Foro - Perl en Español

¿Cómo podría hacer para buscar dentro de un fichero todas las líneas que comiencen por la palabra gen y terminen en el símbolo "/"?

Tengo el siguiente código escrito donde @fichero es donde tengo almacenado el contenido del fichero:

foreach my $linea (@fichero){
if ($linea =~ /^gen/) {
$union .= $linea;
}
}

que me devuelve únicamente las líneas que comienzan por "gen". Así, por ejemplo, si fuera el siguiente caso:

gen 12345678909853726423652836507
237840293875
/ ...

Alguien me puede explicar qué significa el siguiente código:

$extracto=~s/($NUMEROS)\.\.($NUMEROS)/substr($secuencia,$1-1,$2-$1+1)/g;

donde $extracto almacena caracteres del tipo
union(60..67,400..567,500..523)inversa(join(675..679,789..797))

y $secuencia es una cadena de DNA.

Y $NUMEROS está definida como $NUMEROS = qr/\d+/;

¿A qué se refieren las variables $1 y $2?

¡Hola!

Tengo que imprimir una tabla con el siguiente formato:
Arabidopsisthaliana
#Codon AA Fraction Number Fraction Number
GCA A 0.269 3283 ... ..
GCC A 0.167 2034
GCG A 0.143 1749
GCT A 0.421 23423
TGC C 0.443 1357


Los datos de la columna Codon los tengo almacenados en un array. Los de la columna AA son los valores de un hash. Los datos de las columnas Fraction están en un array. Los de las ...

¡Hola!

Tengo almacenados en un hash una serie de nucleótidos como claves y el número de veces que aparecen como valores. Voy a poner un ejemplo con un trozo de la lista:

GCA 3283
GCC 2034
GCG 1749
GCT 5130
TGC 1357
TGT 1703

He pasado el hash como argumento a un subrutina.

Esta subrutina lo que tiene que hacer es sumar los 4 primero números y almacenarlos en un variable.

Luego los dos últimos ...

¡¡Hola!!

Necesito una subrutina para parsear las anotaciones de un fichero GenBank. Tengo que pasar como argumento una variable donde se encuentran las anotaciones (que ya tengo), y lo que me tiene que devolver es un hash en el que las llaves sea los títulos de las diferentes secciones (locus, features...) y los valores los datos correspondientes a esa sección. ¿Cómo lo hago?

Necesito ayuda... Tengo un hash en el que almaceno una clave y un valor y al imprimirlo se puede ver por pantalla:

Code: Seleccionar todo

#Codon                           AA
GCT                              A
GCA                              A
GCC                              A
TGT                              C
TGC                              C
ATA                              I
ATC                              I

y bueno, es mucho más amplio.. Se observa, por lo tanto, que el valor me aparece ordenado alfabéticamente (A, C, D, E, F..) pero necesito ADEMÁS (necesito ambos) que el codon también aparezca ordenado (dentro de los ...

¡Hola!

Tengo una cadena de ADN y los CDS que me indican cuáles son las partes codificantes. Los CDS vienen de tres formas diferentes:

Intervalo único
Ejemplo:
CDS 50878..51332

Intervalos combinados que dan lugar a una única secuencia codificante
Ejemplo 1:
CDS join(53022..53183,53484..53624,53703..54494)
Ejemplo 2:
CDS join(23519..24451,24542..24655,24752..24962,25041..25435,
25524..25743,25825..25997,26081..26203,26292..26452,
26543..26776,26862..27012,27099..27281,27372..27533,
27618..27713,27803..28431,28708..28805,28890..29080,
29160..30065,30147..30311,30410..30816,30902..31079)

En este caso, la secuencia codificante, será la unión de todos los intervalos que aparecen entre paréntesis.

Entradas únicas o combinadas indicando que la ...

¡Hola! Tengo que hacer un programa en el idioma Perl que me imprima el resultado en un fichero de salida. El resultado tiene que ser una tabla de este tipo:

POSICIONES INICIALES POSICIONES FINALES SECUENCIA ENCONTRADA
3454456 5646436 agtctggat
4545657 4654646 .
5465757 67675677 .
. . .
. . .
. . .

Tengo los resultados almacenados en tres arrays diferentes (el de las posiciones iniciales, el de las posiciones finales y el de ...

¿Qué tal? Estoy haciendo un programa Perl que me pide la librería BeginPerlBioinfo... ¿Alguien sabe cómo la instalo o algo así? Porque es una librería de subrutinas que no tengo...

Gracias...

Qué tal... soy nuevo en esto de BioPerl... necesito su ayuda...

Tengo un archivo con varias secuencias de proteína. Necesito extraer un segmento de esa secuencia que siempre empieza con C y termina con TF; bueno, en algunos casos es con SF o LF. Necesito extraer ese pedazo de secuencia y el nombre de la misma.

Por ejemplo...

>secuencia1
MMNPOTADCQQYYTRPWTF

>secuencia2
URPACMNLEPPOAAADKRRCMQ
HTHWPPYTF

y la salida más o menos así

Code: Seleccionar todo

secuencia1                  CQQYYTRPWTF
secuencia1                  CMQHTHWPPYTF

Si ...