Foro - Perl en Español

Hola.

Busco ayuda para resolver un problema relacionado con ADN y tal (aunque no hay que saber biología para lo que estoy preguntando aquí). Primero expondré la situación:

De un fichero en formato GenBank, tras haberlo parseado, extraje de él la siguiente información, almacenada en una variable como una sola cadena:
$seq_cds = "join(12345..12389,13400..13567,1500..1523)join(45085..46000,49
001..50678)complement(join(67548..67908,78960..79765))"etc, la cadena es más larga y con más cosas.

El anterior es un ejemplo que me he inventado, pero lo ...

Tengo que incluir en el programa un código que signifique más o menos esto: "si llegas al final de la secuencia buscando un codón de terminación esa pásame también esa secuencia, aunque no encuentres ningún codón de terminación".

Mi programa trabaja con array.

Muchas gracias

Hola, tengo un problema... con un archivo de Genbank... quiero extraer la parte donde dice /translation="(y viene la secuencia de la proteína)... quisiera saber cómo le podría hacer... para poder extraer ese fragmento. Gracias.

LOCUS ntkv01_1 5709761 bp DNA linear 22-JUL-2008
DEFINITION Klebsiella variicola strain CCG (AE) chromosome Chromosome.
ACCESSION
VERSION
KEYWORDS .
SOURCE Klebsiella variicola
ORGANISM Klebsiella variicola
Unclassified.
REFERENCE 1 (bases 1 to 5709761)
AUTHORS Davidsen,T.M., Beck,E., Galinsky,K.J. and Sutton,G.
TITLE Annotation Engine ...

Hola.

Estoy trabajando con un fichero en formato fasta que contiene una secuencia de ADN. Tengo que extraer los distintos orf posibles entre los codones de inicio y de fin desde los 6 marcos de lectura posibles. Mi problema es que en el fichero de salida me salen todas las secuencias posibles excepto la última de la lectura normal y la última de la cadena inversa. No sé si será un error de contadores o ...

HOLA:

Estoy trabajando con un fichero en formato fasta del que tengo que extraer los ORF posibles de dicho fichero por los posibles marcos de lectura. Mi problema es que obtengo las secuencias pero al compararlo con el programa getorf veo que me faltan la última secuencia con su cabecera de la cadena normal y de la inversa.
No sé que hacer para que salga ya que aunque supongo que es un error de contadores ...

Hola, estoy trabajando con un fichero FASTA que contiene una secuencia de ADN y he de localizar todos los codones de inicio (ATG) e indicar su posición. El problema es que no sé muy bien cómo hacerlo.
Gracias

Problema: Tengo un fichero en formato GenBank que almacena 20 secuencias de ADN. A partir de ahí he de extraer la parte codificante (FEATURES-CDS). Supongo que tengo que utilizar las expresiones regulares pero es que no sé ni cómo empezar.

Dentro de mi programa tenía un if() con la siguiente expresión:

if( $var1 eq $var2) { .... }

$var1 y $var2 sólo podían contener 'A', 'T', 'C' o 'G'. O sea, que así perfecto...

Pero ahora he tenido que introducir un cambio: una de las dos variables, por ejemplo $var1 puede contener caracteres comodín, representados por la letra 'N'. Esto significa que si en $var1 encuentro una 'N', siempre tendría que dar cierto (en ese ...

:lol: Hola a todos.
No sé si lo que quiero hacer se puede, porque le estoy dando muchas vueltas y no lo consigo. Os cuento: quiero trabajar con una secuencia de ADN, y me gustaría crear un programa que me pidiera las posiciones de principio y fin de una secuencia y me seleccionara todas las posiciones intermedias, para así poder meterlas en un archivo y así tener ...

Hola actualmente me encuentro desarrollando un proyecto usando Perl... tengo un fichero denominado $seq el cual contiene una serie de secuencias en cada línea ... adicionalmente tengo una base de datos llamada $dat_bas... la idea es que debo tomar cada línea de mi fichero $seq y lo enfrento con la base de datos... cada vez que haya una coincidencia con la base de datos y la secuencia debo tomar los 100 elementos que se encuentran ...