Bienvenido a los foros de Perl en Español, jvega112.
No conozco CentOS, pero si es un Linux basado en Fedora, debería tener ya instalado y configurado el Perl para funcionar con el Apache. Quizás solo tengas que retocar un poco la configuración del Apache para activar los cgi, pero lo normal es que no haya que hacer nada.
Ejecutar Perl desde Apache es lo que se suele conocer como «ejecutar un cgi». Por estos foros hay muchos ejemplos y referencias a los
CGI. Busca en la configuración del Apache cualquier referencia a la palabra "cgi".
Para usar
Template Toolkit, se debería empezar por leer su documentación:
Template::Manual, siendo
Template::Manual::Intro la mejor forma de ver en qué se basa este sistema de plantillas.