Foro - Perl en Español

... 1 1,685,412 33,629.12 2 1,685,573 33,654.73 3 1,685,628 33,682.91 Best polish: /storage/C1231_LRassembly/miniasm_assembly/racon_polish/016_rotated.fasta Saving /storage/C1231_LRassembly/miniasm_assembly/13_racon_polished.gfa Saving /storage/C1231_LRassembly/003_racon_polished.gfa Rotating completed ...

... 2 1,685,573 33,654.73 3 1,685,628 33,682.91 Best polish: /storage/Filtered_reads/NKC1231_LRassembly/miniasm_assembly/racon_polish/016_rotated.fasta Saving /storage/Filtered_reads/NKC1231_LRassembly/miniasm_assembly/13_racon_polished.gfa Saving /storage/Filtered_reads/NKC1231_LRassembly/003_racon_polished.gfa[/text] ...

Cortar secuencias desde un fichero GFF y un FASTA del genoma Hola, hoy cuento cómo cortar subsecuencias de un genoma correspondientes a elementos anotados en un fichero GFF asociado, que tienen este aspecto, con columnas separadas por tabuladores. ...

... Plants, eran iguales en secuencia. Para eso usamos este one-liner Perl que hace una digestión MD5 de las secuencias desde un fichero en formato FASTA, donde cada secuencia va precedida de una cabecera o header, capturada en la variable $h: Artículo

... analizas un fichero de nucleótidos, por ejemplo un ensamblaje de un genoma, es qué porcentaje GC tiene. Asumiendo que el fichero está en formato FASTA, podemos obtener fácilmente ese valor con un mini-programa (one-liner) escrito en lenguaje perl. Por ejemplo, para el genoma comprimido de Brachypodium ...

... XML output which should be easy to parse. The PDB format coordinates of the resulting model are marked-up with tags. The input is a peptide FASTA file. This is the code: Artículo

... and if you wish to annotate a large number of proteins it is advised that BLASTP searches are done in your own hardware, with the appropriate FASTA files., as explained in a previous post. Cheers, Bruno. Artículo

... ya que puede quedar alguna secuencia por procesar. Sería algo así: [perl lines=geshi-n]#!/usr/bin/perl # # Ejemplo de lectura de archivos MultiFASTA # # Los archivos MultiFASTA tienen esta estructura: # # -----------------------------------------8<------------------------------------------- ...

Bienvenido a los foros de Perl en Español, Nuiter. Por el foro de Bioinformática encontrarás algunos ejemplos de cómo leer archivos FASTA. La idea es la siguiente: vas leyendo por líneas. Si la línea comienza por '>' entonces sabes que has llegado a una nueva secuencia proteica. Entonces, ...

... serviría, pero agradecería mucho que me indicasen dónde me equivoco y el motivo del error. Estoy realizando un pequeño script para leer de un multiFASTA, con una particularidad, y es que al final de la secuencia proteica tiene un "*"; y posteriormente realizar un blast . Para ello he ...