Foro - Perl en Español

Hola a todos:

Me gustaría que me explicaseis qué significa la siguiente sentencia que uso para extraer una parte de la cabecera de un fichero fasta:

$datos = (split (" ", $datos,2))[1];

Muchas gracias.

No, no, mira... tal vez no me expliqué muy bien... así como me lo explicaste lo de la secuencia de proteína.... está bien... solo que me interesa también extraer el product y el protein_id. Lo del formato fasta... eso no lo tomes en cuenta... disculpa si te enredé las cosas...

Según veo, si sustituyes /translation por /product y luego por /protein_id en el programa que te he dado, sí que salen... Otra cosa es el formato fasta... no indicaste en la pregunta en qué formato querías la salida. Quizás debas plantear tu problema desde cero, otra vez, para saber qué es lo que ...

Pero si lo quisiera en tipo fasta... es que por ejemplo, esto es solo un ejemplo de un genoma completo... porque también lo que quiero extraer es el product y el protein_id por ejemplo: >FipA|NT01KV0001 MKEHEMDGADYPLSLASDMVLPWPWSLQRFINNVSRIGSYKGKP ...

En estos foros sí que se ha comentado alguna vez sobre el formato fasta. Usa el sistema de búsqueda y busca por esa palabra.

Si no son suficientes, lo recomendable sería publicar todo o parte del código que estás usando.

Hola. Estoy trabajando con un fichero en formato fasta que contiene una secuencia de ADN. Tengo que extraer los distintos orf posibles entre los codones de inicio y de fin desde los 6 marcos de lectura posibles. Mi problema es que en el fichero de ...

... Perl, no dudes en plantearlo con algún ejemplo y/o código, para que te podamos ayudar. En el foro básico hay otra pregunta con relación al formato FASTA.

HOLA: Estoy trabajando con un fichero en formato fasta del que tengo que extraer los ORF posibles de dicho fichero por los posibles marcos de lectura. Mi problema es que obtengo las secuencias pero al compararlo con el programa getorf veo que me ...

Bienvenido a los foros de Perl en Español, afry. Supongamos que tenemos el siguiente fichero en formato FASTA > sample dna | (This is a typical fasta header.) agatggcggcgctgaggggtcttgggggctctaggccggccacctactgg tttgcagcggagacgacgcatggggcctgcgcaataggagtacgctgcct gggaggcgtgactagaagcggaagtagttgtgggcgcctttgcaaccgcc ...

Hola, estoy trabajando con un fichero FASTA que contiene una secuencia de ADN y he de localizar todos los codones de inicio (ATG) e indicar su posición. El problema es que no sé muy bien cómo hacerlo.
Gracias