Pues eso... si lo único que ha cambiado es el archivo de entrada, es que debe tener algo que sea distinto de los demás.
Lo primero que debes averiguar es qué línea empieza a fallar.
Debes poner una parada justo cuando se produzca, y ver las líneas que se han leído. Las metes en un editor hexadecimal, y miras los finales de línea, a ver si es eso.
Por lo que veo en el primer mensaje, lo estás ejecutando en Linux. Mira a ver si el archivo no se haya generado en un sistema Windows, por ejemplo.