Foro - Perl en Español

Hola tengo un archivo con el siguiente estilo de filas por columnas:
2L bound_moiety=MED(+) intron 4336355 4336361 3.8 + . ID=intron_FBgn0020762:1_FBgn0020762:3;Name=Atet-in;Parent=FBtr0077427;parent_type=mRNA
2L bound_moiety=MED(+) intron 4334989 4334995 3.0 + . ID=intron_FBgn0020762:1_FBgn0020762:3;Name=Atet-in;Parent=FBtr0077427;parent_type=mRNA
2L bound_moiety=MED(+) intron 4334462 4334468 2.9 + . ID=intron_FBgn0020762:1_FBgn0020762:3;Name=Atet-in;Parent=FBtr0077427;parent_type=mRNA

Quisiera poder saber si existen grupos de coordenadas a distancia menores de 50 bp teniendo en cuenta las coordenadas de las columnas 4 (inicio) y 5 (fin), y si es positivo poder guardar un archivo ...

Hola. necesito de su ayuda... Ojalá alguien me pueda asesorar con esto...

Es un formato de secuencias de ADN... me busca la $variable y la $secuencia y abro otro archivo en el cual voy a buscar $variable con un grep() y si la encuentra, imprimir la $variable2 declarada en el if(), más o menos así:

open( my $fh, $ARGV ) or die "No se puede abrir el archivo\n";

my $var;
my $sec;

while (<$fh>) ...

«Los ficheros PDB (Protein Data Bank) contienen las coordenadas espaciales de los átomos de proteínas cuya estructura está resuelta por técnicas de rayos X o resonancia magnética nuclear (RMN).

Hoy veremos como reusar ese código para extraer los átomos deseados de un fichero PDB.»

Artículo

¡Hola!

Soy nueva en este foro y no entiendo mucho de Perl pero tengo que hacer lo siguiente:

Tengo un archivo con unas reacciones y unas enzimas que ya tengo separadas y ordenadas un poco, entonces lo que debo hacer ahora es contar las veces que sale cada enzima, es decir, crear una lista de coincidencias de cada elemento para poder luego separar los elementos más abundantes de los menos abundantes.

Debajo tengo la lista ...

Hola, quería preguntaros si es posible contar repeticiones (secuencias cortas de bases, p.ej. de 4-6 bases) en un genoma completo a través de la creación de una aplicación web escrita en Perl, de manera que las repeticiones a buscar se introduzcan individualmente en un formulario HTML creado para ello y éste remita la petición a través del enlace a un CGI-Perl diseñado para que la envíe a la base de datos Genbank donde se encuentra ...

Saludos.

Soy un estudiante de Bioingeniería y estoy viendo una electiva que es bioinformática.

El problema es que el profesor asume que de antemano somos programadores expertos y varios compañeros no tenemos ni idea de la programación básica, y por lo menos por mí, hace años que no uso la programación y estoy casi nulo en el tema. Con Perl he hecho tareitas pequeñas, scripts y cositas sencillas, pero esta vez no sé qué hacer, ...

«A continuación os dejo un sencillo código para extraer las líneas deseadas de un texto dándole como parámetros el texto y un array con las palabras o patrones que deben estar presentes en las líneas a extraer.»

Artículo

«hemos aprendido las ventajas de usar vectores de sufijos (suffix arrays) para el problema de buscar patrones o subcadenas exactas en textos muy largos, como son las secuencias genómicas. Pero, ¿qué es un vector de sufijos? Trataré de explicarlo con el siguiente código en Perl:»

Artículo

Hola:
Tengo un problema que no sé muy bien por donde cogerlo, tengo que crear un programa que me haga una secuencia complementaria a una cadena de DNA es decir, si tengo la secuencia ATGC me la tiene que cambiar por TACG. Esos son los cambios siempre A->T, T->A, C->G y G->C.

El problema es que no puedo usar no la instrucción s/// ni tr///. Me recomiendan usar substr() y mirar cada base en la ...

«Bienvenidos al portal de vídeos de docencia de Bioinformática, los cuales resultarán muy útiles para estudiantes de esta asignatura en la UPO y en otras universidades españolas. Aquí intentaré subir de vez en cuando vídeo-tutoriales sobre herramientas de bioinformática, incluidos lenguajes de programación o sistemas operativos como Linux, que pueden ser de interés para iniciados en la materia.»

Canal