Foro - Perl en Español

Buenas,

Tengo otra pregunta chorra, ¿cómo le digo a la subrutina que coja @genbank1 y lo meta en @genbank? Es que tengo varios archivos de genbank...

Muchas Gracias.

ORGANISMO(@genbank1);

sub ORGANISMO {
my @genbank = ();
my $organismo = '';
for my $linea (@genbank) {
if ( $linea =~ /^ ORGANISM/ ) {
$linea =~ s/^\s*ORGANISM\s*//;
$organismo = $linea;
}
}
}

Hola, soy principiante, hace un mes que estoy en Perl.

Tengo estas tres secuencias de ADN y las tengo metidas por líneas en un array.

Quiero quitar el número de delante, pero no lo consigo. Si alguien me puede echar una mano...

1 agatggcggc gctgaggggt cttgggggct ctaggccggc cacctactgg tttgcagcgg
61 agacgacgca tggggcctgc gcaataggag tacgctgcct gggaggcgtg actagaagcg
121 gaagtagttg tgggcgcctt tgcaaccgcc tgggacgccg ccgagtggtc tgtgcaggtt

¡Muchas Gracias!

Ejemplo de cómo generar todas las posibles combinaciones de secuencias sinónimas para la proteína MALVSREGPT más un codón de paro que es '>'.

#!/usr/bin/perl
use common::sense; # Hay que tener sentido común

#use Modern::Perl; # Somos modernos
#use utf8;

use open qw(:utf8 :std); # Terminal en modo utf8
use autodie; # Es mejor morir que regresar con deshonor (proverbio Klingon)

my %código_genético = (
'AAA' => 'K',
'AAC' => 'N',
'AAG' => 'K',
'AAT' ...

Hola

¿Cómo puedo hacer que me busque una secuencia en un genoma?

Por ejemplo:

Quiero buscar GATCTATTTATTTAGAGATCTGTTCTATTGT

donde las que están con color pueden ser cualquier base.

Si lo hago con index() solo me busca lo que le especifico, pero quiero que me la tome igual si las bases que están con color cambien.

index( $secuencia, 'GATCTATTTATTTAGAGATCTGTTCTATTGT', $posicion+1 );

¿Cómo lo puedo hacer?, ¿se hace con expresión regular?


De antemano, gracias.

Por favor, soy muy novato usando Perl. Solo llevo unas semanas aprendiendo, pero ahora tengo que desarrollar urgente un script que me permita hacer lo siguiente:

Tengo un archivo de texto plano que tiene la siguiente forma:

> nombre de gen 1
TAGCGATCGATCGACGACTAGCATCAGCTG
CGATGCTGACTGATGCTGATCGATCGTACG
CGTAGCTGATCGTAGCTAGTCGTAGCTGAT
TATCGTAGCT
> nombre de gen 2
GCTGATCGTAGCTAGTCGTAGCTAGTCGAT
ACGTCGTAGCTAGTCGATGCTGATCGTAGT
AGCGATGCTAGTCGATGCTGATCGTAGCTG
TACTCGTGCGACGATGATCG
> nombre de gen 3
TCGATCGTAGCTGATCGTAGCTGATCGTAC
TAGCTGATCGTAGCTGTAGCTGATCGTAGG
ATCGTAGCTGATGCTGCTCGTGTGCATGAT
AGTTCGATCTTTGC

Y quiero ponerlo en esta forma:

> nombre de gen 1 ...

¡¡¡Hola!!!
Soy una principiante en esto de programación y estoy haciendo un programa para hallar ORF e imprimir las posibles proteínas.

Algunos de los inconvenientes que he tenido son:

* cuando imprimo $proteina me muestra las proteínas juntas y he intentado imprimir el salto cuando encuentra
un codón de parada pero no he sido capaz de hacerlo
*cuando le doy la opción de abrir un archivo con lo impreso, me abre solo las proteínas del ...

«... en este ejemplo se muestra cómo leer línea a línea un archivo comprimido con los algoritmos de la librería zlib. En particular este ejemplo lee un archivo FASTA de gran tamaño sin necesidad de descomprimirlo entero.»

Artículo

Hola,

necesito ayuda con una tarea que en principio parece sencilla, pero que dado el tamaño de los ficheros de datos que se manejan se me está volviendo compleja.

El caso es que tengo dos ficheros, uno de ellos con 22.500 líneas y en cada línea varias columnas de las que me interesan las dos primeras (cromosoma y posición). En otro fichero, de 180.000 líneas, tengo 3 columnas (cromosoma, inicio y fin). La cosa es: ...

use Bio::SeqIO;

sub conteo_palabras_genoma_completo
{
my ($infile,$out_intergenic_file,$min_intergenic_size,$max_intergenic_size) = @_;
my ($n_of_intergenic,$gi,$start,$end,$length,$strand,$taxon) = (0);
# print "ingrese el nombre del archivo:\n";
# $infile=<STDIN>;
# chop($infile);
my $in = new Bio::SeqIO(-file => "NC_002755.gb", -format => 'genbank');
open(SALIDA,">conteo_genoma_completo.txt");
open(LIDER,">lider.FASTA");
open(COMPLEMENTARIA,">complementaria.FASTA");
while( my $seq = $in->next_seq) # scan all sequences found in $input
{
my ($gbaccession,$sequence,$gen,@genes) = ( $seq->accession() );
$sequence = $seq->primary_seq()->seq() ||
'no encuentro la secuencia primaria, necesito un fichero GenBank completo!';
$taxon = '';

for ...

«En el Taller de (bio)Perl ya apuntamos una manera de averiguar la genealogía de los términos GO, pero dadas las limitaciones del módulo GO::Parser aquí os muestro una manera más eficiente de extraer el significado y la genealogía de cualquier identificador de la GO, que puede pertenecer a una de las 3 ramas fundamentales de la jerarquía (proceso biológico, función molecular y localización celular).»

Artículo