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La comunidad de programadores en Perl de habla-hispana.

Extraer regiones al azar de un genoma (genbank)

Hola.
Necesito hacer un script que extraiga regiones al azar de un archivo genbank. La región debe tener 500 nt de longitud.

Mi código es el siguiente:

use Bio::SeqIO;

sub extract_intergenic_from_genbank {
my ( $infile, $out_intergenic_file, $min_intergenic_size, $max_intergenic_size ) = @_;

my ( $n_of_intergenic, $gi, $start, $end, $length, $strand, $taxon ) = (0);
my $in = new Bio::SeqIO( -file => "NC_002755.gb", -format => 'genbank' );

open( FNA, ">$salida.FASTA" )
|| die "# extract_intergenic_from_genbank : ...
Read more : Extraer regiones al azar de un genoma (genbank) | Vistas : 1773 | Respuestas : 4 | Foro : Bioinformática


Expresión regular: Cadena entre cadena

¡Hola!
Por una parte tengo un fichero con líneas tal que así:
1999akestaesmicadenaak1212990as
Quiero guardar en una variable lo que esté entre ak y ak.

El problema que tengo es que todo lo que haya por delante y por detrás es variable, pueden ser números, letras, caracteres, de 1 a n veces.

Quiero hacerlo con una expresión regular, sin usar split(), substr(), unpack() o similares.

¿Me podéis echar un cable?

No sé cómo decirle a ...
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Cómo consigo reemplazar esta string

# Como reemplazo esta string

$str = '34% es el total, y 4%<img alt="" src="Presentaci%C3%B3n_de_un_caf%C3%A9.jpg"><br>blabla de 10%';

# Quiero que el código anterior me quede algo así:
# 34% es el total, y 4%<img alt="" src="Presentaci@C3@B3n_de_un_caf@[email protected]"><br>blabla de 10%

# solo quisiera modificar el "%" por "@", pero solo dentro de las etiquetas "<img >" lo demás que lo deje intacto

# Saludos.
Read more : Cómo consigo reemplazar esta string | Vistas : 755 | Respuestas : 1 | Foro : Básico


URL Encode y Decode en Perl

Hola saludos de ante mano.
¿Qué módulo o cómo hago url encode y decode, o cuál es el más recomendable para trabajar en estos casos?

Url encodig de una string

$str = 'La_ni%C3%B1a_es_una_inspiraci%C3%B3n';

¿Cómo hago para que me devuelva esta string?

La_niña_es_una_inspiración

Lo propio en MAYÚSCULAS:

LA_NI%C3%91A_ES_UNA_INSPIRACI%C3%93N
LA_NIÑA_ES_UNA_INSPIRACIÓN


Por ejemplo esta otra string:

URL Encode 'K%C3%B6nigsberg'
URL DECODE 'Königsberg'


Muchas gracias y Saludos desde ya.
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Confundido con arrays

Solucionado Muchas gracias. :D :D :D
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Vaciar datos de un array, en un while

Quisiera vaciar datos de un array, trabajando en un while()

open FICHERO, "def.txt";
while($dd = <FICHERO>) {
chop($dd);
my @capturados = $dd =~ //g;
# hago operaciones con @capturados

# aquí quisiera vaciar el array @capturados para que no influya en la
# siguiente ronda de while()
}


Saludos a todos.
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SOAP::Lite https

Buenas a todos, tengo el siguiente código:
my $soapcli = SOAP::Lite->service("https://192.x.x.x/servicio.php?wsdl");
El cuál, luego de ejecutar me genera el siguiente error:
Service description 'https://192.x.x.x/servicio.php?wsdl' can't be loaded: 501 Protocol scheme 'https' is not supported (LWP::Protocol::https not installed)
Lo extraño es que sí tengo dicho módulo instalado:
# find / -name https.pm
/root/.cpan/build/libwww-perl-x.xxx/lib/LWP/Protocol/https.pm
/root/.cpan/build/URI-x.xx/blib/lib/URI/https.pm
/root/.cpan/build/URI-x.xx/URI/https.pm
/usr/lib/perlx/vendor_perl/5.x.x/LWP/Protocol/https.pm
/usr/lib/perlx/vendor_perl/5.x.x/URI/https.pm
/usr/lib/perlx/site_perl/5.x.x/URI/https.pm
Pienso que el método service de SOAP::Lite no permite solicitudes vía HTTPS, pero desearía ...
Read more : SOAP::Lite https | Vistas : 1852 | Respuestas : 2 | Foro : Web


Not an ARRAY reference

¡¡¡Hola!!!

Tengo el siguiente código

if ( $xml_res->{response}->{status} eq 'success' and $xml_res->{response}->{isAvailable} eq 'Y' ) {
my $arref = \@{ $xml_res->{response}->{ratesFound}->{rate} };
for ( my $i = 0 ; $i < @{$arref} ; $i++ ) {
if ( @{$arref}->{invSource} && @{$arref}->{roomTypeCode} && @{$arref}->{ratePlanCode} ) {
my %hash = (
invSource => @{$arref}->{invSource},
roomTypeCode => @{$arref}->{roomTypeCode},
ratePlanCode => @{$arref}->{ratePlanCode}
);

return %hash;
}
}
}


La línea marcada en rojo me devuelve el error "Not an ...
Read more : Not an ARRAY reference | Vistas : 672 | Respuestas : 1 | Foro : Básico


Nuevo canal de IRC

Desde este momento, todos los canales de #perlenespanol se cierran, quedando centralizado todo en:

irc://irc.perl.org/#perlspanish
irc://irc.irc-hispano.org/#perl


En el servidor de irc.perl.org hay también canales reservados para los grupos de Perl Mongers. Por ejemplo:

#madrid.pm
#barcelona.pm

etc.

En el servidor irc hispano deberéis registraros antes, pero en el de irc.perl.org el acceso es libre.
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CGI con DIV oculto

Buenas tardes.

Como proyecto tengo que hacer un CGI, en el que al pulsar sobre un enlace se despliegue una descripción del mismo. Pensaba hacerlo a través de un DIV oculto. Además, al lado del enlace sería recomendable que apareciera un botón que, al pincharlo, te llevara a la página relacionada.

Los datos que aparecerían en el CGI, estarían en una BBDD MySQL. Para ir trabajando, de forma local, me he instalado el paquete XAMPP. ...
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