Perl y un editor
Sesión 1: Internet como fuente de datos y software
TEORÍA: Subrutinas y procedimientos
Ventajas de usar subrutinas
Declaración de subrutinas y alcance de las variables
Subrutinas que devuelven valores
Paso de parámetros por valor y por referencia
Funciones recursivas
Ejercicios
Instalación de software
Instalación de módulos de Perl
Compilación de software desde código fuente
Descarga selectiva de archivos GenBank desde el NCBI
Sincronización eficiente con rsync
Acceso no interactivo a repositarios de datos y servidores web
Subrutinas escritas en otros lenguajes
Sesión 2: Manipulación bioinformática de datos
TEORÍA: Módulos, clases y objetos
Módulos en Perl
Clases, un tipo especial de módulo
Ejemplos y ejercicios
Implementando una clase en Perl
Manejando archivos FASTQ
Jugando con archivos en formato GenBank
Ejecutando BLAST y leyendo los resultados ( parsing BLAST)
Recorriendo árboles filogenéticos
Sesión 3: Gestión de volúmenes grandes de datos
TEORÍA: Estructuras y bases de datos
Vectores de Tablas y hashes de arrays
DB_file
Bases de datos relacionales y DBI
Ejemplos y ejercicios
Indexando archivos de secuencias
Mapeando fragmentos de ADN sobre un genoma de referencia
Creando una base de datos relacional
Consultando bases de datos relacionales
Sesión 4: Representación gráfica de datos
TEORÍA: La cara gráfica de Perl
Formatos y conversiones
Comparando imágenes
Graficando datos
Ejemplos y ejercicios
Alineamientos múltiples y consensos
Árboles y dendrogramas
Nodos, grafos y redes
Heatmaps
Logos de secuencia
Mapas genómicos
Navegadores genómicos
Sesión 5: Análisis y minería de datos
Anotaciones y ontologías
Descubriendo grupos en los datos
Aprendizaje y clasificación automática
Minería de textos científicos (en PubMed)
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