Foro - Perl en Español

No, no, es que no sé cómo ponerlo... En realidad eran programas de Linux emulados con Cygwin para poderlos usar en Windows. Resumiendo: que no sé cómo escribir estas ordenes en Linux para que me funcionen...

La duda principalmente es si hay que escribir toda la ruta a cada archivo de los que usa el programa y si hay que poner comillas dobles como en Windows, o comillas simples, o no poner ninguna comilla. O si hay que ponerlas en unos archivos y no en otros.

El shell de Linux admitirá bien tus comillas. Yo no veo problemas aparentes...

¿Has comprobado que puedes ejecutar los comandos .exe desde la línea de comandos, "a mano". Si están escritos para la arquitectura Windows, no podrás ejecutarlos salvo que tengas instalado el Wine. O instales las versiones correspondientes de estos programas, para Linux.

Tengo todos los programas instalados para Linux, y desde la línea de comandos se ejecuta la orden, pero luego me da un error rarísimo y no encuentro a qué se refiere en el script...

El error dice que no ha podido ejecutar un cgi llamado "\r". Nada más sabemos.

Pues desconozco qué cgi será ese. Lo he mirado y remirado en el código tanto del CGI como del HTML y no hay ninguna referencia a semejante script (podía haber escrito o borrado algo sin querer mientras corregía los códigos para adaptarlos a Linux, pero no, nada de eso ha pasado aparentemente, así que ni idea de dónde ha salido dicha referencia a /r)...

La pista que tenemos es que ha sido ejecutado desde http://62.42.34.210/DB/HMM.html. Éste, seguramente habrá lanzado tu cgi y, posiblemente, éste haya intentado lanzar un programa externo, y ha fallado, y ese es el error que vemos.

Desde la línea de comandos las ordenes se ejecutan perfectamente, pero cuando lo intenta el cgi me da el error.

Apuesto a que ha de ser algo del servidor LAMPP o así, porque al intentar ejecutar otro programa externo al CGI (el BLAST), me sale el mismo error de la susodicha "/r", con lo cual no es mi código el que llama a la "/r", sino que será alguna de las maravillas del LAMPP o del mismísimo Linux y sus permisos... Esto es desesperante, os lo juro.

Este es el error que me da el BLAST

Hola de nuevo,

He modificado los scripts cgi con los que me salía el error anterior para simplificarlos al máximo. Llevo bastante rato intentando ejecutar uno de ellos y me sale el siguiente error:



Si no me equivoco esto me está diciendo que el BLAST1.cgi no está en el directorio "/opt/lampp/htdocs/DB", ¿no?

Pero la cuestión es que sí está y tiene todos los permisos necesarios.

Si alguien me puede iluminar se lo agradecería...

El mensaje de error dice que en la ejecución de /opt/lampp/htdocs/DB/BLAST1.cgi, ha ocurrido un error de apertura de un archivo, que no se ha encontrado. Es decir, que dentro de ese cgi se ha intentado abrir un archivo que no se encuentra.

Hola a todos,

Después de resolver el error que me tradujo explorer en la respuesta anterior, volvió a aparecer el famoso error del que ya hablé previamente.



Buscando en Google, al final he podido descubrir de qué se trata.

Resulta que es el mismo problema que me encontré previamente en otros scripts al pasarlos desde Windows... El retorno de línea, que como explicó explorer es diferente en Windows y Linux.

Ahora necesito re-adaptar los scripts a Linux dejando los finales de línea como ese S.O. los requiere... Nunca imaginé que pudieran haber tantas incompatibilidades "ocultas".

Espero que esto le pueda servir a alguien que se encuentre en mi situación en el futuro

PD. ¿Alguien me puede decir con qué editor de Linux podría quitar el CR del final de línea?