Foro - Perl en Español

A ver, me presento: soy eduuu y ya sé programar un poco con Perl.

A pesar de todo no soy profesional informático y necesitaría resolver una duda, que me es imposible resolver solo porque no entiendo muchas cosas.

Necesito leer un archivo en formato binario, y sé lo siguiente:

Formato del titulo: FORMAT(20A4) ITITL donde ITITL es el título.
Formato del cuerpo: FORMAT(10F8.3) (X(i), Y(i), Z(i), i=1,NATOM)

¿Cómo lo tengo que leer, tengo suficiente información? ...

Hola. Haciendo un programita, se me presento la siguiente duda.

¿Cómo puedo llenar un arreglo con todas las posibilidades de nucleótidos, según el largo del tipo de nucleótido?

Ejemplo:
El espacio muestral (todas las posibilidades) de un nucleótido de 1, 2 y 3 letras, son 4¹=4, 4²=16 y 4³=64 respectivamente.

Para un nucleótido de 2 letras el espacio muestral es 16, entonces el arreglo debe quedar así:

my @arreglo;
$arre='AA';
$arre='AT';
$arre='AG';
$arre='AC';
$arre='TA'; ...

En Japón hay mucho fan de Perl, y lo demuestran creando varios calendarios de Adviento:

• Perl Advent Calendar Japan 2011 Acme Track, contando cosas graciosas sobre la familia Acme:: (en japonés) (Parece que a los japoneses les divierte mucho hablar de esto, incluso se publica un libro)
• Perl Advent Calendar Japan 2011 Hacker Track, para los programadores experimentados (en japonés)
• Perl Advent Calendar Japan 2011 Casual Track, introducción a nuevos módulos ...

También se ha puesto en marcha el Calendario de Adviento de Catalyst (en inglés).

Notad que algunos de estos calendarios usan el módulo WWW::AdventCalendar, que automatiza la creación de este tipo de páginas.

Con soluciones Perl, uno cada día. Ya está puesto el primero (en inglés), sobre cómo usar Perl para procesar las salidas generadas por los comandos en línea.

Ya está en marcha el Calendario de Adviento de Perl 6 (en inglés).

Hola otra vez,

Estoy intentando comprimir los archivos de un directorio, que tengan una extensión determinada, en un archivo tipo "gz" (también me valdría la extension Zip u otra).

Decidí usar el módulo Compress::Zlib para lograrlo, pero resulta que en vez de crearme un archivo comprimido, lo que hace es juntarme esos archivos en uno sólo (lo que necesito es poder tener los archivos comprimidos pero manteniendo su integridad individual, lo que es un "zip" ...

¡Hola! Tengo una pequeña duda. He creado un programa en Perl que necesita conectarse a MySQL. Todo funciona correctamente porque está usando la base de datos de mi ordenador y mi clave. El problema que veo yo cuando lo instale otra persona en su ordenador, y lógicamente, no tendrá la misma clave que yo, ¿habría alguna manera de hacer que funcionase en cualquier PC? Es que no se me ocurre nada. Lo único la persona ...

Ya comenzó el Calendario de Adviento de Perl Dancer 2011 (en inglés).

Hola. Soy estudiante de bioinformática. Tengo una duda en cómo busco y cuento una cadena en un secuencia. Está basado sobre el siguiente problema:

Tengo una secuencia...
GAGTTTTATCGCTTCCATGACGCAGAAGTTAACACTTTCGGATATTTCTAATGAGTCGAAAAATTATCTT

y deseo buscar cuántas veces se repite una cadena de dos letras, vale decir, cuántas veces AT, TA, CG, GC, GT, AC.... (en fin, todas las posibilidades en dos letras de espacio), se encuentran en la secuencia.

Ejemplo:
SECUENCIA= GGGTAGGCTAGGATCGGGTACGTCACGGGTATGCA
STRING=GG
RESULTADO: SE HAN ENCONTRADO 8 VECES ...