Foro - Perl en Español

Hola,
hace unos días un usuario preguntaba en la lista de usuarios del Protein Data Bank (PDB) cómo usar la interfaz de servicios REST, documentada en https://www.rcsb.org/pdb/software/rest.do, para hacer búsquedas BLAST.

Mientras otro usuario compartía un script escrito en Python3, llamado sequenceSimilarity.py, que requiere mmtf-pyspark para hacer consultas PSI-BLAST en tiempo real contra el PDB, a mi me llamó la atención la simplicidad del servicio sequenceCluster, que para cualquier ...

Hola,
tras el anuncio reciente de que la versión 5.28 de Perl5 eliminaría el operador smartmatch ~~ (ver aquí) me he encontrado un programa viejito dónde se usaba, a pesar de que ha sido experimental desde hace mucho tiempo. Con ayuda de

$ perldoc perlop


cuelgo aquí un ejemplo de cómo sustituir este operador por código estándar:

Artículo

Hi,
I just updated our good old server TFmodeller, available at http://www.ccg.unam.mx/tfmodeller,
so that it uses the current collection of 95% non-redundant protein-DNA complexes extracted from the Protein Data Bank. As of Feb 7, 2018, there are 977 such complexes, which can be downloaded.
In addition, I just wrote a Perl client so that predictions can be ordered from the terminal via a SOAP interface, producing XML output which ...

Hola,
antes de que se acabe el año aprovecho para compartir con vosotros un excelente tutorial de one-liners de Perl, esos comandos que en una línea permiten ejecutar complejas operaciones en el terminal de Linux, el símbolo del sistema de Windows, o, mejor aún, desde dentro de una ventana de MobaXterm.

Artículo

Hola,
cada vez se van publicando más trabajos donde se emplea TagSeq, una versión low cost de RNAseq que se especializa en secuenciar el máximo número de transcritos posibles, pero sólo unos cuantos cientos de bases de su extremo 3', contando desde la cola poliA.

Cuando obtenemos lecturas o reads de este tipo y las queremos alinear contra los transcritos anotados del genoma de referencia puede ser útil, con vistas a posibles normalizaciones posteriores que ...

Hi,
this entry shows how to query footprintDB from a Perl script.
First, make sure you have module SOAP::lite, which you can install with: $ sudo cpan -i SOAP::Lite. The following Perl5 code shows how to make all dna, protein and text queries, obtaining XML output in all cases.
Note that if you register you can query also your private databases (see details in documentation). Also note that protein searches are time consuming, and if ...

En https://course.raku.org/ tenemos disponible un curso con preguntas y ejercicios, para aprender Raku.

De momento, ya está disponible el primer tema.

A Complete Course of the Raku programming language

About this course

Part 1. Raku essentials
Basic introduction to Raku and its compiler

What is Raku
Raku vs. Rakudo
How to install Rakudo
Editors and IDEs
Conventional file extensions
Hello, World!
Notes on using Unicode
Running programs
Running from ...

Buenas tardes, foro.

Tengo un objeto de tipo 'Gtk2::TreeIter' y quisiera saber la forma de recorrerlo recursivamente para poder determinar los valores que se guardan dentro.

Ya intenté con Data::Dumper y sólo me tira $VAR1 = bless( do{\(my $o = '94267936158336')}, 'Gtk2::TreeIter' )

Saludos y gracias de antemano.

Hoy, día 1 de diciembre, ya están disponibles los calendarios de Adviento de este año.

• Perl
• Perl Weekly Challenge
• Perl Advent Calendar de LeoNerd
• Raku
• Perl Dancer Advent Calendar 2020

Otros:

• Advent of Code

Hola, buenas a todos.

Este es el texto que procesa el script:
<a class="pais" href="">USA</a></td>
<td style="font-weight: bold; text-align:right;background-color:#FFEEAA;">dato USA</td>
<a class="pais" href="">Spain</a></td>
<td style="font-weight: bold; text-align:right;background-color:#FFEEAA;">dato Spain</td>

Pongo el código:

my $i = 0;
my @total = ();

@regexp = (".*pais.*>(.*?)<\/a",".*FFEEAA.*>(.*?)<\/t");

procesar ($texto, \@regexp);

sub procesar{
my ($content,$regexp) = @_;
my @lineas = split "\n" , $content;
my @reg = @{$regexp};
foreach (@lineas){
if($_ =~ m{$regexp->}o){
$total = $1;
$i++; ...