Foro - Perl en Español

... '/i': $secuencia =~ s/N//i; Quedaría algo así (no probado): [perl lines=geshi-n]if (-e $file) { my $seqio = Bio::SeqIO->new( -format => "fasta", -file => $file ); while ( my $seq = $seqio->next_seq ) { my $secuencia = $seq->seq(); # Si la secuencia comienza con N if ($secuencia =~ ...

Hola. Tengo que realizar un script que me permita leer un archivo fasta usando biotools (proporcionado por el usuario en la consola al invocar el programa) y que elimine las N del extremo 5' las del 3', que recorte los dos extremos en un número de nucleótidos ...

... eliavalls. Yo creo que se puede resolver muy fácilmente. En estos foros encontrarás muchos ejemplos de cómo leer un archivo así. Busca por 'fasta' o 'multifasta'. Una solución rápida sería: [text]Abrir archivo Por cada línea del archivo Si la línea comienza por un '>', (estamos en una cabecera) ...

Buenos días. Partimos de un archivo de texto con cadenas de DNA en formato FASTA: [text]>Rosalind_6404 CCTGCGGAAGATCGGCACTAGAATAGCCAGAACCGTTTCTCTGAGGCTTCCGGCCTTCCC TCCCACTAATAATTCTGAGG >Rosalind_5959 CCATCGGTAGCGCATCCTTAGTCCAATTAAGTCCCTATCCAGGCGCTCCGCCGAAGGTCT ...

«Para calcular la longitud promedio de las secuencias de un fichero FASTA estábamos usando el siguiente comando de Perl en el terminal».

Artículo

«El estadístico N50 se usa a menudo para resumir a grosso modo un ensamblaje de secuencias, que generalmente es un fichero FASTA con una serie de contigs . Modificando la definición de la Wikipedia, N50 es la longitud de contigs tal que usando contigs de igual o mayor tamaño recuperamos ...

... en los proteomas de Homo sapiens y Caenorhabditis elegans. Más generalmente, el siguiente trozo de código permite localizar dentro de un fichero FASTA todas las secuencias reconocidas por una expresión regular...» Artículo

... hay errores. He sacado el if del bucle, pero aún así me imprime lo que no quiero. [perl lines=geshi-n]my $blast1 = "tblastn -query Cas1Xan.fasta -db $genome -evalue 1e-5 -outfmt 6 -out cas1.out"; system($blast1); print "--> Results for cas1:\n"; my $file1 = "cas1.out"; ...

Hola, tengo un problema a ver si me lo solucionáis: [perl lines=geshi-n]my $blast1 = "tblastn -query Cas1Xan.fasta -db $genome -evalue 1e-5 -outfmt 6 -out cas1.out"; system($blast1); print "--> Results for cas1:\n"; my $file1 = "cas1.out"; if ($file1 ...

Saludos, Buscando por Internet llegué a esta página y encontré interesante el tema de poder manejar un archivo fasta o fastq más rápido. He tratado de ejecutarlo en mi PC pero no logro ejecutarlo de manera correcta. ¿Hay algún manual o instructivo para poder utilizar el módulo ...