Foro - Perl en Español

Hola, tengo un problema que no tengo ni idea de si se puede resolver o no:

Normalmente, utilizo la codificación UTF-8. Mi problema es que, al hacer algún programa en Perl y pasarlo por un fichero codificado en ISO-8859-1, si maneja datos con tildes o ñ, éste no se aplica. Me gustaría saber qué puedo hacer para no tener que preocuparme de la codificación de los ficheros sobre los que quiera pasar mis programas (de momento, la única solución que he encontrado, y es bastante mala, es convertir los ficheros a UTF-8, pero eso hace que tenga un montón de archivos duplicados, entre otros problemas).

Gracias.