Foro - Perl en Español

Genome es un nuevo módulo en CPAN, que da acceso a más de 1000 utilidades en genómica, desarrollados por los equipos de análisis e ingeniería del The Genome Center de la Universidad de Washington en San Louis, con fondos del National Human Genome Research Institute.

Aún no está del todo subido a CPAN, pero le falta poco.

Tampoco he dicho que no sé nada de lenguajes informáticos, sé lo básico. En cuanto a la pregunta ¿cuántos años has estudiado informática? Ninguno. Yo estoy estudiando Biología y en este curso he tenido una asignatura sobre programación. He dado lo más elemental y por eso, en ocasiones, ante problemas algo más complejos me atasco bastante.

Estimados compañeros,

Buen día. Hoy recurro a ustedes ante una pregunta producto de mi clase de bioinformática, a la cual no he encontrado la manera de abordarla. El profesor nos pide hacer un script llamado cuentapalabras.pl. Este script debe buscar "palabras" (más bien dicho, "conjunto de bases") de una longitud especificada por el usuario, las cuales están dentro de un archivo de texto. Dicho script debe de tener un "uso: <Tamaño de palabra> <archivo de ...

Compañeros:

Una vez más solicitando su ayuda. Deseo crear un script que me devuelva secuencias de ADN que se encuentra entre dos pequeñas secuencias del mismo patrón. Las secuencias de ADN se encuentran en un archivo .txt, y el usuario puede definir que patrón buscar y el archivo a introducir.

Es algo como esto: quiero extraer las secuencias que se encuentran entre el patrón ATC

CATCTAAAAGTGCGTAGATC
GTGTACCAACAGGAGGCTTG
TGTCAGATGAATACACTTGT
TGGGCGTGTTATTAATAAGA
ACTCGCATTCGCCTAGAGAA
CATCTAAAAGTGCGTAGATC
GTGTACCAACAGGAGGCTTG
TGTCAGATGAATACACTTGT

Deseo que ...

¡¡¡Buen día compañeros!!!

Estoy iniciando en la bioinformática, y pues Perl es el primer peldaño.

Tengo un pequeño problema con un script que comencé por curiosidad. Deseo generar secuencias aleatorias de ADN, con una longitud especificada con el usuario, así como el numero de secuencias. Igualmente el usuario puede definir el % de GC, es decir, qué porcentaje de C y G hay en la cadena.

He creado mi script, pero no me da la ...

Hola perleros,

tengo un archivo de texto con secuencia de ADN en el que tengo que buscar varias cadenas dadas como argumento al programa, por ejemplo CAGTT y ACGTA. Estas cadenas las guardo en un array y en un bucle recorro el array buscando en el texto todas las apariciones de cada una.

De la siguiente manera abreviada: (nota: he usado la librería Tie para poder leer el archivo de texto como un array aunque ...

¿Qué tal...? Tengo una duda... Tengo un archivo multifasta con más de 10.000 secuencias y quiero ejecutar un programa que se llama "sixpack" pero solo me deja introducir una sola secuencia... con su respectiva salida.

¿Cómo podría hacerle con un código en Perl para poder meter las 10.000 secuencias pero que cada vez que encuentre un ">" vuelva a ejecutar el programa y la salida también tenga otro nombre?

Gracias

Hola perleros,

estoy interesado en crear un programa que me lea un archivo de secuencias cortas en formato FASTA y que me cuente el número de apariciones de cada secuencia. Me imagino que para ello tengo que crear un hash. La cuestión es que el archivo es muy grande y en pruebas con otro software he visto que puedo tener hasta 1 millón de secuencias únicas algunas repetidas más de una vez. Me gustaría luego ...

Hola, ¿qué tal?

¿Podrían orientarme en cómo imprimir el header, la primera y la última línea antes de un '>' (que es mi siguiente secuencia).

Gracias.

Buenas ;)

Tengo un problema para ordenar los resultados de este programa. De lo que se trata es de ordenar las claves del hash e imprimirlas en orden. Yo lo he intentado de múltiples formas, pero no consigo el resultado buscado.

El programa es éste (una modificación de un programa que Explorer me ayudó a hacer en su día). Pero no sé dónde ubicar el bucle "foreach" ...