Pues prueba a poner Xterm en la emulación. Y si no, ANSI. Lo normal es que con "Linux" fuera suficiente.
Si no funciona, en la sección Mapped Keys puedes probar con las opciones de "Backspace envía Delete", y al revés.
Yo también tuve esos problemas hace un montón de tiempo cuando aún usaba Windows.
Y... otra opción... Te descargas
PuTTY, ¡y listo!
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