Creo que entiendo un poco más lo que necesitas. Ya ví cuales son los tres marcos que comentas, pero hay un detalle, el tercer iframe, es un hijo del segundo iframe, así que si refrescas la página del segundo iframe a fuerza también recargará el tercer iframe.
Si tu quieres cambiar el contenido del segundo iframe sin tener que recargar el tercer iframe entonces tendrás que buscar otra solución, pues lo que estás haciendo no te funcionará. Lo más seguro es que vas a necesitar usar Ajax, o de plano replantear todo el problema.
Saludos