Foro - Perl en Español

Hola,
tras escuchar un par de charlas en la London Perl Conference 2019 (vídeos aquí) tenía pendiente agregar una validación por integración continua a uno de nuestros repositorios en GitHub. Opté por Travis, aunque otra buena opción si empiezas de cero es https://about.gitlab.com

Para qué sirve esto? Pues para no romper nada en bases de código que ya tienen un cierto tamaño cuando haces cambios a lo largo del ...

Hola de nuevo,
el 31 de diciembre conseguí finalmente enviar a GenBank unas secuencias parciales de genes de cebada utilizadas por mi colega Ana Casas en un estudio. Éste es un paso necesario para publicar en casi cualquier revista seria, pero además es la manera de asegurar que tus secuencias van a ser útiles para otras personas en el futuro.

Artículo

Hola,
hoy quiero compartir cómo instalar el conversor latex2html, una herramienta basada en Perl ya veterana, que ha pasado por varias manos, pero que para mi ha sido muy útil. El problema es que ha pasado ya por las manos de diferentes autores y con el paso del tiempo la versión que puedes instalar en Ubuntu 19.04 ya no me funcionaba bien. Por suerte, el código está en https://github.com/latex2html/latex2html ...

Hola,
hoy solamente quiero compartir un oneliner, o perlito como los llama mi colega Pablo Vinuesa, que imprime un fichero con codificación UTF8, no ASCII, tal como la requiere pandoc al compilar la lista de bibliografía BIBTEX un documento markdown.

Artículo

Hola de nuevo,
sirva esta entrada para compartir una receta eficiente para calcular el conjunto diferencia entre dos listas o arrays en lenguaje Perl5.

Artículo

Hola,
hace unos días un usuario preguntaba en la lista de usuarios del Protein Data Bank (PDB) cómo usar la interfaz de servicios REST, documentada en https://www.rcsb.org/pdb/software/rest.do, para hacer búsquedas BLAST.

Mientras otro usuario compartía un script escrito en Python3, llamado sequenceSimilarity.py, que requiere mmtf-pyspark para hacer consultas PSI-BLAST en tiempo real contra el PDB, a mi me llamó la atención la simplicidad del servicio sequenceCluster, que para cualquier ...

Hola,
tras el anuncio reciente de que la versión 5.28 de Perl5 eliminaría el operador smartmatch ~~ (ver aquí) me he encontrado un programa viejito dónde se usaba, a pesar de que ha sido experimental desde hace mucho tiempo. Con ayuda de

$ perldoc perlop


cuelgo aquí un ejemplo de cómo sustituir este operador por código estándar:

Artículo

Hi,
I just updated our good old server TFmodeller, available at http://www.ccg.unam.mx/tfmodeller,
so that it uses the current collection of 95% non-redundant protein-DNA complexes extracted from the Protein Data Bank. As of Feb 7, 2018, there are 977 such complexes, which can be downloaded.
In addition, I just wrote a Perl client so that predictions can be ordered from the terminal via a SOAP interface, producing XML output which ...

Hola,
antes de que se acabe el año aprovecho para compartir con vosotros un excelente tutorial de one-liners de Perl, esos comandos que en una línea permiten ejecutar complejas operaciones en el terminal de Linux, el símbolo del sistema de Windows, o, mejor aún, desde dentro de una ventana de MobaXterm.

Artículo

Hola,
cada vez se van publicando más trabajos donde se emplea TagSeq, una versión low cost de RNAseq que se especializa en secuenciar el máximo número de transcritos posibles, pero sólo unos cuantos cientos de bases de su extremo 3', contando desde la cola poliA.

Cuando obtenemos lecturas o reads de este tipo y las queremos alinear contra los transcritos anotados del genoma de referencia puede ser útil, con vistas a posibles normalizaciones posteriores que ...