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La comunidad de programadores en Perl de habla-hispana.

bioinfo: One-liner para calcular el N50 de un ensamblaje

«El estadístico N50 se usa a menudo para resumir a grosso modo un ensamblaje de secuencias, que generalmente es un fichero FASTA con una serie de contigs.

Modificando la definición de la Wikipedia, N50 es la longitud de contigs tal que usando contigs de igual o mayor tamaño recuperamos la mitad de las bases de ese ensamblaje».

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bioinfo: email desde servidor TLS con Perl

«En la entrada de hoy muestro una manera de enviar correo electrónico desde un servidor seguro (STARTTLS) por medio de un script Perl. Hasta hace poco lo hacía con el vetusto módulo Net::SMTP::TLS, pero esta solución era muy frágil y se rompía cada vez que otros módulos (fundamentalmente IO::Socket::SSL) no iban a la par en sus versiones. De hecho, en un sistema Ubuntu 14 no he logrado hacerla funcionar actualizando esos módulos, pero cambio he ...
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bioinfo: Expresión regular familia O-fucosiltransferasas

«El pasado 8 de febrero se publicó en la revista Nature Chemical Biology (http://dx.doi.org/10.1038/nchembio.2019) un artículo donde se describen las bases moleculares de la reacción de O-fucosilación. Ésta es una modificación postraduccional poco frecuente, que realizan las enzimas O-fucosiltransferasas.

...

Tras alinear algunas secuencias de ejemplo y perfeccionar la expresión regular, ésta se empleó para identificar todas las secuencias con dominios TSR en los proteomas de Homo sapiens y ...
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Codificacion en HTTPS GET

¡Saludos a todos los foreros!

Ando haciendo una aplicación web que recoja datos de una API que funciona con peticiones HTTPS y JSON, pero tengo un problema: cuando interpreto los datos que recibo con el módulo JSON de Perl se me va todo al traste y no consigo la codificación correcta para meterlo en MySQL :twisted:

Os dejo un trozo de código por si alguno ve ...
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Leer csv y guardar en un Excel

Estimados, buenas tardes.

Me estoy interiorizando de a poco en este lenguaje, he leído alguno de sus mensajes de ustedes buscando alguna ayuda a mi problema...

Básicamente lo que necesito hacer es leer un fichero CSV, que lo recorra completo y que guarde los datos en un archivo Excel.

Agradecería desde ya me pudieran compartir un ejemplo a fin de modificarlo a mis necesidades.

Desde ya, ¡gracias!

¡Saludos! :wink: ...
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Archivos binarios: lectura, escritura

Tengo el siguiente script. Lee un archivo llamado 'log.log' y extrae datos según se cumpla la regex.


use Fcntl;
use bytes;

my $ruta = qw(/home/USER/);

my $archivo = "log.log";

my $regex_joinfile = '^\\(\\s+)\\(\\s+)Join(\\s+)(.*)(\\s+)\\((.*)@(.*)\\)(.*)$';

my $match = 0;

my $regs = 0;

open my $p, sprintf("<%s/%s", $ruta, $archivo);

open my $q, sprintf(">%s/%s", $ruta, "index.bin");

binmode $q;

my %hash_ips;


while (<$p>)
{
chomp $p;

if ($_ =~ $regex_joinfile)
{
my $seekpoint = toId($9);

seek $q, ...
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Autentificar con certificado digital

Buenas, gente. Tengo un tema que no puedo resolver, a ver si alguien lo ha visto.

Resulta que tengo que autenticarme en una página y para ello necesito tener un certificado digital personal (.pfx).
Esto es lo que hago.

use warnings;
use Data::Dumper;
use IO::File;
use strict;
use WWW::Mechanize;
use IO::Socket::SSL qw(debug4);

my $sslPassword = 'PASSCERTIFICADO';
my $mech = WWW::Mechanize->new(autocheck => 0);
$mech->ssl_opts( SSL_use_cert => 1,
verify_hostname => 1,
SSL_cert_file => "certificado.pfx",
SSL_passwd_cb => ...
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Extraer nombre de dominio de dirección de correo

Saludos, comunidad.

Por favor, si pueden darme una ayuda.

Necesito una expresión regular que extraiga el dominio de una cuenta de correo.

Ejemplo, si tengo las siguientes cuentas

@vec = ( '[email protected]', '[email protected]', '[email protected]', '[email protected]' );

que me extraiga el dominio. El resultado debería ser:

midominio.com
otro.com
gmail.com.py
ultra.es

Por favor, si pueden ayudarme. Estoy ...
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Comparar columnas

Hola, soy nueva en Perl y quería saber si me pueden ayudar.

Tengo dos archivos y tengo que buscar coincidencias entre ambos en las columnas correspondientes a año, mes, día y hora, y luego si hay coincidencias entre ellos me imprima en un tercer archivo algunas columnas de esas líneas y si no existen similitudes me imprima los datos en un cuarto archivo.

Mi problema es que si las fechas y horas no están ubicadas ...
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SMTP auth() command failed: Incorrect authentication data

Sencillamente sale eso cuando intento enviar un correo usando SMTP para office365, pero mis credenciales están bien, las he probado en otros clientes de correo y funciona.

Tengo un script así:

$msg = $msg->build(
From => $q->param('email'),
To => '[email protected]',
Subject => "Mensaje desde la pagina:".$q->param('asunto'),
Type => 'text/html',
Encoding =>'8bit',
Data => $html
);

$msg->send( 'smtp','smtp.office365.com', AuthUser=>'[email protected]', AuthPass=>'xxxxxxx', Port => '587' );
Usando mime-lite con el módulo ...
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