Foro - Perl en Español

https://twitter.com/raku_lang/status/14 ... 2312814594

We are proud to annouce the first bioinformatics tool that is written in the Raku language and published in a peer-reviewed journal:

BepiTBR: T-B reciprocity enhances B cell epitope prediction

The ability to predict B cell epitopes is critical for biomedical research and many clinical applications. Investigators have observed the phenomenon of T-B reciprocity, in which candidate B cell epitopes with nearby CD4+ T-cell epitopes have ...

Usando Perl debo contar el número de citocinas que hay en una secuencia. He utilizado varios ejemplos que he encontrado en este foro para conteo de palabras en un texto pero no me ha dado resultado :(

¡ AYUDA !

Cortar secuencias desde un fichero GFF y un FASTA del genoma

Hola,

hoy cuento cómo cortar subsecuencias de un genoma correspondientes a elementos anotados en un fichero GFF asociado, que tienen este aspecto, con columnas separadas por tabuladores. A diferencia del formato BED, las coordinadas aquí empiezan a contar en 1:

1 proveedor gene 16399 20144 . + . ID=500;...
1 proveedor mRNA 16399 20144 . + . ID=500-01;Parent=500;...
1 proveedor exon 16399 16976 . ...

Hola,

hoy mi colega Najla Ksouri y yo teníamos que comprobar si dos versiones del mismo genoma, una de Phytozome y otra de Ensembl Plants, eran iguales en secuencia. Para eso usamos este one-liner Perl que hace una digestión MD5 de las secuencias desde un fichero en formato FASTA, donde cada secuencia va precedida de una cabecera o header, capturada en la variable $h:

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Hola,

un problema con el que tropecé recientemente al preparar un fichero .travis.yaml para un repositorio en GitHub es que algunos módulos Perl pueden fallar al ser instalados porque dependen de software adicional que no está instalado en el sistema operativo. La solución pasa por instalar esas dependencias antes de los módulos en cuestión, tal como se hace por ejemplo con libgd-dev en https://github.com/eead-csic-compbio/ge ... travis.yml

En esta entrada ...

Hola,

una pregunta habitual cuando analizas un fichero de nucleótidos, por ejemplo un ensamblaje de un genoma, es qué porcentaje GC tiene. Asumiendo que el fichero está en formato FASTA, podemos obtener fácilmente ese valor con un mini-programa (one-liner) escrito en lenguaje perl. Por ejemplo, para el genoma comprimido de Brachypodium distachyon obtenido de Ensembl Plants, podríamos obtenerlo así:

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https://videos.unileon.es/series/5e73cb ... cc6f8b45af

20 marzo 2020 "Archivos en Perl"
30 marzo 2020 "Funciones de usuario en Perl"
13 abril 2020 "Expresiones regulares I"
14 abril 2020 "Práctica 7 (express)"
20 abril 2020 "Expresiones regulares II"
27 abril 2020 "Práctica 8 (4 genes)"
30 abril 2020 "Orientaciones_tarea_final"
29 enero 2021 "Presentación asignatura Informática 2021"
10 febrero 2021 "Instalación editor e intérprete de Perl"
10 febrero 2021 "Variables escalares"
18 febrero ...

Hola,

la bioinformática se escribe en muchos lenguajes de programación. Aunque seguramente es ahora más minoritario, por el empuje de lenguajes como Python o R en nichos como el aprendizaje automático o la estadística, uno de los lenguajes que ha tenido mucho peso en nuestra disciplina es Perl. De ahí el nombre del blog.

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Hi, Carlos Cantalapiedra and me recently put together teaching material about scripting in the linux terminal.

The material can be found at repository https://github.com/eead-csic-compbio/sc ... inux_shell

There are five sessions and the goal is for you to learn the basics of the Linux shell and scripting for data sciences such as genomics and plant breeding:

session title required time URL
0 Setup prior to course session 0
1 Linux ...

Buenas,

a finales de Junio participé en la más reciente conferencia sobre Perl, https://perlconference.us/tpc-2020-cloud . La principal novedad, sobre la que ya tuiteé en aquellas fechas, fue el anuncio de una nueva versión de Perl, en concreto Perl7. Han pasado ya dos meses y no hay mucho más que contar, pero parece que podemos ir haciéndonos a la idea de qué significa esto.

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