Foro - Perl en Español

Esto es lo que debes hacer:

* abres el fichero
* un bucle por todas las líneas. Para cada línea:
* si la línea no comienza por '>', pasa a la siguiente (por ejemplo, con next)
* quita el carácter de fin de línea con chomp()
* Extraer el nombre de la secuencia. Por el ejemplo, es a partir de la segunda palabra, así que puedes usar split() para dividir la línea en palabras, descartar la primera y quedarte con lo demás
* Metes el nombre de secuencia en un hash, como la clave. Como valor, no importa (lo normal, un '1')
* Fin del bucle
* Inicias otro bucle que recorra las claves del hash
* Por cada uno, lo imprimes en pantalla
* Fin del bucle
* Profit!

¿No sabes realizar ninguno de los pasos anteriores?

Inténtalo. Te ayudaremos con los fallos que encontremos.

¡Adelante!

P.D. En el foro de Bioinformática hay algunos problemas parecidos, ya resueltos.

Pero si en otras ocasiones has presentado programas mucho más complejos que el que pides...

A ver... mira...

Abrir un fichero: open()
Bucle: while()
Si no empieza por '>' pasa a la siguiente: next if ! /^>/;
Quita el fin de línea: chomp()
Sacar la secuencia: (undef, @secuencia) = split " "; $secuencia = join '', @secuencia;
Meterlo en el hash: $hash{$secuencia} = 1;
Fin del bucle
Bucle por las claves: for (keys %hash)
Imprime: print

¡Ya está!

En otros hilos se dan ejemplos de lectura de ficheros en formato FASTA.

Quizás alguno de los novatos que visitan estos foros se anime a escribirlo.

Muy buena solución, simplificando el split()/join() con una expresión regular...

Lo que no me gusta es el '||' en el open(). Es mejor usar 'or', por el tema de la precedencia.

Como ejercicio, queda hacer esto mismo, pero eliminando el bucle de la línea 15.