Foro - Perl en Español

Buenas tardes,

Soy nuevo en el foro y en bioinformática, llevo muy poco tiempo aprendiendo Perl, y tengo que hacer un programa que haga lo siguiente:

Leer nombres de archivos desde la entrada patrón (teclado); cada archivo puede tener uno o más registros en formato GenBank. Para cada archivo de entrada crear un archivo de salida con extensión ".fasta". Cada archivo de salida (los .fasta) deben tener las secuencias del archivo de entrada en formato ...

Buenas.

Tengo un script que tiene que hacer dos conexiones sftp a dos servidores distintos.

Lo estoy haciendo con el módulo Net::SFTP::Foreign

Lo he hecho con las siguientes líneas:

my $sftp_rep = Net::SFTP::Foreign->new(host=>$host_rep, user=>$user_rep, password=>$passwd_rep, port=>$port_rep);
$sftp_rep->die_on_error("unable to connect to remote host");

Así es como lo tengo puesto inicialmente.

Entonces, inicialmente, si hay algún posible error en la conexión del ssh, con este código, el script lo que hace es salir del script. ...

Intento lanzar procesos en paralelo mediante fork() en un servidor AIX y se quedan procesos zombis. El programa principal no debe finalizar nunca.

¿Cómo puedo evitar estos procesos zombis?
Hasta que no mato el programa principal permanecen.

------------------ PROGRAMA PRINCIPAL --------------------------------------
$interval = 60;
$mifile = "...";

# Cada registro del fichero será del tipo: hh:mm,accion_a_ejecutar

######################################
# M A I N
######################################
while (1){
$hh = sprintf("%02d",(localtime));
$mm = sprintf("%02d",(localtime));

# Se procesa las ...

Buenas. Necesito ayuda. Estoy realizando este programa. Corre bien pero no encuentro la forma de agregarle que cuando no encuentre coincidencias que me dé un texto en pantalla diciéndolo.

#!/usr/bin/perl

for ( $x = 1; $x <= 10; $x = $x + 1 ) {
print "ingrese el parrafo $x : ";
$tipo = <STDIN>;
chop($tipo);
my $string = $tipo;
my $char = 'lengua';
my $offset = 0;

my $result = index( $string, $char, ...

Hola, estoy cruzando dos listas de datos, buscando las entradas de la primera (unas mil entradas) en la segunda (una base de datos de ~40 millones de entradas).

He pensado que se puede hacer de dos maneras (seguro que se puede hacer de otras...)

-con un grep
grep (/\b$chr\b/, @file2);

o
-con un regex
m/\b$chr\b/;

Tengo tres dudas,

1- ¿es una de las dos búsquedas, grep o regex, más rápida o eficiente computacionalmente que la ...

Muy buenos días.

Si tengo un archivo .csv separado por comas con 61 columnas y deseo eliminar las columnas 59, 60 y 61, ¿cómo podría utilizar undef o cuál sería la mejor manera?

Muchas gracias.

Buenas, necesito su ayuda con este problema:

Quisiera realizar la eliminación dentro de una lista asociativa pero sin hacerlo de forma manual tal y como está ahora en mi código, sino por medio de algún for() o si existe otra forma. De la lista se eliminan los datos uno, tres y siete; se tiene que mostrar la lista antes de la eliminación, los números a eliminar y la lista después de la eliminación.

#!/usr/bin/perl
%datos ...

Hola, compañeros.

Tengo un problemilla curioso. Instalé con cpan Image::Grab.

Cuando ejecuto el script .pl manualmente por consola, me descarga la imagen en un directorio local. Si programo este mismo script en el crontab entonces me sale un error de que no encuentra dicha biblioteca o paquete... con el siguiente mensaje:
Can't locate Image/Grab.pm in @INC (@INC contains: /usr/local/lib/perl5/5.10.1/i686-linux-thread-multi /usr/local/lib/perl5/5.10.1 /usr/local/lib/perl5/site_perl/5.10.1/i686-linux-thread-multi /usr/local/lib/perl5/site_perl/5.10.1 .) at /home/enric/download_images.pl line 4.
BEGIN failed--compilation aborted at /home/enric/download_images.pl line 4.
Versión ...

Unas horas después de publicar Perl v5.18.0, ya está disponible Perl v5.19.0, la versión de desarrollo que llevará a la publicación de Perl v5.20, el año que viene.

Perl v5.19.0 representa aproximadamente 0.2857142857 semanas de desarrollo desde Perl v5.18.0, y contiene aproximadamente 52 000 líneas de cambios a lo largo de 310 archivos, por parte de 6 autores.

Buenas tardes, maestros de Perl, tengo una duda. ¿Cómo hago para limpiar una variable como esta?

while($x<100){
my @var1=push(@var1,$valor);
}

# aquí hago lo que tengo que hacer

# Y aquí necesito borrar la variable algo así como "" o bien volver a setearla con nada

my @var1="";


De antemano, muchas gracias.