No conozco ninguna solución software, pero se podría hacer con scripts Perl: un servidor da la orden y los clientes, que están escuchando, inician el proceso de formateo. Es relativamente fácil de hacer.
Lo más efectivo es una solución hardware. Existen unas tarjetas (llamadas tarjetas sheriff), que hacen una recuperación de estado del disco duro, a voluntad, de forma programada o por orden de un ordenador servidor.
Son baratas y se instalan fácilmente en el ordenador.
Su uso principal es en sala de ordenadores (equipados siempre con Windows, por razones obvias), en las que los usuarios instalan programas, troyanos y virus de forma descontrolada. Con estas tarjetas se puede hacer que todos los lunes a las nueve de la mañana, se recupere el estado del momento de la instalación primera, por lo que se comienza la semana con un Windows tan limpio y suave como la carita de un bebé.
Naturalmente, es más entretenido hacer los programas
Tengo un amigo que ha hecho justamente eso, para su dos salas de 30 ordenadores cada uno. Lo que ha hecho es guardar una imagen de la partición principal en el momento de la instalación en una de las particiones secundarias. Cuando quiere recuperar el estado de un disco, arranca en modo Linux, elige la opción, y el programa en Linux descomprime y recupera completamente la partición Windows. Luego vuelve a reiniciar la máquina, y ya está.