Foro - Perl en Español

Hola, necesito un programa de Perl que saque por pantalla (sin repetición) los nombres de las especies representadas en un fichero.

El fichero es así:


Lo que me interesa es que imprima sin repetición solo el nombre (ej: Xenopus tropicalis)

Muchas, muchas, gracias.

No sé si es muy simple, pero lo necesito lo más rápido posible. Gracias.

Esto es lo que debes hacer:

* abres el fichero
* un bucle por todas las líneas. Para cada línea:
* si la línea no comienza por '>', pasa a la siguiente (por ejemplo, con next)
* quita el carácter de fin de línea con chomp()
* Extraer el nombre de la secuencia. Por el ejemplo, es a partir de la segunda palabra, así que puedes usar split() para dividir la línea en palabras, descartar la primera y quedarte con lo demás
* Metes el nombre de secuencia en un hash, como la clave. Como valor, no importa (lo normal, un '1')
* Fin del bucle
* Inicias otro bucle que recorra las claves del hash
* Por cada uno, lo imprimes en pantalla
* Fin del bucle
* Profit!

¿Y esto en formato script? Gracias

¿No sabes realizar ninguno de los pasos anteriores?

Inténtalo. Te ayudaremos con los fallos que encontremos.

¡Adelante!

P.D. En el foro de Bioinformática hay algunos problemas parecidos, ya resueltos.

Si me pudieras dar éste, porque es el inicio y estoy estancado y no lo sé hacer, a partir de aquí ya me espabilaría yo... Me harías un gran favor. Gracias igualmente por lo dado...

¿no? Siento ser pesado...

Pero si en otras ocasiones has presentado programas mucho más complejos que el que pides...

A ver... mira...

Abrir un fichero: open()
Bucle: while()
Si no empieza por '>' pasa a la siguiente: next if ! /^>/;
Quita el fin de línea: chomp()
Sacar la secuencia: (undef, @secuencia) = split " "; $secuencia = join '', @secuencia;
Meterlo en el hash: $hash{$secuencia} = 1;
Fin del bucle
Bucle por las claves: for (keys %hash)
Imprime: print

¡Ya está!

En otros hilos se dan ejemplos de lectura de ficheros en formato FASTA.

Quizás alguno de los novatos que visitan estos foros se anime a escribirlo.

Siempre hay algún novato dando vueltas

Muy buena solución, simplificando el split()/join() con una expresión regular...

Lo que no me gusta es el '||' en el open(). Es mejor usar 'or', por el tema de la precedencia.

Como ejercicio, queda hacer esto mismo, pero eliminando el bucle de la línea 15.

Ups perdón, fue un rápido copy/paste



Más compacto, por el lado del uso de ciclos de CPU debe ser similar, ¿ahorramos unos valiosos bytes de memoria tal vez?