Hola...
Escribo porque tengo un gran problema: resulta que para poder terminar mi script me falta un último paso que es comparar dos archivos.
Tengo dos archivos así...
Archivo 1:
GCTA
AACCTA
GCCCCA
AACCCA
CTCCAC
......
Archivo 2:
AAACCC
TGTTCT
TGGGTG
GGTGTG
GGTATA
......
Necesito comparar la primera línea de mi archivo 1 con todas las líneas de mi archivo 2, luego la línea 2 del archivo 1 con todas las líneas del archivo 1, ...