Foro - Perl en Español

Hola a todos, espero que estén bien :)

Mi problema es el siguiente:

Tengo que medir la calidad de un conjunto de PDB. En palabras simples, tengo que obtener el porcentaje de completitud de cada uno y corroborar si la numeración de los ATOM es consistente con la numeración del SEQRES.

Concretamente la tarea solicita construir dos subrutinas, una que traduzca los aminoácidos de tres letras a ...

¡¡Hola!!

He elaborado un programa para separar una secuencia de DNA en tripletas separadas por espacios, y que al final no haya ningún espacio.

Al intentar compilar el script me dice que hay un error cercano al 2º "if" (es el responsable de que no haya espacios tras la última tripleta).

Agradezco cualquier aporte que pueda solucionar mi error:

#!/usr/bin/perl
my $string="ATTCCTGATGCGACCCCT";

print "$string\n";
for (my $i=0; $i{
print substr($string,$i,3); #Imprime de 3 en ...

Hola a todos, tengo un problemilla:

Digamos que tengo esto en un array @array:

1. ACD => 0
2. CDE => 0
3. DEF => 1
4. EFG => 1
5. FGH => 1
6. GHI => 0
7. GHJ => 0
8. HJK => 1
9. JKL => 1
10. KLM => 1
11. LMN => 0

Yo lo que quiero es juntar los péptidos solapantes que lleven el 1.

Por ejemplo, el primer ...

Buenas a todos,

El problema que se me presenta hoy me está costando solucionarlo y quería saber si hay una forma sencilla de hacerlo usando Perl (parece que últimamente hay una epidemia de usuarios de Bash en el campo de la bioinformática...)

He de filtrar en un archivo FASTQ las secuencias que no pasan el corte de calidad, eliminándolas del archivo. Estas secuencias se diferencian por tener un carácter "#" delante de la última línea, ...

Hola, estoy elaborando un programa que me separe una lista de bases nitrogenadas en codones (tríos de bases). Para ello he elaborado este código. El problema está en que el archivo 20 tiene todo lo que tienen los archivos anteriores más lo que le correspondería por sí mismo. ¿Cómo lo soluciono?

$contador = 0;
@codon = ();
while ( $contador < 20 ) {
$contador += 1;
$espermatozoide = "espermatozoide$contador.txt";
open( FH, "$espermatozoide" ) ...

Hola, ¿sabéis dónde puedo acceder a bases de datos de bases nitrogenadas de distintas especies o personas, etc? Simplemente quiero varios listados de secuencias completas de bases nitrogenadas.
Gracias.

Hola ¿qué tal?

Estaba tratando de ejecutar un código que manda a llamar un módulo de Perl pero a la hora de hacerlo me manda este error:

------------- EXCEPTION: Bio::Root::Exception -------------
MSG: http://www.expasy.org/cgi-bin/protparam error: 301 Moved Permanently
STACK: Error::throw
STACK: Bio::Root::Root::throw /usr/share/perl5/Bio/Root/Root.pm:472
STACK: Bio::Tools::Protparam::new /usr/share/perl5/Bio/Tools/Protparam.pm:128
STACK: prog_protparam.pl:14

¿Alguien me podría decir qué estoy haciendo mal, o qué sucede?

¡Gracias por la ayuda!

¡Hola de nuevo!

Estoy haciendo un programa que me permita leer determinadas líneas de un archivo de modo que en aquella que aparezca "GENE", debe extraer "GENE" y su valor, que son una serie de caracteres que aparecen a continuación de "GENE".

Hasta aquí bien. Ahora debo generar un array asociativo o hash con estos pares de valores y tengo un problema: a la hora de utilizar la variable con que nombré al valor de ...

Buenas, este es el ejercicio que nos han mandado:

Previamente es necesario estudiar los temas de "Entrada y salida en archivos" y "procesamiento básico de textos".
Posteriormente hay que copiar los cuatro archivos que están en: http://bip.weizmann.ac.il/course/prog/a ... 4_sources/ y que corresponden a la descripción textual de un gen, presentes en la base de datos UniGene.

El objetivo de la práctica es:
Escribir un programa que reciba el nombre ...

Hola a todos :D

¡Espero que estén bien!

Resulta que estoy programando un script para anotar un genoma. Para eso busco los ORF en cada marco, los traduzco y los guardo en un archivo FASTA.

El problema es que el marco 1 y 2 me dan las mismas proteínas, y no entiendo por qué, ya que el marco 0 me funciona sin problemas. Lo mismo me ...