr/lib/perl/5.8 /usr/share/perl/5.8 /usr/local/lib/site_perl .) at ./SSH.pl line 4.
BEGIN failed--compilation aborted at ./SSH.pl line 4.
Lo que necesito realizar es ejecutar un comando a través de SSH pero en el código debe ir implícito el usuario y ...
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Extraer palabras de una secuencia
¡Hola!
Mira tengo un problema: necesito extraer palabras de 8 nucleótidos de la siguiente forma:
Tengo mi secuencia:
CTGTGAAGGAACTT...
La primera palabra sería:
CTGTGAAG
Para la segunda palabra tiene que correr un espacio y empezar a correr los 8 nucleótidos desde el segundo nucleótido de la primera palabra, es decir, ambas palabras quedarían así:
CTGTGAAG primera palabra
TGTGAAGG segunda
GTGAAGGA tercera
TGAAGGAC cuarta
GAAGGAGT quinta
AAGGAGTT sexta
Luego tengo que hacer un conteo ...
Mira tengo un problema: necesito extraer palabras de 8 nucleótidos de la siguiente forma:
Tengo mi secuencia:
CTGTGAAGGAACTT...
La primera palabra sería:
CTGTGAAG
Para la segunda palabra tiene que correr un espacio y empezar a correr los 8 nucleótidos desde el segundo nucleótido de la primera palabra, es decir, ambas palabras quedarían así:
CTGTGAAG primera palabra
TGTGAAGG segunda
GTGAAGGA tercera
TGAAGGAC cuarta
GAAGGAGT quinta
AAGGAGTT sexta
Luego tengo que hacer un conteo ...
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Imprimir líneas duplicadas una vez
Hola,
Tengo un fichero por una parte, que contiene líneas así:
línea1
línea1
línea2
línea4
línea3
línea6
línea6
Y estaba intentando imprimir por pantalla todas las líneas, y si la línea está repetida imprimirla, pero solo una vez.
El código que tengo me funciona, hasta las últimas líneas, que sí que me imprime línea6 dos veces.
¿Sabéis por qué puede ser?
open FILE, q, 'file.txt' or die "$!";
my @fichero=<FILE>;
close FILE;
my @unicas ...
Tengo un fichero por una parte, que contiene líneas así:
línea1
línea1
línea2
línea4
línea3
línea6
línea6
Y estaba intentando imprimir por pantalla todas las líneas, y si la línea está repetida imprimirla, pero solo una vez.
El código que tengo me funciona, hasta las últimas líneas, que sí que me imprime línea6 dos veces.
¿Sabéis por qué puede ser?
open FILE, q, 'file.txt' or die "$!";
my @fichero=<FILE>;
close FILE;
my @unicas ...
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Extraer la posición del primer gen en la cadena complement
¡Hola!
Tengo un problema. Quisiera extraer la posición del primer gen que está sobre la cadena complementaria, es decir, si es el gen 1 o 2 o 15, etc...
Aquí voy a poner una parte de mi archivo genbank.
La pregunta es: ¿cómo podría extraer la posición del primer gen que tenga como característica la palabra complement?
Algo así vienen los genes que menciono :
gene 10887..10963
/locus_tag="MTt01"
/db_xref="GeneID:922440"
tRNA 10887..10963
/locus_tag="MTt01"
/product="tRNA-Ile"
/db_xref="GeneID:922440" ...
Tengo un problema. Quisiera extraer la posición del primer gen que está sobre la cadena complementaria, es decir, si es el gen 1 o 2 o 15, etc...
Aquí voy a poner una parte de mi archivo genbank.
La pregunta es: ¿cómo podría extraer la posición del primer gen que tenga como característica la palabra complement?
Algo así vienen los genes que menciono :
gene 10887..10963
/locus_tag="MTt01"
/db_xref="GeneID:922440"
tRNA 10887..10963
/locus_tag="MTt01"
/product="tRNA-Ile"
/db_xref="GeneID:922440" ...
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Saludos. Mi pregunta es muy simple. Tengo un archivo, archivo.txt, con información de esta forma:
Ejemplo de salida de un archivo
Para la segunda mitad del semestre
Es necesario dar por hecho la formula = 3.54 = 6.5
Todos los campos
Y quiero tener algo así, donde todos los espacios vacíos se eliminen:
Ejemplo de salida de un archivo
Para la segunda mitad del semestre
Es necesario dar por hecho la formula = 3.54 ...
Ejemplo de salida de un archivo
Para la segunda mitad del semestre
Es necesario dar por hecho la formula = 3.54 = 6.5
Todos los campos
Y quiero tener algo así, donde todos los espacios vacíos se eliminen:
Ejemplo de salida de un archivo
Para la segunda mitad del semestre
Es necesario dar por hecho la formula = 3.54 ...
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