Foro - Perl en Español

«Para calcular la longitud promedio de las secuencias de un fichero FASTA estábamos usando el siguiente comando de Perl en el terminal».

Artículo

«Esta entrada es para compartir un script Perl para enraizar árboles, muchos árboles, de manera automática, y ordenar los nodos por distancia.

Rubén Sancho y yo estamos probando el software GRAMPA, que requiere una colección de árboles de genes precalculados en formato Newick, pero además los quiere enraizados y ordenados de manera ascendente. Como son más de mil árboles no lo queríamos hacer uno a uno con FigTree, por poner un ejemplo; queríamos automatizarlo y ...

«Buenas. Hace un par de años describía en otra entrada cómo leer de manera eficiente ficheros FASTQ con ayuda de kseq.h Para ello definí una clase C++ que llamábamos desde Perl5 con Inline::CPP. La entrada de hoy es para contar que se puede hacer lo mismo instalando el módulo Bio::DB::HTS::Kseq desde CPAN, previa instalación en tu sistema de la librería htslib».

use strict;
use Bio::DB::HTS::Kseq;

my ($length,$header,$sequence,$quality);

my $kseq = Bio::DB::HTS::Kseq->new("sample18MB.fq.gz");
my $iter = ...

«El estadístico N50 se usa a menudo para resumir a grosso modo un ensamblaje de secuencias, que generalmente es un fichero FASTA con una serie de contigs.

Modificando la definición de la Wikipedia, N50 es la longitud de contigs tal que usando contigs de igual o mayor tamaño recuperamos la mitad de las bases de ese ensamblaje».

Artículo

«En la entrada de hoy muestro una manera de enviar correo electrónico desde un servidor seguro (STARTTLS) por medio de un script Perl. Hasta hace poco lo hacía con el vetusto módulo Net::SMTP::TLS, pero esta solución era muy frágil y se rompía cada vez que otros módulos (fundamentalmente IO::Socket::SSL) no iban a la par en sus versiones. De hecho, en un sistema Ubuntu 14 no he logrado hacerla funcionar actualizando esos módulos, pero cambio he ...

«El pasado 8 de febrero se publicó en la revista Nature Chemical Biology (http://dx.doi.org/10.1038/nchembio.2019) un artículo donde se describen las bases moleculares de la reacción de O-fucosilación. Ésta es una modificación postraduccional poco frecuente, que realizan las enzimas O-fucosiltransferasas.

...

Tras alinear algunas secuencias de ejemplo y perfeccionar la expresión regular, ésta se empleó para identificar todas las secuencias con dominios TSR en los proteomas de Homo sapiens y ...

¡Saludos a todos los foreros!

Ando haciendo una aplicación web que recoja datos de una API que funciona con peticiones HTTPS y JSON, pero tengo un problema: cuando interpreto los datos que recibo con el módulo JSON de Perl se me va todo al traste y no consigo la codificación correcta para meterlo en MySQL :twisted:

Os dejo un trozo de código por si alguno ve ...

Estimados, buenas tardes.

Me estoy interiorizando de a poco en este lenguaje, he leído alguno de sus mensajes de ustedes buscando alguna ayuda a mi problema...

Básicamente lo que necesito hacer es leer un fichero CSV, que lo recorra completo y que guarde los datos en un archivo Excel.

Agradecería desde ya me pudieran compartir un ejemplo a fin de modificarlo a mis necesidades.

Desde ya, ¡gracias!

¡Saludos! ...

Tengo el siguiente script. Lee un archivo llamado 'log.log' y extrae datos según se cumpla la regex.


use Fcntl;
use bytes;

my $ruta = qw(/home/USER/);

my $archivo = "log.log";

my $regex_joinfile = '^\\(\\s+)\\(\\s+)Join(\\s+)(.*)(\\s+)\\((.*)@(.*)\\)(.*)$';

my $match = 0;

my $regs = 0;

open my $p, sprintf("<%s/%s", $ruta, $archivo);

open my $q, sprintf(">%s/%s", $ruta, "index.bin");

binmode $q;

my %hash_ips;


while (<$p>)
{
chomp $p;

if ($_ =~ $regex_joinfile)
{
my $seekpoint = toId($9);

seek $q, ...

Buenas, gente. Tengo un tema que no puedo resolver, a ver si alguien lo ha visto.

Resulta que tengo que autenticarme en una página y para ello necesito tener un certificado digital personal (.pfx).
Esto es lo que hago.

use warnings;
use Data::Dumper;
use IO::File;
use strict;
use WWW::Mechanize;
use IO::Socket::SSL qw(debug4);

my $sslPassword = 'PASSCERTIFICADO';
my $mech = WWW::Mechanize->new(autocheck => 0);
$mech->ssl_opts( SSL_use_cert => 1,
verify_hostname => 1,
SSL_cert_file => "certificado.pfx",
SSL_passwd_cb => ...