Pues para hacer un programa es necesario saber qué pasos das, es decir, qué haces y cómo lo haces. Dónde pinchas con el ratón, qué programas ejecutas, qué normas de renombrado de los ficheros utilizas, a qué horas o minutos o días hay que realizar esta operación, qué debes hacer en caso de que el disco duro local esté lleno, qué hay que hacer si alguna de las computadoras no responde, compruebas o no el estado del reporte recibido, si hay que informar a alguien del final de la operación, y con qué protocolo (correo, aviso en pantalla), etc. etc. etc. etc.
Solo con saber que las carpetas están compartidas, no vale.
En Perl dispones del módulo
File::Copy que puede realizar operaciones de copiado y movimiento de ficheros entre sistemas de ficheros (usa el sistema operativo para realizar esas operaciones). Al estar las carpetas compartidas, es lo mismo que si resolviéramos un problema con carpetas locales.