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bioinfo: Extraer coordenadas de átomos en un fichero PDB

Perl aplicado a la bioinformática

bioinfo: Extraer coordenadas de átomos en un fichero PDB

Notapor explorer » 2011-04-25 09:23 @432

«Los ficheros PDB (Protein Data Bank) contienen las coordenadas espaciales de los átomos de proteínas cuya estructura está resuelta por técnicas de rayos X o resonancia magnética nuclear (RMN).

Hoy veremos como reusar ese código para extraer los átomos deseados de un fichero PDB.»

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Re: bioinfo: Extraer coordenadas de átomos en un fichero PDB

Notapor explorer » 2011-04-25 13:32 @605

Comentar solamente una ampliación a lo indicado en el artículo: que el ejemplo propuesto se basa en extraer la información usando expresiones regulares, mientras que la forma de resolverlo en un módulo como Bio::Structure::IO::pdb es usando unpack():
Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]
Using perl Syntax Highlighting
my $atom_unpack =   "x6 a5 x1 a4 a1 a3 x1 a1 a4 a1 x3 a8 a8 a8 a6 a6 x6 a4 a2 a2";
Coloreado en 0.002 segundos, usando GeSHi 1.0.8.4

debido a que el estándar indica posiciones fijas de los campos.

Es obvio que el uso de unpack() es mucho mejor (más eficiente), sobre todo cuando tenemos que procesar muchas líneas.

También lo hace así el módulo Chemistry::File::PDB.
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