Hola.
Ahora que te funciona, te recomiendo que añadas un par de comprovaciones paga ganar seguridad en tu cgi.
no cuesta nada comprovar que el tipo de archivo que suben es el que tu quieres y no algun archivo que se pueda ejecutar (cgi, php...)
Tambien te recomiendo que mires la configuracion del apache para limitar el tipo de archivos que pueden ejecutarse y el direcctorio en el que lo pueden hacer (limirarlo solo al directorio cgi-bin. por ejemplo)
Un saludo.