Foro - Perl en Español

Hola.

Necesito de su ayuda en Perl. Soy nueva en este lenguaje y no logré que funcione mi programa.

Consiste en llamar un archivo, que es el siguiente:
Se llama archivonuevo.txt y contiene lo siguiente:

El primer 4 es el número de Vacas
El 5 es el número de SNPS
Las cadenas de nucleótidos son los alelos.

Lo que hago es: tomar los alelos y ponerlos en un archivo. Y luego los quiero separar en columnas y renglones, pero no puedo. Es que necesito realizar el método de máxima verosimilitud.

Después de que los haya separado tengo que comparar los dos alelos de cada Vaca por columna. Si tenemos AA, en un homocigoto; si hay dos y uno es CC entonces guardar en un arreglo AA = 0, porque el el homocigoto mayor y el CC = 1 como sólo se encontró una vez éste sería el homocigoto menor y guardarlos en la posición en que se hayan encontrado y si se encuentra AG el cual se les da el valor de dos.

Ya que tenga la matriz que quedaría 4 renglones por 5 columnas o arreglo con 0, 1 y 2. Tengo que comparar que ninguno de los valores obtenidos haga ninguno que él.

Si no se hace ninguno ya comenzamos hacer los haplotipo; si sí se repite quitamos uno


Los haplotipos se calculan las veces que esté el 2 a la S. El 00020 tiene dos haplotipos: 0000 y 00010 y ya que tenga todos los haplotipos comparar que ninguno se repita; si se repite se quita uno y se tendrá una frecuencia de 2 porque se repitió.

Bueno, disculpe la molestia. Espero pueda ayudarme.

Soy nueva en Perl. La verdad y siempre he batallado en programar. Mi lógica no está muy bien. Estoy al pendiente.

Saludos.

Bienvenida a los foros de Perl en Español, Mirvana

Disculpe, pero no me he enterado de casi nada...

Fíjese que en su mensaje, en la esquina inferior derecha, hay un botón que le permite reeditar el mensaje.

Por favor, vuélvalo a leer, con calma, y complete aquellas partes que son confusas o incompletas.

Tenga en cuenta que no todos los programadores que pasan por estos foros son bioinformáticos, por lo que no entenderán muchos de los términos que pone en el mensaje. Intente expresarlos en términos de cadenas, bases, comparaciones, etcétera.

Le pediría, también, que cuidase de la ortografía, sobre todo de poner puntos y comas, ya que si no, se pierde el significado de lo que quiere decir.

Si dice que el programa no le funciona, sería interesante que lo publicara, para que podemos ver dónde está el fallo.

Saludos.