Foro - Perl en Español

my (@seq) = grep(/^SEQ /, @stridereport);
    my $largo = length @seq;
   
   
    for (@seq)  {$_ = substr ($_, 10, 50)};
   
 
    #$seq = $seq[0];       #sin esta líneas imprime todos los caracteres de cada proteína
    $seq = join('', @seq); #sin esta línea imprime solo los primeras 50 caracteres de SEQ
    $seq =~ s/(\w+)\s+//;   #sin esta línea imprime la secuencia completa de la proteína pero también imprime las secuencias siguientes...QUE NO QUIERO
     
    $length = length($1) if defined $1;
   
    return ($seq);
}

1;

my @seq = map{ my $data = substr($_,10,50); $data } grep{ /^SEQ / } @stridereport;

print join "\n", @seq;

#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
use diagnostics;

my $seq;

while ( <DATA> ) {
    last if  /^CHN/;  # ver si tenemos que acabar
    next if !/^SEQ/;  # solo nos interesan las líneas de SEQ

    chomp;

    if (/\d+\s+(\w+)/) {  # extraemos la secuencia usando el primer número como pista
        $seq .= $1;
    }
}

print "$seq\n";

__DATA__
SEQ  1    KSTYRTPNFDDVLKENNDADKGRSYAYFMVGAMGLLSSAGAKSTVETFIS   50          1EZV
STR        TTTTT  TTTTB  TTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH               1EZV
REM                                                                        1EZV
REM                .         .         .         .         .               1EZV
SEQ  51   SMTATADVLAMAKVEVNLAAIPLGKNVVVKWQGKPVFIRHRTPHEIQEAN  100          1EZV
STR       H   TTTTT    EEEEGGG TTTEEEEEEETTEEEEEEE  HHHHHHHH               1EZV
REM                                                                        1EZV
REM                .         .         .         .         .               1EZV
SEQ  101  SVDMSALKDPQTDADRVKDPQWLIMLGICTHLGCVPIGEAGDFGGWFCPC  150          1EZV
STR          GGGTTTT  GGG TTTTTEEEEE  TTTTT   EETTTTTT EEETT               1EZV
REM                                                                        1EZV
REM                .         .         .                                   1EZV
SEQ  151  HGSHYDISGRIRKGPAPLNLEIPAYEFDGDKVIVG                 185          1EZV
STR       TTEEETTTT EEE           EEEETTEEEE                               1EZV
REM                                                                        1EZV
CHN  PDB/1EZV.pdb/1EZV.pdb H                                               1EZV
REM                                                                        1EZV
REM                .         .         .         .         .               1EZV
SEQ  1    VTDQLEDLREHFKNTEEGKALVHHYEECAERVKIQQQQPGYADLEHKEDC   50          1EZV
STR          HHHHHHHHHH  HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTTTTTTTT                  1EZV
REM                                                                        1EZV
REM                .         .                                             1EZV
SEQ  51   VEEFFHLQHYLDTATAPRLFDKLK                             74          1EZV
STR       HHHHHHHHHHHHHHHHTTGGGG                                           1EZV