Foro - Perl en Español

«Un problema con el que me he encontrado recientemente es el de ordenar resultados de BLAST contenidos en diferentes ficheros. Para definir mejor el problema supongamos que tenemos 4 genomas A,B,C y D y queremos comparar, todas contra todas, sus secuencias de proteínas por medio del programa blastp. Una manera de hacerlo sería hacer 4x4 comparaciones por parejas (AA,AB,AC,AD,BA,BB,BC,BD,CA,CB,CC,CD,DA,DB,DC,DD) teniendo en cuenta que la dirección en BLAST normalmente importa.»

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Hola.

Necesito de su ayuda en Perl. Soy nueva en este lenguaje y no logré que funcione mi programa.

Consiste en llamar un archivo, que es el siguiente:
Se llama archivonuevo.txt y contiene lo siguiente:
4
5
Vaca#1
AATCG SON LOS ALELOS
AATGG
Vaca#2
ATTCG
TATCG
Vaca#3
TATCG
TTTCC
Vaca#4
CTGTC
GCATC
El primer 4 es el número de Vacas
El 5 es el número de SNPS
Las cadenas de nucleótidos son los alelos.

Lo ...

Hola, nuevamente recurro a ustedes en busca de ayuda.

Estoy haciendo una manipulación de archivos de texto. Por ejemplo el primer archivo tiene la siguiente estructura (fragmento):
A B Score
HP0799 HP0172 0.698
HP0799 HP0172 0.698
HP0172 HP0799 0.698
HP0355 HP1195 0.581
HP1132 HP1420 0.675
HP1420 HP1132 0.675
HP1195 HP0355 0.581
HP0952 HP0329 0.651
HP0329 HP0952 0.651
HP0001 HP0002 0.483
HP0001 HP0002 0.695
HP0002 HP1574 0.641

El segundo archivo es una lista con la ...

«Hoy no estoy muy inspirado para escribir en el blog, así que he repasado mis librerías de subrutinas de perl para ver si encontraba algo curioso para publicar y me he encontrado con esto...
¿Quién no ha tenido nunca el problema de comprobar si una expresión es numérica o no?
Perl no posee una función que lo haga automáticamente (por lo menos que yo conozca), sin embargo con una simple línea de código podemos salir ...

«Hola, siguiendo el hilo de los comentarios a la entrada anterior de Álvaro, hoy pongo un ejemplo de como incluir una o más subrutinas escritas en C dentro de un texto en Perl, recurriendo al módulo Inline:»

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«Erróneamente decimos que queremos generar todas las posibles 'combinaciones' de n letras, nucleótidos o aminoácidos cuando el término correcto sería 'permutaciones con repetición' (Combinations & permutations). Por ejemplo, las 16 posibles permutaciones con repetición de 2 nucleótidos serían: AA, AC, AG, AT, CA, CC, CG, CT, GA, GC, GG, GT, TA, TC, TG, TT. El número de permutaciones con repetición de n nucleótidos es 4^n y de n aminoácidos 20^n.»

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Buenas tardes.

Escribo este post porque tengo un problema invocando subrutinas en un programa.

El problema es que intento hacer un bucle con "foreach" para que procese cada una de las líneas de un fichero de entrada. Supuestamente lo que el programa debe hacer es traducir los 6 marcos de lectura de una secuencia de ADN a Proteína.

El problema es que cuando la entrada consta de más de una secuencia de ADN, a partir ...

¡Hola!

El siguiente código se corresponde a un programa que estoy intentando hacer para que, dado un archivo dividido en filas y columnas, al introducir el valor contenido en alguna de las columnas me dé el valor de otra columna pero de la misma fila. Por ejemplo:
Pedro 23 Madrid
Juan 12 Sevilla
Lucía 28 Jaén
...
Lo que quiero es que al pedirme el programa el nombre de una ciudad y escribir Jaén, me ...

«En el campo de la bioinformática se trabaja con numerosos formatos de archivos de datos biológicos (FASTA, GenBank, PDB...). Habitualmente tenemos que conocer el formato de los datos de un archivo que usamos como entrada en un script. Sin embargo, esto no es tarea fácil puesto que diferentes formatos pueden contener el mismo tipo de datos de forma poco estandarizada. En estos casos tenemos que usar nuestros conocimientos previos sobre el formato para establecer el ...

Hola,
¿Podrían orientarme? Necesito sustituir la letra U por T con Perl, en mi archivo, ignorando la línea que contiene el mayor que, puesto que representa el nombre de mi secuencia. Gracias.

>A97104.7.1522UU :Streptococcaceae;Streptococcus
AGAGUUCGAU CCUGGCUCAG GACGAACGCU GGCGGCGUGC CUAAUACAUG CAAGUAGAAC GCUGAAGACU UUAGCUUGCU
AGAGUUGGAA GAGUUGCGAA CGGGUGAGUA ACGCGUAGGU AACCUGCCUA UUAGUGGGGG AUAACUAUUG GAAACGAUAG