Muchas gracias, explorer.
La verdad me has dado una clase en esto de la bioinformática, no me justifico pero estoy leyendo y practicando en Perl por eso tantas preguntas y muchas más que tengo pero no quiero abusar de este foro, sólo hago las preguntas cuando ya no me quedan opciones después de muchos intentos.
Realmente agradezco tus respuestas.
Bueno, mi idea con este script era usar dos archivos de texto: el primero son las secuencias a buscar y el segundo es donde se van a buscar. Lo que deseaba, era no almacenar en hash ni array las secuencias del primer archivo según yo, eso ayuda a no usar tanta memoria y que el proceso de búsqueda sea más rápido. Sin embargo, lo que describiste tiene mucho de real y lo tomaré en cuenta. De nuevo, muchas gracias.