Foro - Perl en Español

Hola...

Escribo porque tengo un gran problema: resulta que para poder terminar mi script me falta un último paso que es comparar dos archivos.

Tengo dos archivos así...

Archivo 1:
GCTA
AACCTA
GCCCCA
AACCCA
CTCCAC
......

Archivo 2:
AAACCC
TGTTCT
TGGGTG
GGTGTG
GGTATA
......

Necesito comparar la primera línea de mi archivo 1 con todas las líneas de mi archivo 2, luego la línea 2 del archivo 1 con todas las líneas del archivo 1, ...

¡Hola! Tengo un problemilla con un bucle for() y un hash.

Se trata de un programa de getorf. Al final tengo que imprimir las proteínas por orden del codón de paro. He comprobado que los valores (proteínas) y las claves (posición codón de paro) estuviesen en el hash y eso está bien, pero a la hora de dividir la proteína en trozos de 60 aminoácidos me da problemas, solo aparece la primera línea de las ...

Hola a todos, escribo para consultar por un problema en la corrida de MSTRAT, luego de cliquear run redundance me aparece "ether : ppp_d==-1 child process exited abnormally". Si alguien me pudiera ayudar a resolver este problema le estaría muy agradecido.

Un saludo, luis

Estoy haciendo un programa con Perl para buscar ORF en una secuencia de ADN. Mi problema es que para buscar los codones que necesito he utilizado muchos bucles for() que me dan problemas. He intentado sustituirlos por bucles while() o do-until() pero dan bucles infinitos, por lo que creo que debería utilizar los bucles for(), pero tengo que encontrar la manera de solucionar los errores.

En concreto el problema con los bucles for() es que ...

Hola, quisiera saber si me podrían ayudar a resolver esta duda que tengo... ¿como puedo sustituir una coma (,) por una nueva línea¿ Por ejemplo:

Tengo un archivo que tiene muchas líneas como esta:
AACY020170993.3.1546, FJ479002.1.1515, FM209350.1.1508, EU803456.1.1500, GU169059.1.1466
pero necesito imprimirlas en forma de columna
AACY020170993.3.1546
FJ479002.1.1515
FM209350.1.1508
EU803456.1.1500
GU169059.1.1466

Lo quise hacer en linea de comando con la siguiente instrucción: perl -npe 's/,\s/\n/' pero solo me lo hace para la primera que encuentra ...

Tengo un gran problema; recién estoy aprendiendo Perl y necesito ayuda con esto:

Lo que quiero es leer la primera línea de mi primer archivo y que compare el primer string con
el primer string de cada línea de mi segundo archivo y si son distintos lo guarde en un nuevo archivo
de salida y así continúe con cada línea hasta recorrer todo mi primer archivo.

Los archivos son más o menos así, aunque un ...

Buenos días,

Estoy dándole vueltas como un loco a una expresión regular que me permita extraer las líneas con esta estructura de un reporte de resultados.

Línea tipo:
2.4e-24 82.8 0.2 4.1e-24 82.1 0.1 1.4 1 STRM_2308 putative Histi

El problema principal creo que es la expresión regular utilizada para detectar el número "e" (2.4e-24), yo lo he intentado con estas y no ha funcionado:

/^\s+\d+\s+/
/^\s+\d+e\-\d+/
/^\s+\d+\e\-\d+/

¿Alguna sugerencia?

Muchas gracias

¡Hola!

Necesito ayuda urgente :cry: . Tengo que hacer el mismo trabajo que la otra perldesesperada, de hecho, creo que es compañera de clase :D

Tenemos que conseguir sacar de una cadena de ADN varios genes. Los genes tienen que empezar por ATG y acabar por TGA, TAA o TAG, y tenemos que indicar las ...

Hola

Soy una programadora principiante y necesito hacer un programa con el cual, dado un fichero FASTA con una secuencia de DNA pueda encontrar las secuencias codificantes, ORF, y traducirlas posteriormente. Te adjunto un ejemplo de dos de las secuencias codificadas del fichero de salida para ver si te puedes hacer una idea:
>1-300000_1 Schizosaccharomyces pombe 972h- chromosome III, complete sequence
MIGRADIEESKSNVAMNAWLPQASYPCGNFSGTSVLKFRGNKGSIGHTFMVCIHTENQNQ
GDFYPFILLEISVLDESPLGHLRYLLTDVPPQPNSPPDNVINADQFAKKL
>1-300000_2 Schizosaccharomyces pombe 972h- chromosome III, ...

Hola de nuevo y Felices Fiestas a todos.

Tengo un problema con la división de un archivo multiFASTA en partes.
Quiero delimitar el número de secuencias que cada una de las partes ha de contener y lo he intentado usando "while", pero resulta que el bucle se sale de madre y no me divide los archivos de la forma que quiero.
Creo que el código se explicará mejor que yo:

#!/usr/local/bin/perl
use strict;
use ...