Foro - Perl en Español

Hola, llevo varios días estudiando casi todos los tutoriales de esta página, porque he empezado unas prácticas de empresa en un laboratorio de bioinformática y trabajan con Perl y MacOSX.

Sea como sea, me han pedido que haga un proyecto el cual requiere de conexión con MySQL, y pensé que usando XAMPP se simplificarían las cosas, pero no.

1. No logro instalar ni a través de CPAN ni descargando el fichero al ordenador el paquete ...

Hola,

Estoy haciendo un script para contar la aparición de una lista de caracteres sobre uno o más bloques más grandes.

A continuación coloco un fragmento del archivo que contiene mi lista de caracteres a buscar:
AA
AT
AG
AC
TA
TT
TC
TG
GA
GT
GG
GC
CA
CT
CG
CC
AAAA
AAAT
AAAC
AAAG
TTTA
TTTT
TTTC
TTTG

Y este es un fragmento del bloque sobre el cual se realiza la búsqueda (pueden ...

¿Qué tal? Tengo una duda... Tengo este código que me cuenta cuántas veces aparece una palabra. Ejemplo: "lupus". Quisiera saber si me pueden ayudar a ver en qué registros se encuentran... es un formato de Genbank de bioinformática.

Este es el código:
#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
use diagnostics;

open (my $fh, $ARGV) || die "No puedo abrir el fichero: $!\n";
print "Palabra a buscar...!\n";
my $busqueda = <STDIN>;
chomp($busqueda);
my $total = 0; ...

Hola, mi problema es que tengo un archivo que tiene muchos elementos de los cuales yo solo me quedo con dos y hago un archivo .txt con dos columnas, a partir de ahí tengo que eliminar una parte de esas columnas... en cada columna de las dos me sale esto: uniprotkb:00993212 y solo me tendría que quedar con el número y no lo sé hacer... Aquí os dejo el programa... Muchas gracias.

#use strict; ...

Ejercicio de Informática - Biotecnología. Universidad de Salamanca.

Construir el programa marcos.pl que se ejecutará con la siguiente sintaxis:

perl marcos.pl fichin fichcódigogenético fichout

Enunciado
Además del código genético estándar, existen otros 23 códigos genéticos alternativos; tres de los cuales se proporcionan en tres ficheros denominados EGC.0, EGC.4 y EGC.11.

En cada uno de estos ficheros aparece el aminoácido que codifica cada codón, así como los codones de inicio (“M” en la línea “Starts”) y ...

Hola a todos :wink:

¿Es posible obtener los valores almacenados en un hash, ordenados en un archivo de salida?

Es decir, los hash almacenan pares {clave=>valor}, pero no los mantienen en orden en la memoria. ¿Se pueden sacar todos los pares {clave=>valor} ordenados alfabéticamente respecto de las citadas claves, y escribirlos en un archivo de salida manteniendo dicho orden?

Disculpad si es una pregunta tonta, pero utilizando ...

¡Hola! Tengo que hacer una práctica para la universidad y hay algunos ejercicios que no sé cómo empezarlos.

Aquí os los dejo... espero que alguien me pueda ayudar a resolverlos... ¡por favor...!

Suponiendo que tenemos una secuencia de bases en una string:
$a="ATTCCTGATGCGACCCCT";
Puede ser útil utilizar la función length(), que devuelve el tamaño de un string.

1.- Decir cuántas veces aparece la tripleta CCT (estas 3 bases o letras) (en este caso, 2).

2.- ...

«Bruno Contreras-Moreira:

Este taller recorre a lo largo de 5 sesiones algunas aplicaciones del lenguaje de programación Perl en tareas habituales de la bioinformática, apoyándose en CPAN, BioPerl y en herramientas esenciales (como UniProt), además de en recursos propios como la base de datos 3D-footprint.

Es un recorrido eminentemente práctico para estudiantes e investigadores que ya sepan programar y, aunque no sea imprescindible, interaccionar con sistemas operativos Linux. Este material se apoya en el curso ...

¡¡Hola a todo el mundo!!

Soy principiante totalmente en el lenguaje Perl y estoy empezando gracias a una asignatura de bioinformática que tengo este cuatrimestre. Mis conocimientos me han permitido medio solucionar un problema que nos han propuesto. El problema en sí es el siguiente: partimos de un árbol filogenético expresado de la siguiente forma (por ejemplo):

(Mur: 0.98798,((((Ba3n: 0.77637,CA3: 0.24356),H: 0.99877),G: 0.77892),J: 0.99872),Gi: 0.88982);

El objetivo es eliminar las distancias de cada especie (los ...

Ejercicio a presentar en la convocatoria de Enero de 2010.
Informática - Biotecnología. Universidad de Salamanca.

Construir el programa pep2dna.pl que se ejecutará con la siguiente sintaxis:

perl pep2dna.pl fichin1 fichin2 fichout linesize

Funcionamiento
El programa pep2dna.pl recibirá como primer argumento un nombre de fichero (fichin1) que contendrá un número variable de secuencias de DNA, seguidas de su traducción a secuencia de aminoácidos, siguiendo el formato que puede verse en los ficheros de ejemplo en ...