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Problema de parseo SEQ

¿Apenas comienzas con Perl? En este foro podrás encontrar y hacer preguntas básicas de Perl con respuestas aptas a tu nivel.

Problema de parseo SEQ

Notapor tacuberto » 2009-03-10 15:51 @702

Tengo un archivo del siguiente tipo:

Código: Seleccionar todo
SEQ  1    KSTYRTPNFDDVLKENNDADKGRSYAYFMVGAMGLLSSAGAKSTVETFIS   50          1EZV
STR        TTTTT  TTTTB  TTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH               1EZV
REM                                                                        1EZV
REM                .         .         .         .         .               1EZV
SEQ  51   SMTATADVLAMAKVEVNLAAIPLGKNVVVKWQGKPVFIRHRTPHEIQEAN  100          1EZV
STR       H   TTTTT    EEEEGGG TTTEEEEEEETTEEEEEEE  HHHHHHHH               1EZV
REM                                                                        1EZV
REM                .         .         .         .         .               1EZV
SEQ  101  SVDMSALKDPQTDADRVKDPQWLIMLGICTHLGCVPIGEAGDFGGWFCPC  150          1EZV
STR          GGGTTTT  GGG TTTTTEEEEE  TTTTT   EETTTTTT EEETT               1EZV
REM                                                                        1EZV
REM                .         .         .                                   1EZV
SEQ  151  HGSHYDISGRIRKGPAPLNLEIPAYEFDGDKVIVG                 185          1EZV
STR       TTEEETTTT EEE           EEEETTEEEE                               1EZV
REM                                                                        1EZV
CHN  PDB/1EZV.pdb/1EZV.pdb H                                               1EZV
REM                                                                        1EZV
REM                .         .         .         .         .               1EZV
SEQ  1    VTDQLEDLREHFKNTEEGKALVHHYEECAERVKIQQQQPGYADLEHKEDC   50          1EZV
STR          HHHHHHHHHH  HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTTTTTTTT                  1EZV
REM                                                                        1EZV
REM                .         .                                             1EZV
SEQ  51   VEEFFHLQHYLDTATAPRLFDKLK                             74          1EZV
STR       HHHHHHHHHHHHHHHHTTGGGG                                           1EZV


Necesito extraer solo los primeros "SEQ"..PERO NO ME FUNCIONA la extracción usando:

Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]
Using perl Syntax Highlighting
my (@seq) = grep(/^SEQ /, @stridereport);
    my $largo = length @seq;
   
   
    for (@seq)  {$_ = substr ($_, 10, 50)};
   
 
    #$seq = $seq[0];       #sin esta líneas imprime todos los caracteres de cada proteína
    $seq = join('', @seq); #sin esta línea imprime solo los primeras 50 caracteres de SEQ
    $seq =~ s/(\w+)\s+//;   #sin esta línea imprime la secuencia completa de la proteína pero también imprime las secuencias siguientes...QUE NO QUIERO
     
    $length = length($1) if defined $1;
   
    return ($seq);
}

1;
Coloreado en 0.002 segundos, usando GeSHi 1.0.8.4


¿Alguna idea?
tacuberto
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Notapor kidd » 2009-03-10 17:05 @753

Hola,

No sé bien hasta dónde acaba la línea de la secuencia de proteínas, pero de acuerdo a lo que estás haciendo, lo podríamos resumir en:

Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]
Using perl Syntax Highlighting
my @seq = map{ my $data = substr($_,10,50); $data } grep{ /^SEQ / } @stridereport;

print join "\n", @seq;
Coloreado en 0.001 segundos, usando GeSHi 1.0.8.4


Que nos da como resultado:

Código: Seleccionar todo
KSTYRTPNFDDVLKENNDADKGRSYAYFMVGAMGLLSSAGAKSTVETFIS
SMTATADVLAMAKVEVNLAAIPLGKNVVVKWQGKPVFIRHRTPHEIQEAN
SVDMSALKDPQTDADRVKDPQWLIMLGICTHLGCVPIGEAGDFGGWFCPC
HGSHYDISGRIRKGPAPLNLEIPAYEFDGDKVIVG
VTDQLEDLREHFKNTEEGKALVHHYEECAERVKIQQQQPGYADLEHKEDC
VEEFFHLQHYLDTATAPRLFDKLK


Saludos
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Notapor tacuberto » 2009-03-11 07:12 @342

¡Amigazo!

Exactamente necesito eso, pero solo hasta la parte que dice

...KVIVG"

que es antes del segundo CHN: " CHN PDB/1EZV.pdb/1EZV.pdb H "
tacuberto
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Notapor explorer » 2009-03-11 08:40 @402

Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]
Using perl Syntax Highlighting
#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
use diagnostics;

my $seq;

while ( <DATA> ) {
    last if  /^CHN/;  # ver si tenemos que acabar
    next if !/^SEQ/;  # solo nos interesan las líneas de SEQ

    chomp;

    if (/\d+\s+(\w+)/) {  # extraemos la secuencia usando el primer número como pista
        $seq .= $1;
    }
}

print "$seq\n";

__DATA__
SEQ  1    KSTYRTPNFDDVLKENNDADKGRSYAYFMVGAMGLLSSAGAKSTVETFIS   50          1EZV
STR        TTTTT  TTTTB  TTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH               1EZV
REM                                                                        1EZV
REM                .         .         .         .         .               1EZV
SEQ  51   SMTATADVLAMAKVEVNLAAIPLGKNVVVKWQGKPVFIRHRTPHEIQEAN  100          1EZV
STR       H   TTTTT    EEEEGGG TTTEEEEEEETTEEEEEEE  HHHHHHHH               1EZV
REM                                                                        1EZV
REM                .         .         .         .         .               1EZV
SEQ  101  SVDMSALKDPQTDADRVKDPQWLIMLGICTHLGCVPIGEAGDFGGWFCPC  150          1EZV
STR          GGGTTTT  GGG TTTTTEEEEE  TTTTT   EETTTTTT EEETT               1EZV
REM                                                                        1EZV
REM                .         .         .                                   1EZV
SEQ  151  HGSHYDISGRIRKGPAPLNLEIPAYEFDGDKVIVG                 185          1EZV
STR       TTEEETTTT EEE           EEEETTEEEE                               1EZV
REM                                                                        1EZV
CHN  PDB/1EZV.pdb/1EZV.pdb H                                               1EZV
REM                                                                        1EZV
REM                .         .         .         .         .               1EZV
SEQ  1    VTDQLEDLREHFKNTEEGKALVHHYEECAERVKIQQQQPGYADLEHKEDC   50          1EZV
STR          HHHHHHHHHH  HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTTTTTTTT                  1EZV
REM                                                                        1EZV
REM                .         .                                             1EZV
SEQ  51   VEEFFHLQHYLDTATAPRLFDKLK                             74          1EZV
STR       HHHHHHHHHHHHHHHHTTGGGG                                           1EZV
 
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