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Taller de BioPerl

Perl aplicado a la bioinformática

Taller de BioPerl

Notapor explorer » 2017-08-19 18:12 @800

Taller de BioPerl

desarrollado por Bruno Contreras-Moreira, Fundación ARAID y Estación Experimental de Aula Dei/CSIC, Zaragoza, España.

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Using text Syntax Highlighting
El sistema operativo Bio-Linux
Perl y un editor
Sesión 1: Internet como fuente de datos y software

    TEORÍA: Subrutinas y procedimientos
        Ventajas de usar subrutinas
        Declaración de subrutinas y alcance de las variables
        Subrutinas que devuelven valores
        Paso de parámetros por valor y por referencia
        Funciones recursivas
    Ejercicios
        Instalación de software
            Instalación de módulos de Perl
            Compilación de software desde código fuente
        Descarga selectiva de archivos GenBank desde el NCBI
        Sincronización eficiente con rsync
        Acceso no interactivo a repositarios de datos y servidores web
        Subrutinas escritas en otros lenguajes


Sesión 2: Manipulación bioinformática de datos

    TEORÍA: Módulos, clases y objetos
        Módulos en Perl
        Clases, un tipo especial de módulo
    Ejemplos y ejercicios
        Implementando una clase en Perl
        Manejando archivos FASTQ
        Jugando con archivos en formato GenBank
        Ejecutando BLAST y leyendo los resultados ( parsing BLAST)
        Recorriendo árboles filogenéticos


Sesión 3: Gestión de volúmenes grandes de datos

    TEORÍA: Estructuras y bases de datos
        Vectores de Tablas y hashes de arrays
        DB_file
        Bases de datos relacionales y DBI
    Ejemplos y ejercicios
        Indexando archivos de secuencias
        Mapeando fragmentos de ADN sobre un genoma de referencia
        Creando una base de datos relacional
        Consultando bases de datos relacionales


Sesión 4: Representación gráfica de datos

    TEORÍA: La cara gráfica de Perl
        Formatos y conversiones
        Comparando imágenes
        Graficando datos
    Ejemplos y ejercicios
        Alineamientos múltiples y consensos
        Árboles y dendrogramas
        Nodos, grafos y redes
        Heatmaps
        Logos de secuencia
        Mapas genómicos
        Navegadores genómicos


Sesión 5: Análisis y minería de datos

    Anotaciones y ontologías
    Descubriendo grupos en los datos
    Aprendizaje y clasificación automática
    Minería de textos científicos (en PubMed)
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JF^D Perl Programming Language
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