Foro - Perl en Español

«La tarea de hoy consiste en leer un archivo GenBank, por ejemplo de un genoma circular bacteriano, con el fin de extraer las secuencias intergénicas. Para esta tarea vamos a utilizar código de BioPerl y antes necesitaremos descargar al menos un fichero GenBank, como se explica por ejemplo en el taller de (bio)perl. Una vez tengamos los archivos de entrada necesarios, podemos resolver el problema de las secuencias intergénicas con una subrutina como ésta:»

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¡Hola! Antemano agradezco su interés por querer ayudarme.
Mi situación es la siguiente:

No tengo mucha experiencia en esto y necesito saber cómo hago para hallar las zonas intergénicas de cada gen dentro un archivo genbank. Por favor, ayuda. Gracias.

«... os dejo una entrada algo más compleja, donde se muestran los fundamentos de la transformación de Burrows-Wheeler aplicada a la búsqueda de patrones en secuencias biológicas, como continuación natural de los vectores de sufijos y los árboles binarios, que vimos en una entrada anterior.

...»

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¡Hola perleros!
Tengo dos tablas de datos que quiero cruzar. En la más pequeña (llamémosla "pequeña") tengo posiciones cromosómicas en esta forma:

chr1 1356442
chr1 1740013
chr1 21332987
.
.
.
chr2 34298384
chr2 34299811
chr2 70007885
.
.
.
chr3 12335789
.
.
.

Así para cada cromosoma, cientos de entradas.

Y quiero cruzar esta tabla con otra principal (llamémosla "general") enorme con casi todas las posiciones en el genoma que tiene tres columnas ...

Hola, teniendo un archivo con una secuencia única en formato fasta, y otro archivo tabulado donde dos de sus columnas (las 3 y 4 ) contienen las coordenadas respectivas a cierto elemento dentro de la secuencia del primer archivo, ¿cómo puedo extraer dichas fragmentos de secuencia según sus coordenadas?

Saludos y gracias.

Hola, ¿qué tal? Agradecería mucho su atención sobre la siguiente duda.

G07VVQL01AR4M7,497,01,CAGTGGTATCAACGCAGAGTACGCGGGCACTCCTCTCTCATTAGAGGTTGATCTTTG
AGGAAAACAGGGTGTTGCCTAAAGGATGAAAGTGTTGAGT

Quiero ir sustituyendo primero en el inicio un '>',
en la primera, colocar length,
y en la segunda, colocar lib,
y en la tercera, que sea un salto de linea "\n",

Es decir que quede de la siguiente manera:

>G07VVQL01AR4M7 length497 lib 01
CAGTGGTATCAACGCAGAGTACGCGGGCACTCCTCTCTCATTAGAGGTTGATCTTTG
AGGAAAACAGGGTGTTGCCTAAAGGATGAAAGTGTTGAGT

Llevo varios intentos pero no logro todo.

Gracias por su apoyo.

«Hace unos días me enteré por mi colega Pablo Vinuesa de la publicación de Bio::Phylo, una colección de 59 módulos escritos en Perl para análisis filogenético (filoinformático, como dicen sus autores). El artículo original aparece en la revista BMC Bioinformatics e incluye ejemplos de como utilizar esta librería para tareas típicas pero complejas, como por ejemplo el análisis automático (y el almacenamiento persistente como NeXML) de las anotaciones de árboles en formato Newick.»

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«Cuando obtenemos resultados de costosos cálculos computacionales los guardamos para poder volver a usarlos sin tener que calcularlos de nuevo.

Normalmente se guardan en archivos de texto con el formato deseado. Pero hay veces que nos interesa guardar los resultados tal y como los guardamos temporalmente en una variable de perl mientras son procesados.»

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Hola,

tengo un problema con extraer los CDS de un formato genbank con lenguaje BioPerl e imprimirlos en un archivo fasta con el formato “>lcl|protein_id|gene” para el campo display_id y “location product” para el campo desc, obteniendo los datos de los tags respectivos.

Aquí encontré un programa que lo hace pero está en Perl y tengo que hacerlo en BioPerl. Ojalá me puedan ayudar en esto...

Mil gracias.

Hola:

Tengo que hacer una tarea en Perl en la cual debo hacer un histograma de frecuencias de los puntajes al azar y tomar la proporción de éstos que son mayores o iguales al puntaje de la pareja de secuencias (significatividad).

Y los datos para hacer el histograma los debo obtener tomando una muestra de n parejas de secuencias aleatorias y alinearlas usando el método de alineamiento local Smith-Waterman implementado en, por ejemplo, EMBOSS. Para ...