Gracias explorer.
He estado modificando el código para cambiar una función por otra: mkdir() / mkpath() pero nada, también en distintas máquinas con sistemas operativos Windows y tampoco. Ya no se me ocurre nada más salvo revisar bien el código del otro script que sí funciona (oinkmaster.pl) para ver cómo lo hace para evitar el problema de permisos.
Saludos,