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Notapor wampaier » 2009-06-24 09:51 @452

¿Qué tal...? Tengo un problema con mi programa... Ya que hace lo que tiene que hacer... pero no me hace el ciclo completo... Este es mi código:

Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]
Using perl Syntax Highlighting
#!usr/bin/perl

use strict;
use BeginPerlBioinfo;

open (my $fh, $ARGV[0]) or die "Error al pedir el Archivo.\n";

#Declaracion e iniciacion de variables
my $record;
my $dna;
my $annotation;
my %fields;
my $library = $fh;

while (<$fh>)
{
$record = get_next_record($fh);

#Parseo se secuencia y anotacion
($annotation, $dna) = get_annotation_and_dna($record);

#Extraer los campos
%fields = parse_annotation($annotation);

#Imprimir los campos

        foreach my $key (keys %fields)
        {
           print "******** $key **********\n";
           print $fields{$key};
        }
}
#################################################################
# Subroutine
#################################################################

# parse_annotation
#
# Dar las anotaciones de GenBank, regresando un hash con
# keys: los nombres de los campos
# values: los campos

sub parse_annotation
{
        my ($annotation) = @_;
        my (%results) = ();

        while ($annotation =~ /^REFERENCE\s+1.*\n(^\s.*\n)*/gm)
             {
                my $value = $&;
                (my $key = $value) =~ s/^(REFERENCE\s+1+).*/$1/s;
                $results{$key} = $value;
        }
       
        return %results;
}
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Código: Seleccionar todo
LOCUS       X72459                   375 bp    mRNA    linear   PRI 14-NOV-2006
DEFINITION  H.sapiens mRNA for rearranged Ig kappa light chain variable region
            (I.169).
ACCESSION   X72459
VERSION     X72459.1  GI:441386
KEYWORDS    immunoglobulin; J-segment; kappa light chain; V-region.
SOURCE      Homo sapiens (human)
  ORGANISM  Homo sapiens
            Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi;
            Mammalia; Eutheria; Euarchontoglires; Primates; Haplorrhini;
            Catarrhini; Hominidae; Homo.
REFERENCE   1  (bases 1 to 375)
  AUTHORS   Klein,R., Jaenichen,R. and Zachau,H.G.
  TITLE     Expressed human immunoglobulin kappa genes and their hypermutation
  JOURNAL   Eur. J. Immunol. 23 (12), 3248-3262 (1993)
   PUBMED   8258341
REFERENCE   2  (bases 1 to 375)
  AUTHORS   Zachau,H.G.
  TITLE     Direct Submission
  JOURNAL   Submitted (26-APR-1993) H.G. Zachau, Institut fuer Physiologische
            Chemie, der Universitaet Muenchen, Schillerstr 44, 8000 Muenchen 2,
            FRG
FEATURES             Location/Qualifiers
     source          1..375
                     /organism="Homo sapiens"
                     /mol_type="mRNA"
                     /isolate="M.L."
                     /db_xref="taxon:9606"
                     /chromosome="2"
                     /clone="I.169"
                     /tissue_type="spleen"
                     /clone_lib="lambda zap II phage library"
     CDS             1..375
                     /note="Protein sequence is in conflict with the conceptual
                     translation"
                     /codon_start=1
                     /product="Ig kappa light chain (VJ)"
                     /protein_id="CAA51127.1"
                     /db_xref="GI:441387"
                     /translation="PAQLLGLLLLWLPGARCAIQLTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQ
                     GISSALAWYQQKPGKAPKLLIYDASSLESGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFAT
                     YYCQQFNTYPLTFGGGTKVEIKR"
     V_region        1..375
                     /product="Ig kappa light chain (VJ)"
     V_segment       53..336
     J_segment       337..375
                     /note="J-Kappa 4"
ORIGIN     
        1 cccgctcagc tcctggggct tctgctgctc tggctcccag gtgccagatg tgccatccag
       61 ttgacccagt ctccatcctc cctgtctgca tctgtaggag acagagtcac catcacttgc
      121 cgggcaagtc agggcataag cagtgcttta gcctggtatc agcagaaacc agggaaagct
      181 cctaagctcc tgatctatga tgcctccagt ttggaaagtg gggtcccatc aaggttcagc
      241 ggcagtggat ctgggacaga tttcactctc accatcagca gcctgcagcc tgaagatttt
      301 gcaacttatt actgtcaaca gtttaatact tacccgctca ctttcggcgg agggaccaag
      361 gtggagatca aacga
//

LOCUS       HUMIKCCH                 300 bp    mRNA    linear   PRI 10-MAY-1996
DEFINITION  Homo sapiens (clone LK38) immunoglobulin kappa chain mRNA, partial
            cds.
ACCESSION   L40725
VERSION     L40725.1  GI:722539
KEYWORDS    immunoglobulin; kappa light chain.
SOURCE      Homo sapiens (human)
  ORGANISM  Homo sapiens
            Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi;
            Mammalia; Eutheria; Euarchontoglires; Primates; Haplorrhini;
            Catarrhini; Hominidae; Homo.
REFERENCE   1  (bases 1 to 300)
  AUTHORS   Bridges,S.L. Jr., Lee,S.K., Johnson,M.L., Lavelle,J.C.,
            Fowler,P.G., Koopman,W.J. and Schroeder,H.W. Jr.
  TITLE     Somatic mutation and CDR3 lengths of immunoglobulin kappa light
            chains expressed in patients with rheumatoid arthritis and in
            normal individuals
  JOURNAL   J. Clin. Invest. 96 (2), 831-841 (1995)
   PUBMED   7635977
FEATURES             Location/Qualifiers
     source          1..300
                     /organism="Homo sapiens"
                     /mol_type="mRNA"
                     /db_xref="taxon:9606"
                     /clone="LK38"
                     /cell_type="B-lymphocyte"
                     /tissue_type="blood"
                     /dev_stage="adult"
     mRNA            <1..>300
     CDS             <1..>300
                     /note="putative"
                     /citation=[1]
                     /codon_start=1
                     /product="immunoglobulin kappa chain"
                     /protein_id="AAA99377.1"
                     /db_xref="GI:722540"
                     /translation="SSLSASVGDRVTITCRASQGISSALAWYQQKPGKAPKLLIYDAS
                     SLESGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQFNNKNLLTFGGGTKVEIK"
ORIGIN     
        1 tcctccctgt ctgcatctgt aggagacaga gtcaccatca cttgccgggc aagtcagggc
       61 attagcagtg ctttagcctg gtatcagcag aaaccaggga aagctcctaa gctcctgatc
      121 tatgatgcct ccagtttgga aagtggggtc ccatcaaggt tcagcggcag tggatctggg
      181 acagatttca ctctcaccat cagcagcctg cagcctgaag attttgcaac ttattactgt
      241 caacagttta ataataaaaa cctcctcact ttcggcggag ggaccaaggt ggagatcaaa
//

LOCUS       AJ410908                 267 bp    mRNA    linear   PRI 23-MAY-2001
DEFINITION  Homo sapiens partial mRNA for immunoglobulin kappa chain variable
            region, (V1-Vk gene), from multiple myeloma: MM-6k.
ACCESSION   AJ410908
VERSION     AJ410908.1  GI:14268437
KEYWORDS    immunoglobulin kappa chain; light chain; V1-Vk gene; variable
            region.
SOURCE      Homo sapiens (human)
  ORGANISM  Homo sapiens
            Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi;
            Mammalia; Eutheria; Euarchontoglires; Primates; Haplorrhini;
            Catarrhini; Hominidae; Homo.
REFERENCE   1
  AUTHORS   Kosmas,C., Viniou,N.A., Stamatopoulos,K., Courtenay-Luck,N.S.,
            Papadaki,T., Kollia,P., Paterakis,G., Anagnostou,D., Yataganas,X.
            and Loukopoulos,D.
  TITLE     Analysis of the kappa light chain variable region in multiple
            myeloma
  JOURNAL   Br. J. Haematol. 94 (2), 306-317 (1996)
   PUBMED   8759891
REFERENCE   2
  AUTHORS   Kosmas,C., Stamatopoulos,K., Papadaki,T., Belessi,C., Yataganas,X.,
            Anagnostou,D. and Loukopoulos,D.
  TITLE     Somatic hypermutation of immunoglobulin variable region genes:
            focus on follicular lymphoma and multiple myeloma
  JOURNAL   Immunol. Rev. 162, 281-292 (1998)
   PUBMED   9602371
REFERENCE   3  (bases 1 to 267)
  AUTHORS   Kosmas,C.
  TITLE     Direct Submission
  JOURNAL   Submitted (07-MAY-2001) Kosmas C., Medicine, Athens University
            School of Medicine, 21 Apolloniou Street, 16341 Athens, GREECE
FEATURES             Location/Qualifiers
     source          1..267
                     /organism="Homo sapiens"
                     /mol_type="mRNA"
                     /db_xref="taxon:9606"
                     /tissue_type="multiple myeloma: MM-6k"
                     /rearranged
     gene            <1..>267
                     /gene="V1-Vk"
     CDS             <1..>267
                     /gene="V1-Vk"
                     /experiment="experimental evidence, no additional details
                     recorded"
                     /codon_start=1
                     /product="immunoglobulin kappa chain variable region"
                     /protein_id="CAC39376.1"
                     /db_xref="GI:14268438"
                     /translation="PSSLSASVGDRVVTITCRVSQSISSFLAWYQQKPGNAPKLLIYD
                     AFSLLSGVPSRFSGSGSGTDFTFTISSLQPDDFATYYCQLRTSSP"
ORIGIN     
        1 ccatcctccc tgtctgcatc tgtaggagac agagtcgtca ccatcacttg ccgggttagt
       61 cagagcatta gcagcttctt agcctggtat cagcagaaac ctgggaacgc gcctaagctc
      121 ctgatctatg atgcattcag tttgttgagt ggagttccat caaggttcag tggcagtggc
      181 tctggaactg atttcacttt taccatcagt agcctgcagc ctgacgactt tgccacttat
      241 tattgtcagc tgcgcactag cagccca
//

LOCUS       AK097353                 929 bp    mRNA    linear   PRI 09-JAN-2008
DEFINITION  Homo sapiens cDNA FLJ40034 fis, clone SYNOV2000152, highly similar
            to Homo sapiens kappa 1 immunoglobulin light chain mRNA.
ACCESSION   AK097353
VERSION     AK097353.1  GI:21757070
KEYWORDS    FLI_CDNA; oligo capping; fis (full insert sequence).
SOURCE      Homo sapiens (human)
  ORGANISM  Homo sapiens
            Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi;
            Mammalia; Eutheria; Euarchontoglires; Primates; Haplorrhini;
            Catarrhini; Hominidae; Homo.
REFERENCE   1
  AUTHORS   Ota,T., Suzuki,Y., Nishikawa,T., Otsuki,T., Sugiyama,T., Irie,R.,
            Wakamatsu,A., Hayashi,K., Sato,H., Nagai,K., Kimura,K., Makita,H.,
            Sekine,M., Obayashi,M., Nishi,T., Shibahara,T., Tanaka,T.,
            Ishii,S., Yamamoto,J., Saito,K., Kawai,Y., Isono,Y., Nakamura,Y.,
            Nagahari,K., Murakami,K., Yasuda,T., Iwayanagi,T., Wagatsuma,M.,
            Shiratori,A., Sudo,H., Hosoiri,T., Kaku,Y., Kodaira,H., Kondo,H.,
            Sugawara,M., Takahashi,M., Kanda,K., Yokoi,T., Furuya,T.,
            Kikkawa,E., Omura,Y., Abe,K., Kamihara,K., Katsuta,N., Sato,K.,
            Tanikawa,M., Yamazaki,M., Ninomiya,K., Ishibashi,T., Yamashita,H.,
            Murakawa,K., Fujimori,K., Tanai,H., Kimata,M., Watanabe,M.,
            Hiraoka,S., Chiba,Y., Ishida,S., Ono,Y., Takiguchi,S., Watanabe,S.,
            Yosida,M., Hotuta,T., Kusano,J., Kanehori,K., Takahashi-Fujii,A.,
            Hara,H., Tanase,T.O., Nomura,Y., Togiya,S., Komai,F., Hara,R.,
            Takeuchi,K., Arita,M., Imose,N., Musashino,K., Yuuki,H., Oshima,A.,
            Sasaki,N., Aotsuka,S., Yoshikawa,Y., Matsunawa,H., Ichihara,T.,
            Shiohata,N., Sano,S., Moriya,S., Momiyama,H., Satoh,N., Takami,S.,
            Terashima,Y., Suzuki,O., Nakagawa,S., Senoh,A., Mizoguchi,H.,
            Goto,Y., Shimizu,F., Wakebe,H., Hishigaki,H., Watanabe,T.,
            Sugiyama,A., Takemoto,M., Kawakami,B., Yamazaki,M., Watanabe,K.,
            Kumagai,A., Itakura,S., Fukuzumi,Y., Fujimori,Y., Komiyama,M.,
            Tashiro,H., Tanigami,A., Fujiwara,T., Ono,T., Yamada,K., Fujii,Y.,
            Ozaki,K., Hirao,M., Ohmori,Y., Kawabata,A., Hikiji,T., Kobatake,N.,
            Inagaki,H., Ikema,Y., Okamoto,S., Okitani,R., Kawakami,T.,
            Noguchi,S., Itoh,T., Shigeta,K., Senba,T., Matsumura,K.,
            Nakajima,Y., Mizuno,T., Morinaga,M., Sasaki,M., Togashi,T.,
            Oyama,M., Hata,H., Watanabe,M., Komatsu,T., Mizushima-Sugano,J.,
            Satoh,T., Shirai,Y., Takahashi,Y., Nakagawa,K., Okumura,K.,
            Nagase,T., Nomura,N., Kikuchi,H., Masuho,Y., Yamashita,R.,
            Nakai,K., Yada,T., Nakamura,Y., Ohara,O., Isogai,T. and Sugano,S.
  TITLE     Complete sequencing and characterization of 21,243 full-length
            human cDNAs
  JOURNAL   Nat. Genet. 36 (1), 40-45 (2004)
   PUBMED   14702039
REFERENCE   2
  AUTHORS   Ninomiya,K., Wagatsuma,M., Kanda,K., Kondo,H., Yokoi,T.,
            Kodaira,H., Furuya,T., Takahashi,M., Kikkawa,E., Omura,Y., Abe,K.,
            Kamihara,K., Katsuta,N., Sato,K., Tanikawa,M., Yamazaki,M.,
            Sugiyama,T., Irie,R., Otsuki,T., Sato,H., Wakamatsu,A., Ishii,S.,
            Yamamoto,J., Isono,Y., Kawai-Hio,Y., Saito,K., Nishikawa,T.,
            Kimura,K., Yamashita,H., Matsuo,K., Nakamura,Y., Sekine,M.,
            Kikuchi,H., Murakawa,K., Kanehori,K., Takahashi-Fujii,A.,
            Oshima,A., Sugiyama,A., Kawakami,B., Suzuki,Y., Sugano,S.,
            Nagahari,K., Masuho,Y., Nagai,K. and Isogai,T.
  TITLE     NEDO human cDNA sequencing project
  JOURNAL   Unpublished
REFERENCE   3  (bases 1 to 929)
  AUTHORS   Isogai,T. and Yamamoto,J.
  TITLE     Direct Submission
  JOURNAL   Submitted (04-JUL-2002) Contact:Takao Isogai Helix Research
            Institute, Genomics Laboratory; 1532-3 Yana, Kisarazu, Chiba
            292-0812, Japan E-mail :[email protected]
COMMENT     NEDO human cDNA sequencing project supported by Ministry of
            Economy, Trade and Industry of Japan; cDNA full insert sequencing:
            Research Association for Biotechnology (RAB); cDNA library
            construction: Helix Research Institute (HRI) (supported by Japan
            Key Technology Center etc.); 5'- & 3'-end one pass sequencing: RAB,
            HRI, and Biotechnology Center, National Institute of Technology and
            Evaluation; clone selection for full insert sequencing: HRI and
            RAB; annotation: HRI and RAB.
FEATURES             Location/Qualifiers
     source          1..929
                     /organism="Homo sapiens"
                     /mol_type="mRNA"
                     /db_xref="taxon:9606"
                     /clone="SYNOV2000152"
                     /tissue_type="synovial membrane tissue from rheumatioid
                     arthritis"
                     /clone_lib="SYNOV2"
                     /note="cloning vector: pME18SFL3"
     CDS             25..735
                     /note="unnamed protein product"
                     /codon_start=1
                     /protein_id="BAC05011.1"
                     /db_xref="GI:21757071"
                     /translation="MDMRVPAQLLGLLLLWLSGARCDTQMTQSPTSLSASVGDRVTIT
                     CQASHDIESFLNWYQYKPGKAPKRLIHDGSRSEKGVPRRFSGSGFGTDFSLFINNLQP
                     EDVATYYCQQFGSLPRTFGQGTKLQINRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNN
                     FYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEV
                     THQGLSSPVTKSFNRGEC"
ORIGIN     
        1 agtcagtccc aaccaggaca cagcatggac atgagggtcc ctgctcagct cctggggctc
       61 ctgctgctct ggctctcagg tgccaggtgt gacactcaga tgacccagtc tccgacctcc
      121 ctgtctgcat ctgtgggaga cagagtcacc atcacttgcc aggcgagtca cgacattgaa
      181 agttttttaa actggtatca gtacaaacca ggcaaagccc ctaagcgcct catccacgat
      241 ggctccagat cagaaaaagg agtcccacga agattcagtg gaagtggatt tgggacagat
      301 tttagtcttt tcatcaacaa cctacaacct gaagatgttg cgacatatta ctgtcaacaa
      361 tttggttctc tgcctcggac ctttggccag gggaccaagc ttcagatcaa tcgaactgtg
      421 gctgcaccat ctgtcttcat cttcccgcca tctgatgagc agttgaaatc tggaactgcc
      481 tctgttgtgt gcctgctgaa taacttctat cccagagagg ccaaagtaca gtggaaggtg
      541 gataacgccc tccaatcggg taactcccag gagagtgtca cagagcagga cagcaaggac
      601 agcacctaca gcctcagcag caccctgacg ctgagcaaag cagactacga gaaacacaaa
      661 gtctacgcct gcgaagtcac ccatcagggc ctgagctcgc ccgtcacaaa gagcttcaac
      721 aggggagagt gttagaggga gaagtgcccc cacctgctcc tcagttccag cctgaccccc
      781 tcccatcctt tggcctctga ccctttttcc acaggggacc tacccctatt gcggtcctcc
      841 agctcatctt tcacctcacc cccctcctcc tccttggctt taattatgct aatgttggag
      901 gagaatgaat aaataaagtg aatctttgc
//

LOCUS       DQ101035                 316 bp    mRNA    linear   PRI 07-NOV-2005
DEFINITION  Homo sapiens isolate N1659K immunoglobulin kappa light chain
            variable region (IGKV1-13) mRNA, partial cds.
ACCESSION   DQ101035
VERSION     DQ101035.1  GI:70798661
KEYWORDS    .
SOURCE      Homo sapiens (human)
  ORGANISM  Homo sapiens
            Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi;
            Mammalia; Eutheria; Euarchontoglires; Primates; Haplorrhini;
            Catarrhini; Hominidae; Homo.
REFERENCE   1  (bases 1 to 316)
  AUTHORS   Stamatopoulos,K., Belessi,C., Hadzidimitriou,A., Smilevska,T.,
            Kalagiakou,E., Hatzi,K., Stavroyianni,N., Athanasiadou,A.,
            Tsompanakou,A., Papadaki,T., Kokkini,G., Paterakis,G., Saloum,R.,
            Laoutaris,N., Anagnostopoulos,A. and Fassas,A.
  TITLE     Immunoglobulin light chain repertoire in chronic lymphocytic
            leukemia
  JOURNAL   Blood 106 (10), 3575-3583 (2005)
   PUBMED   16076869
REFERENCE   2  (bases 1 to 316)
  AUTHORS   Stamatopoulos,K., Belessi,C., Hadzidimitriou,A., Smilevska,T.,
            Kalagiakou,E., Hatzi,K., Stavroyianni,N., Athanasiadou,A.,
            Tsompanakou,A., Papadaki,T., Kokkini,G., Paterakis,G., Saloum,R.,
            Laoutaris,N., Anagnostopoulos,A. and Fassas,A.
  TITLE     Direct Submission
  JOURNAL   Submitted (21-JUN-2005) Hematology Department and HCT Unit,
            Papanikolaou General Hospital, Thessaloniki 57010, Greece
FEATURES             Location/Qualifiers
     source          1..316
                     /organism="Homo sapiens"
                     /mol_type="mRNA"
                     /isolate="N1659K"
                     /isolation_source="chronic lymphocytic leukemia patient"
                     /db_xref="taxon:9606"
                     /cell_type="mononuclear cells"
                     /tissue_type="peripheral blood"
     gene            <1..>316
                     /gene="IGKV1-13"
     CDS             <1..>316
                     /gene="IGKV1-13"
                     /codon_start=1
                     /product="immunoglobulin kappa light chain variable
                     region"
                     /protein_id="AAZ09041.1"
                     /db_xref="GI:70798662"
                     /translation="IQLTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQGISSALAWYQQKPGKAPK
                     LLIYDASSLESGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQFNNYPPFGGGTKV
                     EIK"
ORIGIN     
        1 atccagttga cccagtctcc atcctccctg tctgcatctg taggagacag agtcaccatc
       61 acttgccggg caagtcaggg cattagcagt gctttagcct ggtatcagca gaaaccaggg
      121 aaagctccta agctcctgat ctatgatgcc tccagtttgg aaagtggggt cccatcaagg
      181 ttcagcggca gtggatctgg gacagatttc actctcacca tcagcagcct gcagcctgaa
      241 gattttgcaa cttattactg tcaacagttt aataattacc ctcctttcgg cggagggacc
      301 aaggtggaga tcaaac
//

LOCUS       DQ101103                 314 bp    mRNA    linear   PRI 07-NOV-2005
DEFINITION  Homo sapiens isolate P1215K immunoglobulin kappa light chain
            variable region (IGKV1-13) mRNA, partial cds.
ACCESSION   DQ101103
VERSION     DQ101103.1  GI:70798796
KEYWORDS    .
SOURCE      Homo sapiens (human)
  ORGANISM  Homo sapiens
            Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi;
            Mammalia; Eutheria; Euarchontoglires; Primates; Haplorrhini;
            Catarrhini; Hominidae; Homo.
REFERENCE   1  (bases 1 to 314)
  AUTHORS   Stamatopoulos,K., Belessi,C., Hadzidimitriou,A., Smilevska,T.,
            Kalagiakou,E., Hatzi,K., Stavroyianni,N., Athanasiadou,A.,
            Tsompanakou,A., Papadaki,T., Kokkini,G., Paterakis,G., Saloum,R.,
            Laoutaris,N., Anagnostopoulos,A. and Fassas,A.
  TITLE     Immunoglobulin light chain repertoire in chronic lymphocytic
            leukemia
  JOURNAL   Blood 106 (10), 3575-3583 (2005)
   PUBMED   16076869
REFERENCE   2  (bases 1 to 314)
  AUTHORS   Stamatopoulos,K., Belessi,C., Hadzidimitriou,A., Smilevska,T.,
            Kalagiakou,E., Hatzi,K., Stavroyianni,N., Athanasiadou,A.,
            Tsompanakou,A., Papadaki,T., Kokkini,G., Paterakis,G., Saloum,R.,
            Laoutaris,N., Anagnostopoulos,A. and Fassas,A.
  TITLE     Direct Submission
  JOURNAL   Submitted (21-JUN-2005) Hematology Department and HCT Unit,
            Papanikolaou General Hospital, Thessaloniki 57010, Greece
FEATURES             Location/Qualifiers
     source          1..314
                     /organism="Homo sapiens"
                     /mol_type="mRNA"
                     /isolate="P1215K"
                     /isolation_source="chronic lymphocytic leukemia patient"
                     /db_xref="taxon:9606"
                     /cell_type="mononuclear cells"
                     /tissue_type="peripheral blood"
     gene            <1..>314
                     /gene="IGKV1-13"
     CDS             <1..>314
                     /gene="IGKV1-13"
                     /codon_start=3
                     /product="immunoglobulin kappa light chain variable
                     region"
                     /protein_id="AAZ09108.1"
                     /db_xref="GI:70798797"
                     /translation="TQSPSSLSASVGDRVTITCRASQGISSALAWYQQKPGKAPKLLI
                     YDASSLESGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQFNNYPRWTFGQGTKVE
                     IK"
ORIGIN     
        1 tgacccagtc tccatcctcc ctgtctgcat ctgtaggaga cagagtcacc atcacttgcc
       61 gggcaagtca gggcattagc agtgctttag cctggtatca gcagaaacca gggaaagctc
      121 ctaagctcct gatctatgat gcctccagtt tggaaagtgg ggtcccatca aggttcagcg
      181 gcagtggatc tgggacagat ttcactctca ccatcagcag cctgcagcct gaagattttg
      241 caacttatta ctgtcaacag tttaataatt accctcgatg gacgttcggc caagggacca
      301 aggtggagat caaa
//



y esta es mi salida:

Código: Seleccionar todo
******** REFERENCE   1 **********
REFERENCE   1  (bases 1 to 300)
  AUTHORS   Bridges,S.L. Jr., Lee,S.K., Johnson,M.L., Lavelle,J.C.,
            Fowler,P.G., Koopman,W.J. and Schroeder,H.W. Jr.
  TITLE     Somatic mutation and CDR3 lengths of immunoglobulin kappa light
            chains expressed in patients with rheumatoid arthritis and in
            normal individuals
  JOURNAL   J. Clin. Invest. 96 (2), 831-841 (1995)
   PUBMED   7635977
******** REFERENCE   1 **********
REFERENCE   1
  AUTHORS   Kosmas,C., Viniou,N.A., Stamatopoulos,K., Courtenay-Luck,N.S.,
            Papadaki,T., Kollia,P., Paterakis,G., Anagnostou,D., Yataganas,X.
            and Loukopoulos,D.
  TITLE     Analysis of the kappa light chain variable region in multiple
            myeloma
  JOURNAL   Br. J. Haematol. 94 (2), 306-317 (1996)
   PUBMED   8759891
******** REFERENCE   1 **********
REFERENCE   1
  AUTHORS   Ota,T., Suzuki,Y., Nishikawa,T., Otsuki,T., Sugiyama,T., Irie,R.,
            Wakamatsu,A., Hayashi,K., Sato,H., Nagai,K., Kimura,K., Makita,H.,
            Sekine,M., Obayashi,M., Nishi,T., Shibahara,T., Tanaka,T.,
            Ishii,S., Yamamoto,J., Saito,K., Kawai,Y., Isono,Y., Nakamura,Y.,
            Nagahari,K., Murakami,K., Yasuda,T., Iwayanagi,T., Wagatsuma,M.,
            Shiratori,A., Sudo,H., Hosoiri,T., Kaku,Y., Kodaira,H., Kondo,H.,
            Sugawara,M., Takahashi,M., Kanda,K., Yokoi,T., Furuya,T.,
            Kikkawa,E., Omura,Y., Abe,K., Kamihara,K., Katsuta,N., Sato,K.,
            Tanikawa,M., Yamazaki,M., Ninomiya,K., Ishibashi,T., Yamashita,H.,
            Murakawa,K., Fujimori,K., Tanai,H., Kimata,M., Watanabe,M.,
            Hiraoka,S., Chiba,Y., Ishida,S., Ono,Y., Takiguchi,S., Watanabe,S.,
            Yosida,M., Hotuta,T., Kusano,J., Kanehori,K., Takahashi-Fujii,A.,
            Hara,H., Tanase,T.O., Nomura,Y., Togiya,S., Komai,F., Hara,R.,
            Takeuchi,K., Arita,M., Imose,N., Musashino,K., Yuuki,H., Oshima,A.,
            Sasaki,N., Aotsuka,S., Yoshikawa,Y., Matsunawa,H., Ichihara,T.,
            Shiohata,N., Sano,S., Moriya,S., Momiyama,H., Satoh,N., Takami,S.,
            Terashima,Y., Suzuki,O., Nakagawa,S., Senoh,A., Mizoguchi,H.,
            Goto,Y., Shimizu,F., Wakebe,H., Hishigaki,H., Watanabe,T.,
            Sugiyama,A., Takemoto,M., Kawakami,B., Yamazaki,M., Watanabe,K.,
            Kumagai,A., Itakura,S., Fukuzumi,Y., Fujimori,Y., Komiyama,M.,
            Tashiro,H., Tanigami,A., Fujiwara,T., Ono,T., Yamada,K., Fujii,Y.,
            Ozaki,K., Hirao,M., Ohmori,Y., Kawabata,A., Hikiji,T., Kobatake,N.,
            Inagaki,H., Ikema,Y., Okamoto,S., Okitani,R., Kawakami,T.,
            Noguchi,S., Itoh,T., Shigeta,K., Senba,T., Matsumura,K.,
            Nakajima,Y., Mizuno,T., Morinaga,M., Sasaki,M., Togashi,T.,
            Oyama,M., Hata,H., Watanabe,M., Komatsu,T., Mizushima-Sugano,J.,
            Satoh,T., Shirai,Y., Takahashi,Y., Nakagawa,K., Okumura,K.,
            Nagase,T., Nomura,N., Kikuchi,H., Masuho,Y., Yamashita,R.,
            Nakai,K., Yada,T., Nakamura,Y., Ohara,O., Isogai,T. and Sugano,S.
  TITLE     Complete sequencing and characterization of 21,243 full-length
            human cDNAs
  JOURNAL   Nat. Genet. 36 (1), 40-45 (2004)
   PUBMED   14702039
******** REFERENCE   1 **********
REFERENCE   1  (bases 1 to 316)
  AUTHORS   Stamatopoulos,K., Belessi,C., Hadzidimitriou,A., Smilevska,T.,
            Kalagiakou,E., Hatzi,K., Stavroyianni,N., Athanasiadou,A.,
            Tsompanakou,A., Papadaki,T., Kokkini,G., Paterakis,G., Saloum,R.,
            Laoutaris,N., Anagnostopoulos,A. and Fassas,A.
  TITLE     Immunoglobulin light chain repertoire in chronic lymphocytic
            leukemia
  JOURNAL   Blood 106 (10), 3575-3583 (2005)
   PUBMED   16076869
******** REFERENCE   1 **********
REFERENCE   1  (bases 1 to 314)
  AUTHORS   Stamatopoulos,K., Belessi,C., Hadzidimitriou,A., Smilevska,T.,
            Kalagiakou,E., Hatzi,K., Stavroyianni,N., Athanasiadou,A.,
            Tsompanakou,A., Papadaki,T., Kokkini,G., Paterakis,G., Saloum,R.,
            Laoutaris,N., Anagnostopoulos,A. and Fassas,A.
  TITLE     Immunoglobulin light chain repertoire in chronic lymphocytic
            leukemia
  JOURNAL   Blood 106 (10), 3575-3583 (2005)
   PUBMED   16076869


Por alguna razon... y es lo que no sé... no me está imprimiendo las 6 referencias... Sólo me imprime 5... ¿Me podríais ayudar dándole una checadita a mi código...? Tal vez... por ahí esté el error... pero no lo encuentro.

De antemano, gracias.
wampaier
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Notapor explorer » 2009-06-24 11:17 @512

Según las subrutinas de lectura, el formato del fichero de entrada debe ser muy estricto:

* la primera línea de cada registro debe estar en blanco (justo antes de la línea LOCUS)

* la línea siguiente a la última de la secuencia de adn debe ser un separador de registro (//), que además, debe estar seguido de un retorno de carro.

Con eso, sí que funciona. Aquí la versión corta:

Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]
Using perl Syntax Highlighting
#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
use diagnostics;

use BeginPerlBioinfo;

open my $fh, '<', $ARGV[0] or die "Error al pedir el archivo $ARGV[0].\n";

while (<$fh>) {

    my $record = get_next_record($fh);

    print "Registro:\n";

    my ($annotation, $dna) = get_annotation_and_dna($record);

    my %fields = parse_referencias($annotation);

    foreach my $key (keys %fields)
    {
        print "******** $key **********\n";
        print $fields{$key};
    }
}

close $fh;

#################################################################
# Subroutine
#################################################################

# parse_annotation
#
# Dar las anotaciones de GenBank, regresando un hash con:
# keys  : los nombres de los campos
# values: los campos, que son las líneas que comienzan por al menos un espacio en blanco

sub parse_referencias {
    my $annotation = $_[0];
    my %results;

    while ($annotation =~ /^((REFERENCE\s*\d*).*\n(?:^\s.*\n)*)/gm ) {
        my ($clave, $valor) = ($2, $1);
        $results{$clave} = $valor;
    }

    return %results;
}

__END__
Coloreado en 0.002 segundos, usando GeSHi 1.0.8.4


Hay unos cambios:
* La expresión regular que extrae las anotaciones. Con la ayuda de los paréntesis de captura, guardamos como valor toda la anotación ($1), mientras que la clave será la palabra REFERENCE seguida opcionalmente por un número.

* El nombre de la subrutina es distinta de la contenida en el módulo, para que no nos de el aviso de que estamos reescribiendo la misma subrutina.

* La subrutina original no nos sirve porque no tiene en cuenta el caso de que existan más de dos entradas iguales (varios REFERENCE) en el mismo registro (esto ya lo tenías contemplado en tu programa).

Viendo la salida que muestras, falta el primer registro, así que yo creo que es debido a que te falta una línea en blanco delante del primer LOCUS.

Sale:
Código: Seleccionar todo
Registro:
******** REFERENCE   1 **********
REFERENCE   1  (bases 1 to 375)
  AUTHORS   Klein,R., Jaenichen,R. and Zachau,H.G.
  TITLE     Expressed human immunoglobulin kappa genes and their hypermutation
  JOURNAL   Eur. J. Immunol. 23 (12), 3248-3262 (1993)
   PUBMED   8258341
******** REFERENCE   2 **********
REFERENCE   2  (bases 1 to 375)
  AUTHORS   Zachau,H.G.
  TITLE     Direct Submission
  JOURNAL   Submitted (26-APR-1993) H.G. Zachau, Institut fuer Physiologische
            Chemie, der Universitaet Muenchen, Schillerstr 44, 8000 Muenchen 2,
            FRG
Registro:
******** REFERENCE   1 **********
REFERENCE   1  (bases 1 to 300)
  AUTHORS   Bridges,S.L. Jr., Lee,S.K., Johnson,M.L., Lavelle,J.C.,
            Fowler,P.G., Koopman,W.J. and Schroeder,H.W. Jr.
  TITLE     Somatic mutation and CDR3 lengths of immunoglobulin kappa light
            chains expressed in patients with rheumatoid arthritis and in
            normal individuals
  JOURNAL   J. Clin. Invest. 96 (2), 831-841 (1995)
   PUBMED   7635977
Registro:
******** REFERENCE   1 **********
REFERENCE   1
  AUTHORS   Kosmas,C., Viniou,N.A., Stamatopoulos,K., Courtenay-Luck,N.S.,
            Papadaki,T., Kollia,P., Paterakis,G., Anagnostou,D., Yataganas,X.
            and Loukopoulos,D.
  TITLE     Analysis of the kappa light chain variable region in multiple
            myeloma
  JOURNAL   Br. J. Haematol. 94 (2), 306-317 (1996)
   PUBMED   8759891
******** REFERENCE   2 **********
REFERENCE   2
  AUTHORS   Kosmas,C., Stamatopoulos,K., Papadaki,T., Belessi,C., Yataganas,X.,
            Anagnostou,D. and Loukopoulos,D.
  TITLE     Somatic hypermutation of immunoglobulin variable region genes:
            focus on follicular lymphoma and multiple myeloma
  JOURNAL   Immunol. Rev. 162, 281-292 (1998)
   PUBMED   9602371
******** REFERENCE   3 **********
REFERENCE   3  (bases 1 to 267)
  AUTHORS   Kosmas,C.
  TITLE     Direct Submission
  JOURNAL   Submitted (07-MAY-2001) Kosmas C., Medicine, Athens University
            School of Medicine, 21 Apolloniou Street, 16341 Athens, GREECE
Registro:
******** REFERENCE   1 **********
REFERENCE   1
  AUTHORS   Ota,T., Suzuki,Y., Nishikawa,T., Otsuki,T., Sugiyama,T., Irie,R.,
            Wakamatsu,A., Hayashi,K., Sato,H., Nagai,K., Kimura,K., Makita,H.,
            Sekine,M., Obayashi,M., Nishi,T., Shibahara,T., Tanaka,T.,
            Ishii,S., Yamamoto,J., Saito,K., Kawai,Y., Isono,Y., Nakamura,Y.,
            Nagahari,K., Murakami,K., Yasuda,T., Iwayanagi,T., Wagatsuma,M.,
            Shiratori,A., Sudo,H., Hosoiri,T., Kaku,Y., Kodaira,H., Kondo,H.,
            Sugawara,M., Takahashi,M., Kanda,K., Yokoi,T., Furuya,T.,
            Kikkawa,E., Omura,Y., Abe,K., Kamihara,K., Katsuta,N., Sato,K.,
            Tanikawa,M., Yamazaki,M., Ninomiya,K., Ishibashi,T., Yamashita,H.,
            Murakawa,K., Fujimori,K., Tanai,H., Kimata,M., Watanabe,M.,
            Hiraoka,S., Chiba,Y., Ishida,S., Ono,Y., Takiguchi,S., Watanabe,S.,
            Yosida,M., Hotuta,T., Kusano,J., Kanehori,K., Takahashi-Fujii,A.,
            Hara,H., Tanase,T.O., Nomura,Y., Togiya,S., Komai,F., Hara,R.,
            Takeuchi,K., Arita,M., Imose,N., Musashino,K., Yuuki,H., Oshima,A.,
            Sasaki,N., Aotsuka,S., Yoshikawa,Y., Matsunawa,H., Ichihara,T.,
            Shiohata,N., Sano,S., Moriya,S., Momiyama,H., Satoh,N., Takami,S.,
            Terashima,Y., Suzuki,O., Nakagawa,S., Senoh,A., Mizoguchi,H.,
            Goto,Y., Shimizu,F., Wakebe,H., Hishigaki,H., Watanabe,T.,
            Sugiyama,A., Takemoto,M., Kawakami,B., Yamazaki,M., Watanabe,K.,
            Kumagai,A., Itakura,S., Fukuzumi,Y., Fujimori,Y., Komiyama,M.,
            Tashiro,H., Tanigami,A., Fujiwara,T., Ono,T., Yamada,K., Fujii,Y.,
            Ozaki,K., Hirao,M., Ohmori,Y., Kawabata,A., Hikiji,T., Kobatake,N.,
            Inagaki,H., Ikema,Y., Okamoto,S., Okitani,R., Kawakami,T.,
            Noguchi,S., Itoh,T., Shigeta,K., Senba,T., Matsumura,K.,
            Nakajima,Y., Mizuno,T., Morinaga,M., Sasaki,M., Togashi,T.,
            Oyama,M., Hata,H., Watanabe,M., Komatsu,T., Mizushima-Sugano,J.,
            Satoh,T., Shirai,Y., Takahashi,Y., Nakagawa,K., Okumura,K.,
            Nagase,T., Nomura,N., Kikuchi,H., Masuho,Y., Yamashita,R.,
            Nakai,K., Yada,T., Nakamura,Y., Ohara,O., Isogai,T. and Sugano,S.
  TITLE     Complete sequencing and characterization of 21,243 full-length
            human cDNAs
  JOURNAL   Nat. Genet. 36 (1), 40-45 (2004)
   PUBMED   14702039
******** REFERENCE   2 **********
REFERENCE   2
  AUTHORS   Ninomiya,K., Wagatsuma,M., Kanda,K., Kondo,H., Yokoi,T.,
            Kodaira,H., Furuya,T., Takahashi,M., Kikkawa,E., Omura,Y., Abe,K.,
            Kamihara,K., Katsuta,N., Sato,K., Tanikawa,M., Yamazaki,M.,
            Sugiyama,T., Irie,R., Otsuki,T., Sato,H., Wakamatsu,A., Ishii,S.,
            Yamamoto,J., Isono,Y., Kawai-Hio,Y., Saito,K., Nishikawa,T.,
            Kimura,K., Yamashita,H., Matsuo,K., Nakamura,Y., Sekine,M.,
            Kikuchi,H., Murakawa,K., Kanehori,K., Takahashi-Fujii,A.,
            Oshima,A., Sugiyama,A., Kawakami,B., Suzuki,Y., Sugano,S.,
            Nagahari,K., Masuho,Y., Nagai,K. and Isogai,T.
  TITLE     NEDO human cDNA sequencing project
  JOURNAL   Unpublished
******** REFERENCE   3 **********
REFERENCE   3  (bases 1 to 929)
  AUTHORS   Isogai,T. and Yamamoto,J.
  TITLE     Direct Submission
  JOURNAL   Submitted (04-JUL-2002) Contact:Takao Isogai Helix Research
            Institute, Genomics Laboratory; 1532-3 Yana, Kisarazu, Chiba
            292-0812, Japan E-mail :[email protected]
Registro:
******** REFERENCE   1 **********
REFERENCE   1  (bases 1 to 316)
  AUTHORS   Stamatopoulos,K., Belessi,C., Hadzidimitriou,A., Smilevska,T.,
            Kalagiakou,E., Hatzi,K., Stavroyianni,N., Athanasiadou,A.,
            Tsompanakou,A., Papadaki,T., Kokkini,G., Paterakis,G., Saloum,R.,
            Laoutaris,N., Anagnostopoulos,A. and Fassas,A.
  TITLE     Immunoglobulin light chain repertoire in chronic lymphocytic
            leukemia
  JOURNAL   Blood 106 (10), 3575-3583 (2005)
   PUBMED   16076869
******** REFERENCE   2 **********
REFERENCE   2  (bases 1 to 316)
  AUTHORS   Stamatopoulos,K., Belessi,C., Hadzidimitriou,A., Smilevska,T.,
            Kalagiakou,E., Hatzi,K., Stavroyianni,N., Athanasiadou,A.,
            Tsompanakou,A., Papadaki,T., Kokkini,G., Paterakis,G., Saloum,R.,
            Laoutaris,N., Anagnostopoulos,A. and Fassas,A.
  TITLE     Direct Submission
  JOURNAL   Submitted (21-JUN-2005) Hematology Department and HCT Unit,
            Papanikolaou General Hospital, Thessaloniki 57010, Greece
Registro:
******** REFERENCE   1 **********
REFERENCE   1  (bases 1 to 314)
  AUTHORS   Stamatopoulos,K., Belessi,C., Hadzidimitriou,A., Smilevska,T.,
            Kalagiakou,E., Hatzi,K., Stavroyianni,N., Athanasiadou,A.,
            Tsompanakou,A., Papadaki,T., Kokkini,G., Paterakis,G., Saloum,R.,
            Laoutaris,N., Anagnostopoulos,A. and Fassas,A.
  TITLE     Immunoglobulin light chain repertoire in chronic lymphocytic
            leukemia
  JOURNAL   Blood 106 (10), 3575-3583 (2005)
   PUBMED   16076869
******** REFERENCE   2 **********
REFERENCE   2  (bases 1 to 314)
  AUTHORS   Stamatopoulos,K., Belessi,C., Hadzidimitriou,A., Smilevska,T.,
            Kalagiakou,E., Hatzi,K., Stavroyianni,N., Athanasiadou,A.,
            Tsompanakou,A., Papadaki,T., Kokkini,G., Paterakis,G., Saloum,R.,
            Laoutaris,N., Anagnostopoulos,A. and Fassas,A.
  TITLE     Direct Submission
  JOURNAL   Submitted (21-JUN-2005) Hematology Department and HCT Unit,
            Papanikolaou General Hospital, Thessaloniki 57010, Greece
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Notapor wampaier » 2009-06-24 11:33 @523

Ok... creo que no me expliqué muy bien... La salida que se busca obtener es solo los "REFERENCE 1"; la 2 y 3... no las utilizo.
wampaier
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Notapor wampaier » 2009-06-24 11:39 @527

Cambié la expresion regular de esta manera:

Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]
Using perl Syntax Highlighting
while ($annotation =~ /^((REFERENCE\s*1).*\n(?:^\s.*\n)*)/gm ) {
Coloreado en 0.001 segundos, usando GeSHi 1.0.8.4


en vez de ponerle \d le puse el 1... pero sigue imprimiéndome 5... cuando me debería de estar imprimiendo 6.
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Notapor explorer » 2009-06-24 14:14 @635

La expresión regular puede ser también esta, que sí que me funciona:
Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]
Using perl Syntax Highlighting
while ($annotation =~ /^((REFERENCE\s*1)\s.*\n(?:^\s.*\n)*)/gm ) {
Coloreado en 0.001 segundos, usando GeSHi 1.0.8.4

Si el primer registro que te sale no es el
Código: Seleccionar todo
******** REFERENCE   1 **********
REFERENCE   1  (bases 1 to 375)
  AUTHORS   Klein,R., Jaenichen,R. and Zachau,H.G.
  TITLE     Expressed human immunoglobulin kappa genes and their hypermutation
  JOURNAL   Eur. J. Immunol. 23 (12), 3248-3262 (1993)
   PUBMED   8258341

entonces repasa lo que te he dicho antes: el fichero DEBE empezar con una línea en blanco, justo antes del primer LOCUS.

De los seis registros, ¿cuál es el que te falta?
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Notapor wampaier » 2009-06-24 14:38 @651

De los 6 el que me falta es el 1º... pero varía porque de otro archivo... el que no me imprime es el 2º... Está medio raro...
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Notapor explorer » 2009-06-24 18:19 @805

La forma de leer los registros es muy estricta:

El while (<$fh>) implica que debe existir una línea en blanco delante de cada registro.

La función get_next_record($fh); busca, desde la actual posición de lectura del fichero, hasta el siguiente separador de registros, inclusive.

La función get_annotation_and_dna() es también muy estricta: busca una línea que comience por LOCUS y sigue hasta la línea siguiente al separador de registros. De alguna forma está comprobando que es un registro de verdad.

Si alguna de estas condiciones falla, pues no saca nada.

Lo que puedes hacer es colocar algunos print() de control, en mitad del programa. Ejemplo:

Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]
Using perl Syntax Highlighting
print "[$record]\n";
Coloreado en 0.001 segundos, usando GeSHi 1.0.8.4

Observa que pongo la variable entre corchetes, para saber exactamente lo que contiene, espacios incluidos.

Lo mismo se puede aplicar al resto de variables.

Así, por lo menos, puedes ver en qué registro falla. Luego, vas al fichero que estás leyendo y comprueba que se dan todas las circunstancias descritas antes.

Y como uno de los últimos recursos, está el ejecutar el programa con el depurador, para ir paso a paso y comprobar qué está haciendo el programa:

Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]
Using bash Syntax Highlighting
perl -d programa genbank.txt
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Notapor wampaier » 2009-06-25 09:33 @439

ok... gracias por tu ayuda... lo estoy tomando en cuenta... y lo checaré en este momento... para ver... cual es la situación...
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Notapor wampaier » 2009-06-25 10:04 @461

¡¡¡Ya!!!... descubrí el error... ahora sí ya me imprime todos los valores... sí, como me dijiste... como no encontraba la línea en blanco... en el primer registro... por eso no me lo imprimía... gracias por tu ayuda...

Ahora sí voy a poder entregar mi proyecto final de semestre... jajaja :)
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