No importa dónde estén las plantillas. Lo importante es lo que ve el navegador web, y lo que ve es que quieres cargar un fichero llamado "app1.css". Escrito de esa manera, solicitará una petición HTTP al servidor al directorio raíz del sitio web, relativo a la ruta indicada por la etiqueta
<base>. Si no la tienes puesta, será relativa a la ruta que en ESE momento tenga la página web que está cargando.
Podría darse el caso, de que tengas desactivado el poder ver los CSS. En el Mozilla Firefox, en el menú Ver, opción Estilo de página, se puede elegir si quieres ver la página con los estilos suyos, o sin ningún estilo.
En caso de duda, se puede intentar poner la ruta completa al fichero. Si el "app1.css" está grabado en el raíz del sitio web, pues pones el enlace así "/app1.css". Si está en el directorio "/templates", pues "/templates/app1.css".
Quién te puede decir muy bien qué está pasando son los ficheros de registro de actividad del servidor web. Ahí vendrá cómo el navegador web solicita ese fichero.