Foro - Perl en Español

por **Cristina** » 2009-02-26 15:06 @671

Hola, hice un código que no entiendo porqué no funciona. Quiero randomizar datos por columnas. Los datos vienen de leer un file por filas. Creo un arreglo bi-dimensional y quiero randomizarlo. Tampoco sé cómo imprimirlo decentemente.
Mil gracias otra vez.

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Using perl Syntax Highlighting

open(fp,"$filein");

srand(time|$$);

while($current_line=<fp>)

{
chomp($current_line);

@seqs=split(//,$current_line);

push(@struct,@seqs);
}
for($j=0;$j<@struct;$j++){

for($i=0;$i<@{$struct[$j]};$i++)
{
$alea=int(rand($#struct));
$temp=$struct[$i][$alea];
$struct[$i][$alea]=$struct[$i][$j];
$struct[$i][$j]=$temp;

}
}

close(fp);
exit;Coloreado en 0.003 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

#!/usr/bin/perl -w

use strict;
use List::Utilqw(shuffle);
use Data::Dumper;

my$filein='archivo_de_entrada.txt';
my@struct;

openmy$FILE,'<',"$filein"ordie$!;

while($current_line=<$FILE>){
chomp($current_line);

my@seqs=split//,$current_line;

#Agregamos el @seqs ya con un orden aleatorio
push(@struct, shuffle(@seqs));

}

close$FILE;

#Finalmente cambiamos el orden de nuestro array final
@struct= shuffle(@struct);


#Mostramos el resultado con Data::Dumper
print Dumper(\@struct);Coloreado en 0.002 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

Finalmente con el módulo Data::Dumper podemos ver la estructura final del array.

Saludos

por **explorer** » 2009-02-26 18:25 @809

¿Y por qué a Cristina le interesan tanto los números aleatorios?

Ya son dos los hilos en que los menciona...

por **Cristina** » 2009-02-27 11:03 @502

Soy investigadora, bióloga, trabajo con secuencias de proteínas y mi intención es crear software predictivo de las propiedades de las proteínas a través de su secuencia. Luego para probar que lo que dices es verdad, hay que hacer un control negativo que es ver qué pasa con secuencias de la misma composición (mismos caracteres) pero ordenados aleatoriamente.

Hasta ahora trabajé con un programador (en C) y ahora tengo que hacerme las cosas sola, así que arremetí con Perl.

Me pasa que con los módulos que traen más funciones hechas no los puedo instalar, no sé si tendré problemas en mi sistema.

Les agradezco un montón a los dos, seguiré en el intento.
Cris.

por **explorer** » 2009-02-27 13:18 @595

Perl tiene un proyecto aparte, llamado BioPerl, que sirve para todo lo relacionado con biología; pero, cuidado: tiene una curva de aprendizaje muy fuerte.

De hecho, solo se enseña en los cursos y masters de Bioinformática, porque es necesario un profesional que tenga conocimientos tanto de biología como de informática.

Mientras tanto, y sin llegar a esos niveles, Perl sirve perfectamente para las cosas que estás probando.

por **Cristina** » 2009-02-27 13:35 @607

Gracias Kidd por la respuesta.

Ya instalé las librerías que me decías.

Te agradezco un montón, pero no es lo que quiero hacer, quiero aleatorizar cada columna por separado. Cambiando el orden de impresión del array global no es aleatorio porque cada carácter siempre tiene los mismos vecinos (no quiero aleatorizar primero cada línea leída). En un futuro aleatorizaré algunas columnas y otras no.

Gracias otra vez,
Cristina

por **Cristina** » 2009-02-27 13:38 @610

Gracias explorer, soy bioinformática de hecho, pero siempre a nivel usuario, no me había puesto a programar.

Con BioPerl no tengo buena experiencia aun, no llego a comprender la mayoría de las cosas, pero te hablo muy desde el inicio, no entiendo cómo usarlas.

Besos.
Cris.

por **kidd** » 2009-02-27 13:39 @610

Si pudiéramos ver un ejemplo del archivo de entrada y cómo quisieras que se vea una vez randomizadas sus columnas te podríamos dar un poco más de guía.

por **Cristina** » 2009-02-27 13:52 @619

Ej: archivo de entrada

Código: Seleccionar todo: 12345 12345 ABCDE ABCDE

Archivo de salida:

Código: Seleccionar todo: 12CD5 A234E ABC45 1B3DE

Lo hice con números y letras para hacerlo más visible,
Besos,
Cris

por **explorer** » 2009-02-27 13:54 @621

Cristina escribiste:Gracias explorer, soy bioinformática de hecho, pero siempre a nivel usuario, no me había puesto a programar.

¿QUÉ? ¿CÓMO? ¿Es eso posible? :shock:

¿Dónde has estudiado?

¡AAaahhh! A nivel de usuario

Eso quiere decir que te enseñaron solo a manejar programas de manejo de secuencias de proteínas, ¿no? :twisted:

Por estos foros encontrarás algunos hilos sobre el tema de secuencias de bases genéticas.

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Randomizar datos por columnas

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