Foro - Perl en Español

Estimado explorer:

Tengo un problema con respecto a la permutación de secuencias nucleotídicas. Por ejemplo:

Tengo 3 secuencias nucleotídicas o aminoácidos.

INPUT
>multisecuencia
acgtc tgatgc gcatcg

(pueden ser de diferente tamaño y estar en un mismo archivo o en archivos distintos, en formato fasta)

Ahora, necesito realizar la permutación de dicha secuencias, en este caso sería 3!=3x2x1, teniendo lo siguiente:

OUTPUT
>multisecuencia
acgtc tgatgc gcatcg ..... seq1
tgatgc acgtc gcatcg ..... seq2
tgatgc gcatcg acgtc ...

Hola. Acá les traigo un regalo de navidad que hice en 3 horas. Es un programa en CGI para usar en webs que
soporten el mismo. Yo hice todas las pruebas con xampp y al parecer todo funciona bien.

Las funciones del programa son :

HexConverter
PanelFinder
PathsFinder
SQLi Scanner
FuzzDNS
FinderPass
PortScanner

El código del programa (formateado con perltidy) es

defacertools.cgi

#!"\xampp\perl\bin\perl.exe"
#
#DefacerTools 0.5
# ...

Hola todos,

Hoy por la mañana los foros estuvieron fuera de línea unas horas en lo que se hacía la actualización del software phpBB a la última versión.

La actualización realmente arreglas cosas de seguridad por lo que no verán mucho cambio en la interfaz. En caso de encontrar errores les pido lo reporte para arreglarlos.

Gracias

Saludos

Consulta a los que hubiesen pasado por una situación similar, con la idea de que no modifiquen el código de una consulta manualmente, ¿se puede empaquetar la misma en un exe y que éste mismo sea accedido vía PHP en el mismo servidor?

Se está preparando un curso de Perl en la Universidad de Valladolid,
organizado por alumnos de Estadística, con el auspicio del Grupo
Universitario de Informática y el apoyo del departamento de
Estadística.

El objetivo sería enseñar Perl orientado a las tareas de gestión y
procesado de archivos con información estadística. Algo también de
administración de sistemas, expresiones regulares y... lo que dé
tiempo a dar.

Los interesados, que se pongan en contacto con el departamento ...

¡Hola!

Soy Gonzalo desde Uruguay, primera vez que pregunto algo en el foro...

Soy muy nuevo en Perl y tengo un problemita.

Estoy tratando de usar gtk2-perl y el tema es el siguiente:

Quiero tratar de poner los datos del array en una simplelist y luego mostrarlos en un frame con un scrolledwindow y no lo puedo hacer...

Mi código es este:
...
my $args = shift;
$args->{results}= Gtk2::SimpleList->new(
name => 'text'
);

my ...

¿Cómo podría buscar cada ORF (ATG) hasta un STOP (TAA, TAG, TGA) guardando cada triplete desde ATG hasta STOP en un arreglo? Debido a que es un genoma y necesito sacar los marcos de lecturas.

Llevo esto:
#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
my $cadena = '';
my $file = 'archivo.fna'; # archivo .fna que contiene el #genoma de un procariota
if ( -e $file ) {
open IN, "<$file" or die "No pasa nada ...

Hola a todos

Soy alumno de la carrera de Bioinformática en Chile y soy nuevo en el foro :)

Resulta que me dieron una tarea de encontrar todos los ORF de la secuencia de un genoma, usando sólo expresiones regulares.Yo para eso ocupé la siguiente sentencia:

my @orfs = ( $sequence =~ m/(ATG(?:{3})+?(TAA|TAG|TGA))/g);

Esto me resulta bien, pero tiene un puro detalle. Cuando encuentra un codón de ...

Hola, tengo un script Perl que ejecuto desde consola para buscar archivos en un
directorio pasándole la extensión. El problema es que cuando llega a la carpeta de
Volume System Information se detiene el script porque no tiene permisos... ¿Cómo puedo
hacer para evitar leer esa carpeta...? Este código lo copie, no es mio.

my $DIR = 'D:/test/';
my $EXTENSION = '.txt';
my $COUNTER = 0;

buscador($EXTENSION,$DIR,\$COUNTER);

print "\nTotal de archivos *.$EXTENSION en directorio ...

Hola. ¿Saben? Tengo el siguiente código en el cual hago un simple formulario pero en el navegador también me muestra "Content-Type: text/html; charset=ISO-8859-1"

Código:
#!/usr/bin/perl
binmode STDOUT, ":encoding(ISO-8859-1)";
use CGI;
use CGI::Carp qw(fatalsToBrowser);
use Mod_dir::buscar;
#use strict;
#use warnings;
print error;
print "Content-type: text/html\n\n";

my $q = new CGI;
print $q->start_html({-script=>"$codigo_javascript"});
print $q->header('text/html');
print $q->startform(-method=>'POST');
print $q->p('Nombre:'.$q->textfield({-name=>'nombre'}));
print $q->p('Login:'.$q->textfield({-name=>'login'}));
print $q->p('Contraseña:'.$q->password_field({-name=>'contraseña'}));
print $q->submit({-value=>'Guardar'});
print $q->reset({-value=>'Borrar Formulario'})."<br>";
print $q->end_form;
#print $query->end_html();


my $tno=$q->param('nombre');
my $log=$q->param('login'); ...