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La comunidad de programadores en Perl de habla-hispana.

Extraer fragmentos de ADN teniendo las coordenadas

Hola, teniendo un archivo con una secuencia única en formato fasta, y otro archivo tabulado donde dos de sus columnas (las 3 y 4 ) contienen las coordenadas respectivas a cierto elemento dentro de la secuencia del primer archivo, ¿cómo puedo extraer dichas fragmentos de secuencia según sus coordenadas?

Saludos y gracias.
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Procesamiento de Lenguaje natural

¿Alguien conoce algún proyecto o información que ayude a un proyecto de procesamiento de lenguaje natural (nlp) basado en web CGI Perl?

Explico mas detalladamente:
Es una web la cual un supuesto cliente escriba en un textbox una carta con las necesidades o peticiones y usando nlp basado en Perl pueda tomar las palabras clave para crear una ficha o resumen del mismo.

Ejemplo:

El cliente o usuario final escribe:
"Por medio de este medio ...
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Qué módulos usa un script cgi

Hola,
me gustaría saber si hay algún comando en terminal Fedora o alguna manera de saberlo, todos los módulos CPAN que se están utilizando en un script CGI, aparte de los "use" que se encuentran dentro del código.

Un saludo. Gracias.
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Sustituir elementos

Hola, ¿qué tal? Agradecería mucho su atención sobre la siguiente duda.

G07VVQL01AR4M7,497,01,CAGTGGTATCAACGCAGAGTACGCGGGCACTCCTCTCTCATTAGAGGTTGATCTTTG
AGGAAAACAGGGTGTTGCCTAAAGGATGAAAGTGTTGAGT

Quiero ir sustituyendo primero en el inicio un '>',
en la primera, colocar length,
y en la segunda, colocar lib,
y en la tercera, que sea un salto de linea "\n",

Es decir que quede de la siguiente manera:

>G07VVQL01AR4M7 length497 lib 01
CAGTGGTATCAACGCAGAGTACGCGGGCACTCCTCTCTCATTAGAGGTTGATCTTTG
AGGAAAACAGGGTGTTGCCTAAAGGATGAAAGTGTTGAGT

Llevo varios intentos pero no logro todo.

Gracias por su apoyo.
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Problemas con mi código CGI en hosting

Tengo un problema al ejecutar la sig. ruta donde enlaza a un cgi (report.cgi):

http://www.liceva.mx/index.html.

Esta página es un ejemplo de reporte para un directorio, en donde
los campos pueden ser llenados con la información que sea y al momento
de dar clic en el botón de enviar, éste generará el reporte.
Pero no lo hace. Les expliqué esto a mi proveedor de la página y me
dice que ...
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Concatenar archivos de texto 1 a 1

Hola, hace tiempo que no trasteo con Perl y me cuesta la vida cada vez que tengo que hacer algún apaño...

Quiero hacer un script que abra 2 archivos de texto en los cuales hay palabras del tipo (por ejemplo):

Dic1:
aaa
bbb
ccc
...
Dic2:
111
112
113
...

Pues bueno, lo que quiero hacer es algo tan simplón como que las concatene 1 a 1:

Dic1+Dic2:
aaa111
bbb112
ccc113

Lo he intentado anidando ...
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Cambios en la normativa de Comercio electrónico europea

Debería de colocar este tema en el subforo de Pasando el rato, pero este tema es de más importancia...

Ha entrado en vigor una nueva ley europea que obliga a los sitios web que hacen uso de cookies para el seguimiento de los usuarios y poderles ofrecer ofertas relacionadas con sus intereses, a que deben obtener el permiso de dichos usuarios, de forma expresa, para poder usar esas cookies dentro de los ordenadores de los ...
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bioinfo: Bio::Phylo, librería para análisis filoinformático

«Hace unos días me enteré por mi colega Pablo Vinuesa de la publicación de Bio::Phylo, una colección de 59 módulos escritos en Perl para análisis filogenético (filoinformático, como dicen sus autores). El artículo original aparece en la revista BMC Bioinformatics e incluye ejemplos de como utilizar esta librería para tareas típicas pero complejas, como por ejemplo el análisis automático (y el almacenamiento persistente como NeXML) de las anotaciones de árboles en formato Newick.»

Artículo
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Ramón Negrillo: Libros de Perl online

«Se trata de una lista de libros de Perl libres, con libres me refiero a que son libros que se pueden leer de forma gratuita en línea (online) o que los autores los distribuyen de forma electrónica sin ningún tipo de cargo.»

Artículo
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Desde cuándo puedo hacer esto en Perl

¿Desde cuándo se puede hacer esto en Perl? Es que estoy delirando por las largas jornadas de trabajo:
:shock:
@data;

Lo estuve usando sin darme cuenta y no me generaba error, o será que vi mal y estoy delirando :s :?
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